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在电影中，“锡安”是指那些从matrix中被解放的人类所栖居的家园，位于地球深处，依靠地热作为能源，成为人类对抗matrix和机器之城的最后基地。电影用这个名字来命名人类的最后家园，象征着这里是正义得到彰显的地方，是对抗机器的圣地。有影迷根据剧情推测：zion所在的世界其实是另一个母体。是超智能设计的让本身升级的另一套程序。更有人认为，“真实世界”中的zion所在的世界是用来蒙蔽那些觉醒者的一个更接近真实世界的一个更大范围的“母体”。因为曾经建筑师曾经建立过一个完全没有烦恼和忧愁和任何疾病苦难的黄金时代，最后这些人类却全部死亡，没有原因，最后建筑师得出结论就是人类必须要有困难和劫难，但是同时也必须要拥有希望，因此这个第二层虚拟世界也就应运而生，这个所谓的新世界——锡安所在的世界是用来取代影片中的母体的升级版本！
矩阵是一个建立在数学基础上的严整系统，一切都是有规律的，包括特工们和尼奥的超能力在内，都是包含在这个系统中的。而尼奥这个“救世主”的产生，则和数学中的哥德尔命题有关。奥地利数学家哥德尔在1931年发表了题为《论《数学原理》及有关系统的形式不可判定命题》的论文，其中提出这样一个观点，在任何数学系统中，只要其能包含整数的算术，这个系统的相容性就不可能通过几个基础学派所采用的逻辑原理建立。简单地说，就是在任何系统中，总有些真理是游离于逻辑之外的，这些真理就叫做歌德尔命题。
在矩阵中，尼奥就是在矩阵这个严整系统中不能被数学推得的歌德尔命题，不符合系统的规律。
当尼奥重生后，他就担负起系统所有的扰动，所有的规则在他面前都变得透明，因此他能够看到系统中别人所看不到的东西。先知叫尼奥回到源头去终止灾难，在数学逻辑中就是将歌德尔命题变成整个系统的一部分，当作系统的一个变量，从而消除整个系统的不确定性。如果尼奥当初选择了毁灭锡安的门，他所携带的代码将反馈给系统，将系统的稳定性提高到一个新阶段。而这个选择的前提则是系统中没有斯密斯这个狂人。但从数学的角度上来说，这样的稳定也是暂时的，不是对系统的彻底修正，新的系统还是会产生自己的歌德尔命题，从而继续这个轮回。这就是为什么在尼奥之前会有五任救世主的原因。
按照建筑师最初编写救世主时的任务，救世主的使命就是在锡安运行一段时间后，将锡安的代码带回到matrix的源程序进行重装，同时机器摧毁锡安，完成matrix系统的升级。之后救世主将按照初始设置，带领16女7男返回真实世界，再开始重建锡安，等待下一代的救世主。而尼奥与前任们不同的是，建筑师在他的意识中编写了关于爱的编码，这本来是系统处于不断升级的需要，也是考察人类反应的新实验。但这个关于爱的编码，不但导致了尼奥在第二集中做出违背程序设置的选择，而且在第三集中将“爱情”升华为对世人的怜悯也就是博爱，从而最后终结了战争，终止了矩阵和锡安之间的循环。
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做好了初期准备的申若愚自己也没闲着，他一边利用自己的精神力分析着这个世界的规则以及后面的第二层虚拟世界，一边十分高调的在人类社会中扩大着自己的影响力。甚至出钱在许多国家都买了贵族或者皇室的头衔。虽然没什么意义。但是想来就算是虚拟世界，母体或者说矩阵如果不想造成社会崩溃的话，没有充足的理由证据也无法轻易地对他动手吧？
