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当整个世界开始使用越来越狐疑的眼光打量人造器官和基因工程的结果时，全球许多重要的金融机体系因为承受不了本身的压力而纷纷崩溃。暴力行为和恐怖主义开始在日渐敌视的跨国公司和人道主义者之间蔓延，造成全球的警察都投入了控制暴乱的行列。不负责任的媒体以头条报导这些血腥的镇压行动，让许多大国的社会陷入了无秩序的混乱中。最后，原先互为抗衡的全球势力变成互相屠戮的地狱景象。
新秩序
在公元2229年11月22号，联合权力同盟（UnitedPowersLeague）成立了。联权同盟是目前已经瘫痪的联合国的全球共治体系的继承者。这个新的权力结盟掌握了地球上将近百分之九十三的人口，只有少数几个反覆不定的南美国家没有加入这个同盟。这个同盟的基础是建立在“开明的社会化原则”之下，但是却常常依靠严酷、残暴的警察体系来控制整个社会的秩序。在它统治的将近八十年历史中，联权同盟努力的推广他们的制度，导致日后人类不同文明间的独特性被彻底消除，融合为一。他们花了非常多的功夫去消灭种族分离主义的后裔，废教协定禁止了世界上许多最古老的宗教。英文被规定为全球通用的语言，替代了许多在本国也被严格禁止的母语。
虽然联权同盟公开的禁止宗教信仰，但是这个组织却坚决保有一个信念，那就是“人类的神圣性”。这个类似信仰的信条让联权同盟立刻采取一切可能的手段去终止、消灭任何污染人类纯粹基因的实验和工作。古板的联权同盟成员和学者们坚决的相信，人造器官、基因工程和精神药物的滥用将会导致人类的衰败。联权同盟的领导者拟定了一个计划，确保人类将会永续生存，而不受到那些腐败新科技的诱惑。
第二章净化与流放
大净化
如同八百年前横扫全欧洲的血腥猎巫行动一样，联权同盟开始了一项人类有史以来最残暴的计划——基因净化。这个大屠杀式的圣战计划是政府面对人类基因变种的最后净化手段。联权同盟的部队彻底地扫荡了地球上的每个国家，逮捕了异议份子、接受人工器官移植的人、网路犯罪者、嗑药族、科技仿冒者以及各种各样的罪犯。这场全球都难以幸免的残暴行为导至了四亿人丧失性命。而被联权同盟严格控制的媒体则懦弱地压制了这场大屠杀的真相，让全球大多数民众都不知道这场惨绝人寰的悲剧。
忽略他们残暴的行为不论，联权同盟的确让许多关键性的科技拥有了长足的进展。许多早已终止的研究都在联权同盟的鼓励下重新开始。在这个新的世代中，冬眠科技和曲速引擎科技的结合让人类终於可以漫步于群星之间。在四十年的时间中，联权同盟在月球和许多其他太阳系的行星中都建立了殖民地。
在这个世代里，一位名叫多兰•；；茹斯的年轻科学家，开始拟定计划，希望让自己可以在联权同盟里面的势力逐渐扩张。由于没有受到大净化惨剧的干扰，茹斯得以狂热地投身于在太阳系外建立殖民地的梦想。在茹斯的计划中，太阳系外所发现的新矿产和替代用的燃料将会让他在地球上的声望大为增高。靠著他的政界关系和幸运，茹斯很快就获得了联权同盟的授权，掌握了数以千万计的犯人来作为他实验的白老鼠。
这些原先因为大净化而将要被处死的犯人被转送到了茹斯的私人实验所中。这位科学家计划要利用这些犯人在太阳系外建立殖民地，他让手下挑选了五万六千人来进行冬眠的准备。同时他也把这些人的基因突变和基因性状的变异详细建档，输入新型的超级电脑中。这套系统被称为“人工智慧情感逻辑分析系统”，代号为擎天神。擎天神负责处理这些基因的资料，并且试图预测出哪些囚犯会在将来的严酷考验中生存。只有四万人能够在将来的环境中挣扎求生。这四万人被送上了四艘巨大无匹的全自动、太空勘探超级航舰。当这些囚犯陷入冬眠的时候，四艘超级航舰载着足够的补给、粮食和软硬体，准备在他们抵达目的地的时候给予他们支援。导航系统中的目的地都瞄准了远方的沾翠四号行星。一切看起来似乎都完美无缺，即使是茹斯也没办法预料到这些犯人正航向银河系的悬臂边缘，准备面对即将到来的死亡。
