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属六部，相对提高六部职权和地位，由六部尚书直接对皇帝负责，《明太祖实录》卷129载：
洪武十三年春正月已亥，胡惟庸等既诛，上谕文武百官曰：“朕自临御以来，十有三年矣，中间图任大臣，期于辅弼，以臻至治。故立中书省以总天下之文治，都督府以统天下之兵政，御史台以振朝廷之纪纲。岂意奸臣窃持国柄，枉法诬贤，操不轨之心，肆奸期之蔽，嘉言结于众舌，朋比逞于群邪，蠹害政治，谋危社稷赖神发其奸，皆就殄灭。朕欲革去中书省，升六部，仿古六卿之制，俾之各司所事。
洪武十三年九月，朱元璋置“四辅官”，以协赞政事，均调四时。《通纪》载：
九月丙午，置四辅官，以耆儒王本、杜佑、袭敩为春官，杜敩、赵民望、吴源为夏官，秋、冬官缺，以本等摄之，位列都督之次。敕以协赞政事，均调四时。月分三旬，人各司之。以雨旸时若，验其称职与否。
不久废去四辅官，并于洪武十五年（公元1382年）仿宋代制度，设内阁于殿廷，以大学士担任顾问兼秘书的职务。《昭代典则》说：
（洪武）十五年十一月丙午，初置大学士，以礼部尚书刘仲质为华盖殿大学士，检讨吴伯宗为武英殿大学士，翰林学士宋讷为文渊阁大学士，典籍吴沈为东阁大学士，使侍左右备顾问。又置文华殿大学士，召耆儒鲍恂、余诠、张长年等为之，以辅导太子。
本来，内阁既非官署官，也非职官名。开始只是简任文臣入直文渊阁，参与机务。这些人原官的品秩低，不兼部务，也无官属，不能直接指挥行政，与东汉的尚书、唐代的翰林学士性质略同。久而久之，这些人逐渐升迁，并有了正式的办事处所，大学士本身品秩只有五品，但其所迁任的官往往以至尚书、侍郎，或有加衔至于“三公”者。这样，内阁的地位才逐渐提高。明成祖以后，大学士开始参预机务。《词林典故》说：
永乐初，命编修等官，于文渊阁参预机务，谓之内阁，渐升大学士诸职。仁宗或加师、保及尚书、侍郎、卿，仍兼学士、大学士衔。自后因之，称内阁大学士。凡大学士加三师，则为一品；加尚书，二品；侍郎，三品；若未加升而只系大学士者，则仍正五品。
仁宗以后，阁臣之权加重，至世宗嘉靖年间（公元1522—1566年），改华盖殿为中极殿，谨身殿为建极殿，大学士的班次列在六部尚书之上。这时，内阁就类似于唐代的中书门下省了。唐代中书门下省官员互称阁老，明代大学士一般也称阁老。内阁大学士虽然表面位尊而权重，但是独立发挥其权力的机会却甚少，因其内受制于宦官，外则用人之权集中于吏、兵两部。《明史·职官志》说：
至世宗中叶，夏言、严嵩迭用事，遂赫然为真宰相，压制六卿矣。然内阁之拟票，不得不取决于内监之批红，而相权转归之寺人。于是朝廷之纪纲，贤士大夫之进退，悉颠倒于其手。
由此可见，若以明代的内阁大学士具有宰相的权力，那是不恰当的。
三、六部
明代中枢六部初置于洪武元年，各部设尚书、侍郎、郎中，员外郎、主事等官，隶中书省统辖，分理国家诸事，其职至重。《昭代典则》说：
洪武元年（公元1368年）八月丁丑，始置吏、户、礼、兵、刑、工六部，设尚书、侍郎、郎中、员外郎、主事，仍隶中书省。帝（太祖）召六部尚书入见奉天殿，谕曰：“朕肇基江左，军务方殷，官制未备。今以卿等分任六部。国家之事，总之者中书，分理者六部，至为要职。凡诸政务，宜悉心经理，或有乖违，患及天下，不可不慎。
洪武五年（公元1372年）定六部具体职掌，并于岁终进行考绩，分其优劣，以行黜陟。六部官员相对稳定，不得轻易调动，凡有劳绩者，则在本部升用。自洪武十三年（公元1380年）罢中书省后，即升六部品秩：尚书为正二品（建文中曾一度提为正一品，永乐时复旧），侍郎正三品，郎中正五品，员外郎从五品，主事正六品。
六部尚书、侍郎都是堂官，由皇帝直接领导，其中吏部尤为重要，因为官吏的除授都必须经过吏部。明朝的首任吏部尚书为滕毅，樊鲁璞、汪河分任左、右侍郎。洪武六年（公元1373年），吏部分三个属部，即总部，司勋部，考功部；十三年（公元1380年），增司封。二十二年（公元1389年）改总部为选部。二十九年（公元1396年），改定文选、验封、稽勋、考功四个清吏司。每司设郎中、员外郎、主事各一人。