毕竟虚拟世界也是有其规则存在的，就如同现实世界一般，如果只是一个屁民抓了也就抓了，甚至杀了也没什么，但是如果是一个有权有势的人，你无缘无故的去动人家试试？！不搞得你回家种田都算是人家没本事。而且就算是你强制将那有权有势的人抓了，如果没有理由和证据的话一定会引起所有有权有势的恐慌的，因为今天你可以你可以没有理由的去抓别人，那么有一天是不是你也会没有理由的就来抓我呢？所以那些有钱有势的人一定会想法设法的去阻挠和抗议这种做法的，就算是那些病毒特工可以瞬间替代所有的虚拟人物，但是想来不会所有的有钱人都是虚拟的吧？这些人任何一个被杀或者失踪一定会引起很大的社会动荡的，再加上如果申若愚有意的煽动之下，社会直接崩溃或者发生什么世界大战也不是不可能~！
因此虽然是虚拟世界，声望和势力以及金钱也是有着一定作用的~！
不提申若愚在虚拟世界中搞风搞雨，在哪里刷声望和人脉。尼奥此时也在剧情的推动之下经过了一番磨难之后也获得了“新生”。回到了真正的现实中，逃离了矩阵。而与剧情不同的则是多了一个珍妮，在经过了一番适应和解释之后，在莫菲斯训练下，尼奥渐渐展露出与其他觉醒者的不同之处，让莫菲斯也更加肯定他就是救世主，而珍妮的表现也相当出色，对于各种技能和文件的下载能力也十分强悍，同时她对于新食物的接受能力十分出色，因此很快成为了继墨菲斯，翠蒂妮，还有尼奥之外的新的核心人物。
在顺利的执行了几次任务之后，尼奥和珍妮得到了充分的训练，他们穿着炫酷的皮质风衣走在人来人往的街头和各种阴暗的小巷和房间，看着周围的人群仿佛是在看一群群只知道按照程序运行的傀儡，在了解了母体的存在意义之后，他们那看似依然单薄的身体也能够发挥出母体所限定的体力上限，这更让他们拥有了和警察以及电脑特工相对抗的资本，可惜的是那些只是程序却没有固定载体的特工几乎是不死的存在，他们即使被消灭了也依然可以随时占据别人的身体复活，这一凭仗就能让它们始终立于不败之地。
几次险死还生之后，珍妮和尼奥都逐渐成熟起来，这让墨菲斯和翠蒂妮都感到十分的欣慰，这期间珍妮和尼奥等人也来找过申若愚，甚至尼奥在觉醒之后还提出过和申若愚较量一番的要求，当然不用说其结果大家也能想到，申若愚只用了一只手就差点将尼奥虐出翔来，这一结果叫墨菲斯大为吃惊，原本以为申若愚只是一个比较特别的程序或者对母体感应比较明确的人类而已，却没有想到申若愚对于格斗还有自身力量的使用以及开发竟然是这么强大，看着申若愚一只手眼睛也不睁的就将尼奥多次打倒在地之后，墨菲斯第一次对尼奥救世主的身份产生了怀疑，他甚至觉得申若愚才是真正的救世主！
有些不服气的尼奥和墨菲斯等人在申若愚的庄园内一直修炼了一个星期的时间，这期间尼奥等人在申若愚的教导之下对于搏击和近身格斗有了很大进步，而那个叛徒也曾趁机找了个借口去给史密斯等杀毒程序也就是母体的特工通风报信了一番，但是在申若愚所找的雇佣军以及他那显赫的身份之下，其结果却是连门都没有进去，这让墨菲斯大叹早知道身份这么有用他也去混一个贵族当当。
而在软的不行之后，史密斯以及他的几个同伴在夜晚的时候，却也正大光明的突袭了申若愚的庄园，在解决了所有雇佣兵并将这附近的所有电话线全部掐断之后，史密斯边大摇大摆的走进了庄园内的别墅之中。
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第一百六十七章初次交锋
结果进了庄园中央别墅的大门之后，原本还以为已经开始逃跑的墨菲斯等人竟然一个个好整以暇的站在一个巨大的沙发后面，而沙发上众星拱月般坐在那里的的却是一个极为英俊的正拿着以一杯红酒在那里浅吟低唱，摇头晃脑的闭着眼睛黑发男子，此人史密斯等人也都知道，他正是最近在母体内极为高调的贵族圈里的新贵~~~紫宵伯爵！同时也是一个在矩阵中很是神秘的家伙，从他出现在母体矩阵之中到现在为止所有的资料都仿佛是突然出现的一样，虽然明面上看不出什么，但是作为电脑人的他却知道这是多么不可思议的事情，这简直就像电脑中突然出现了一个新程序你却不知道他什么时候下载安装的一样，虽然好几次他们都想直接将其抓走，但是由于申若愚的神秘以及他的神出鬼没才一直没有找到机会，可等他安定下来之后，这家伙竟然成了一个名人，在无缘无故的去抓他显然不是一件明智的事情，所以直到今日申若愚才能依然好好地每天参加各种聚会和派对没有受到任何打扰。