流放和长眠
擎天神系统安装在超级航舰的第一艘——内加法（Nagglfar）号上。另外的三艘航舰——亚哥、萨伦哥、雷根，则被设定为跟随着内加法号航往沾翠四号行星。在这段被后世称为“长眠＂的漫长旅程中，擎天神持续的观察那些躺在冬眠舱中的囚犯。在彻底评估了这些囚犯体内的基因突变和变化之后，擎天神在其中某些人的体内发现了一串强有力的基因株。虽然这个变异只有发生在不到百分之一的囚犯身上，但很明显的这个基因是和人类大脑中的心电感应性状有关系。擎天神推测，若是这些囚犯能够在新的环境中存活下来，在几个世代之后应该就能顺利的产生心电感应的能力。这个发现被记录起来，并且直接传送回多兰•；；茹斯的资料库中。
这次在原先计划中只有一年的旅程，却遭到命运的捉弄。在旅程中的某个时间，连结到擎天神上的导航系统关闭了，这不但导致了目的地的座标被删除，连地球的座标都一并消失不见。这四艘船携带著无助的冬眠者，无声无息的在宇宙中以曲速航行了近三十年。
最后，其中一艘航舰的引擎融毁了。在经过二十八年的曲速旅行之后，这些巨大的船只重新出现在三度空间中，靠近一个可居住星系的外缘。这里距离地球六万光年之远，他们的曲速引擎全毁，生命维持的系统几乎已经耗竭。所有的船只只有进入紧急状况，准备迫降在最接近的可居住行星上。
雷根和萨伦哥号迫降在被命名为巫魔加（Umoja）的行星上。萨伦哥号在穿越大气层的时候系统受到严重的损害，坠毁在地面上，全舰的八千多名乘客全部罹难。雷根号是最为幸运的，它毫发无伤地降落在地面上。当航舰降落之后，这些冬眠者们慢慢地苏醒过来，试图要搞清楚自己所在的位置和到底经过了多久时间，却发现擎天神号已经将所有跟这旅程相关的记忆全部消去。
亚哥号降落在后来被称为莫瑞亚的红色行星。它的乘客遭遇到跟雷根号乘客一样的命运，所有和他们目前状况有关的资料都已经被消去。只有内加法号的乘客可以进入电脑的资料库中，了解目前的困境。他们直接进入了擎天神的资料库，在发现了事实之后，开始怀疑自己到底有没有再度回到地球的机会。虽然他们降落在温和的塔桑妮行星上，但是内加法号所受到的损害已经无法修复。这些残存的流放者散布在三颗行星上，开始拆卸船只的残骸，试图在新的环境中挣扎求生。
第三章地球联邦
联邦与新世界
每个行星的居民都努力的试图在被称为“新世界”的星球上生存。他们并不知道还有其它的同类挣扎着在别的地方求生存，他们只能努力的利用手边的资源活下去。由于失去了星际通讯的科技，难民们又将航舰所有可用的零件都拆卸下来，因此他们孤立生活了数十年。在相当短的时间内，这些难民们就在行星上建立了各不相关的殖民地。要等到六十年后，他们才会因为重新研究出太空旅行的科技而发现彼此的存在。在此之前，每个行星都独立发展成繁荣且自给自足的社会。最大而且科技最先进的殖民地塔桑妮很快就发展出了第二代的次曲速引擎。这让他们的船只可以自由地探索四周荒凉的行星，最后终於发现了同为“长眠”之后的幸存者。
在彼此之间恢复联络之后，三个殖民地彼此之间受到贸易及交流的互惠。虽然塔桑妮持续地施压，要求巫魔加和莫瑞亚加入一个联合的政府，但是这两个殖民地坚决的拒绝。塔桑妮的舰队持续的探勘这一块远离地球，后来被称为克普鲁星区（Korprulu）的区域。