随着三个电脑人特工走进了别墅的客厅，墨菲斯以及翠蒂妮等人虽然有些紧张，但是再看了看坐在沙发上的那个显得很是悠闲的仿佛盲人一般的帅气男人之后，他们的心里忽然从紧张变得有些激动起来，要知道在以往的交锋之中，从来没有那个觉醒者能够在和电脑人的对决中胜利过，除了这些电脑人不会死之外。他们的格斗技巧以及力量和抗击打能力都远远的超过了他们这些觉醒者。即使是使用枪械如果不是在绝对近的情况下也无法伤害到这些电脑人。而眼前这神秘的英俊的简直不像人类的家伙也许将是第一个能打败电脑人的家伙也说不准。
申若愚抬头看了看站在门口即使是在大晚上也带着墨镜的三个西装男，有些不屑的扯了一下嘴角，然后直接开口说道：“你们知道玩一个游戏最重要的是什么嘛？是要遵守游戏规则！作为这里的主人，在我没有邀请的情况下你们擅自就闯了进来，这叫私闯民宅你们知道么？按照法律我完全可以将你们全部杀死而不负任何法律责任哦！因为是你们先破坏的游戏规则！”
史密斯和其他两个电脑人互相看了看，然后史密斯有些冷酷的笑道：“游戏规则是我们制定的，而你，只要去做那个遵守规则的人就好了。至于我们嘛~我们就是规则！”
随着史密斯霸道的宣言，三个电脑人猛地向着众人冲了过来，而在申若愚身后，翠蒂妮还有尼奥以及珍妮三个最近受到申若愚指导最多的家伙也一下子越过了沙发冲了上去，只是一转眼的功夫，六个人就打成了三对，好在申若愚所在的别墅客厅够大倒也不怎么显得拥挤，只是那些一看上去就十分名贵的装饰可就到了没了，在六人的打斗中不时地被破坏和当做武器乱丢，这些东西在房间里到处乱飞。但是只要仔细查看就会发现，凡是向着申若愚所在的沙发飞过来的东西不是因为各种原因半途被别的东西挡住就是会十分不自然的快速下落或者改变方向。但是由于场面太乱而且出了申若愚之外，所有人的目光全都集中在打斗中的几人身上所以才没有被人注意到。
而作为观战者的墨菲斯等人此时明显的感觉到上场的三人，在格斗的技巧以及对于发力的理解和各种躲避动作的运用上都进步了很多，虽然还是无法占据上风但是比起以前那种一边倒的情况确实是好了很多，随即他看了看身前这个比先知还要神秘的家伙，这家伙只是指导了几人三天的时间而已，以前一些对于格斗中那些意义不明的动作在他的讲解下忽然变得极为有用起来，他从来没有想过在人类中还有这样厉害的家伙存在，也许这个人能真的结束觉醒者在母体矩阵中的那种东躲西藏的日子也说不准！
正说着话，申若愚却皱着眉头放下了酒杯，然后从怀中拿出了一把造型看上去像是艺术品多过武器的华丽手枪，然后对着场中打斗的几人说道：“宁心静气，不要想着打败对手，抱元守一，他强任他强；清风抚山岗，他横由他横；明月照大江。”
刚说完话，申若愚便依然闭着眼睛拿着手枪对着刚打退珍妮的史密斯开了一枪，这让想要追上去一举打败珍妮的史密斯不得不先躲开子弹，等想要在追上去的时候，珍妮却已经再次做好了迎敌的准备，失去了一举打倒敌人的机会！
史密斯恶狠狠地看了申若愚一眼，发现对方竟然还是闭着眼睛不由得一转身就向着申若愚冲了过来，没可惜没走两步就再次被珍妮给拦了下来，然后不得不越打越远。
而这之后简直就成了申若愚的指导时间，凡是尼奥和翠蒂妮还有珍妮快要被打败的时候，申若愚便会开上一枪，其准确度和时机都把握的恰到好处。任谁也想到这是一个闭着眼睛的人能做出来的事情，而且每一次都逼得三个电脑人不得不躲开，而紧跟着申若愚的指导就会脱口而来，短短的不到半个小时的功夫，尼奥等人的功夫就有了很大的进步，而申若愚开枪的声音也隔得越来越长。
明显看出来申若愚在拿他们当尼奥等人的陪练之后，三个电脑人几次三番的都想冲过来先解决掉申若愚，可是在申若愚那变态准的枪法和尼奥等人的纠缠之下，