塔桑妮在这个区域建立了七个繁荣的殖民地之后，大为增加了他们的军事力量，并成立了一个新的联合政府，为纪念地球而命名为地球联邦，由塔桑妮底下的殖民地组成。而拥有最富饶矿产的莫瑞亚殖民地开始担心这个联邦会不会觊觎他们获利丰富的开矿事业。于是，凯尔－莫瑞亚连合体成立了，这个合作组织将会对受到联邦压迫的矿业公会提供武力上的支援。联邦和连合体之间的紧张关系很快开始升高，最后终于演变成史称地球公会战争的事件。
公会战争持续了几乎四年，最后联邦终于和连合体“协调”出了和约。虽然连合体依旧保有自治权，但是几乎它辖下的所有公会都被割让给联邦。巫魔加殖民地在看到了联邦的滥权将会导致什么结果之后，成立了巫魔加护国军，这个由全国人民所组成的民兵团体誓言要保护自己的殖民地不受联邦的暴政染指。最后，公会战争所带来的结果是联邦奠立了它在这个星区中的地位，变成第一强权。
联邦的“探勘者”们无休止地往外扩张。随着联邦的执法者不断滥用权力，海盗和各地自组的民兵开始如雨後春笋般出现。这其中最著名的一个例子就是公然抗争联邦政策的克哈星（Korhal）。
克哈的叛变
克哈是联邦辖下的星球中最早被殖民的几个星球之一。克哈不但生产力高，创造力也毫不匮乏，联邦军事和科技的领先地位有一大部份是靠著他们而达成的。虽然克哈持续的生产力一直对联邦有莫大的贡献，但是殖民地中的人民一直很厌恶与那些腐败的联邦参议员共事。为了取得自治权，殖民地的居民对当地联邦民兵们掀起了一场又一场的暴乱。联邦毫不迟疑地予以回应，宣布了戒严。这个回应只不过对居民们造成了更大的刺激，让原先动荡不安的社会更加混乱。联邦相信，如果这个他们最宝贵的殖民地都会起而叛乱，他们就很难阻止其他殖民地不起而效尤。联邦的高层官员很快就决定，克哈的事件必须要用任何可能的手段来制止——克哈要作为一个杀一儆百的范例。
克哈星的一位名叫恩格斯•；；曼斯克（AngusMengsk）的活跃议员决定利用这个机会来鼓励他的同胞们的一腔热血。当曼斯克对联邦宣战的时候，民众呼喊自由的热情的确是无法忽视的。藉着煽动克哈星上所有的群众，曼斯克成功地让狂热的民众们占领了联邦在当地的所有前哨站。在公开宣布了自此以后联邦不再拥有克哈星的任何主权之后，曼斯克成功地争取到了其他许多同样在挣扎中的殖民地的尊重与敬佩。
联邦政府为了压制这个状况，反而将他们所有的部队从克哈星撤走，舰队也离开了克哈星的领空。曼斯克和其他叛变的领袖们相信已经获得了胜利，开始庆祝他们脱离联邦的革命。联邦政府知道克哈星的失陷可能会鼓动其他殖民地叛变，计划用更为迂回的方式夺回克哈。
联邦政府派出了三名最强悍的杀手，代号为“鬼子”部队的菁英，前去除掉在克哈星上的曼斯克和他们的支持者。第二天，在曼斯克的高耸如同要塞一般矗立的高塔中，支离破碎的曼斯克被发现和他的妻子、女儿一起陈尸在自己的房间中。没有人知道曼斯克的脑袋到哪里去了。虽然刺客成功的重创了克哈星的反抗势力，但是曼斯克的死也制造了联邦日后最大的敌人。
牧夫•；；曼斯克（ArcturusMengsk）是一位著名的联邦探勘家和成功的商人，他不甘默默承受家人横遭杀害的厄运。在担任了许多年的联邦探勘家之后，他知道联邦会为了达到目标而运用各种卑劣的手段。他本来对星系间的政治丝毫不感兴趣，甚至对自己老爸的狂热感到十分尴尬。但是他万万没想到，联邦会为了证明自己观点的正确而杀光他全家。恩格斯•；；曼斯克的死激起了年轻的牧夫心中的涟漪，他放弃了自己的未来，开始过着漫长、孤独的复仇生涯。
在联合了当初和他父亲一起反抗联邦的激进团体后，牧夫成功地组成了一群数量惊人的叛军。曼斯克的部下勇敢地攻击联邦的前哨战、各种设施，导致联邦损失了数十亿的人、装备和机器。由于谣传曼斯克已经和巫魔加护国军秘密结盟，联邦政府毅然决然地使出最后手段，要一劳永逸的解决这个问题。从遥远的联邦政府首都塔桑妮发射了一千枚的启示录级核弹，对准克哈星而去。在这场残酷的攻击中，四百万人