首任户部尚书为杨思义。刘诚、杭琪分任左、右侍郎。洪武六年（公元1373年），户部分设五科，即一科、二科、三科、四科、总科。每科设郎中、员外郎各2人，主事5人。十三年（公元1380年），分四个属部，即总部、度支部、金部、仓部。洪武二十二年（公元1389年），改总部为民部，次年，又分四部为河南、北平、山东、山西、陕西、浙江、江西、湖广、广东、广西、四川、福建十二部，每部仍分民、度、金、仓四科。二十九年（公元1396年），改十二部为十二清吏司，各设郎中1人，员外郎1人，主事2人。永乐元年（公元1403年），改北平司为北京司。永乐十八年（公元1420年）。废北京司，设云南、贵州、交址三个清吏司，宣德十年（公元1435年），罢交址司，定为十三司。户部十三司，自明孝宗弘治以来，以公署不大，只留郎中1人治事。员外郎、主事只能在授官之日出席而已，实际都只挂名。郎中一人无法管事，只好委任基层吏胥，以致弊端百出。至神宗万历时，王国光任户部尚书，始令每司吏员尽入署治事，司中职业才得修举。户部另有一些直辖机构，如宝钞提举司、印钞局、广盈库、军储仓等。
礼部首任尚书为钱用壬、侍郎为世家宝。洪武六年（公元1373年）分四属部，即总部、祠部、膳部、主客部。洪武十三年（公元1380年），定每属部设郎中、员外郎、主事各1人。二十二年（公元1389年），改总部为仪部。二十九年（公元1396年），改为仪制、祠祭、精膳、主客四个清吏司，另辖铸印局，局设大使1人，副使2人。
兵部的首任尚书为陈亮，侍郎为朱珍。洪武六年，分三个属部，即总部、驾部、职方部。洪武十三年再增库部，二十二年改总部为司马部。二十九年改为武选、职方、车驾、武库四司。每司设郎中、员外郎各1人，主事2人。另辖会同馆，大通关等机构，各设大使和副使。
刑部的首任尚书为周桢，侍郎为盛元辅，张仁。明太祖即位初期，用法太严，周桢任尚书时，始定律令，使吏士有法循守。洪武六年（公元1373年），刑部分为四个属部，即总部、比部、都官部、司门部。八年（公元1375年），增设四科，分属于四部。部设郎中、员外郎各1人。总部、比部主事各4人，都官，司门主事各2人。洪武二十二年（公元1389年），改总部为宪部，二十三年，分四部为河南、北平、山东、山西、陕西、浙江、江西、湖广、广东、广西、四川，福建十二部。二十九年（公元1396年）改为十二清吏司，设郎中、员外郎各1人，主事2人，永乐十八年（公元1420年）除北平司，增置云南、贵州、交址三司。宣德十年（公元1435年）革交址司，遂定为十三个清吏司。
工部的首任尚书为单安仁，侍郎为张允文和杨翼。洪武六年，分四个属部，即总部、虞部、水部、屯田部。八年增立四科。十三年，以屯田部为屯部。二十二年，改总部为营部。二十九年，定为营缮、虞衡、都水、屯田四个清吏司。设郎中、员外郎、立事各1人，另辖宝源局、军器局等。
永乐十九年（公元1421年），明成祖迁都北京，改南京为留都。南京除了没有皇帝之外，其他各种官僚机构的设置完全和北京一样。南京所设立之六部称“南六部”，虽同有一套职官，但多安置闲散退休或被排斥的官员，其职权远不如北京六部。所以，南京各官自成一种势力，与北京明争暗斗，两京官员迭为消长，操纵朝局。这是明代的一种奇特现象。
明代六部所属各清吏司之郎中、员外郎、主事等司官，皆为实际任职之人，所以颇能上下其手，招降纳贿。
明代六部尚书往往不拘定额，可以添差，故有道士而任礼部尚书，工头而任工部尚书的现象。
四、都察院
明代初年，沿元旧制，设御史台，洪武十三年（公元1380年）五月罢御史台。十五年改置都察院。这个机构为明代所创设的，与前代御史台之制不甚相同。都察院设左右都御史、左右副都御史、左右佥都御史及浙江、江西、福建、四川、陕西、云南、河南、广西、广东、山西、山东、湖广、贵州等十三道监察御史共110人。都御史为台长，与六部平行，合称七卿。都御史之职，据《明史·职官志二》说：
都御史职专纠劾百司，辩明冤枉，提督各道，为天子耳目风纪之司。凡大臣奸邪，小人构党，作威福乱政者，劾。凡百官猥茸贪冒坏官纪者，劾。凡学术不正，上书陈言变乱成宪，希进用者，劾。遇期觐，考察，同吏部司贤否陟黜。大狱重囚会鞫于外朝，偕刑部、大理谳平之。其奉敕内地，拊循外地，各专其敕行事。可见明代都御史的权力很大，凡官吏之考察黜陟则会同吏部、重大刑狱则会同刑部与大理院。其他各官署则分属十三道监察御史稽察。监察御史充任的职务，远比前代繁重。据《明史·职官志二》所载：
在内两京刷卷，巡视京营、监临乡、会试及武举，巡视光禄，巡视仓场，巡视内库、皇城、五城、轮值登闻鼓。在外巡按（北直隶二人，南直隶三人，宣大一人，辽东一人，甘肃一人，十三省各一人），清军，提督学校（两京各一人，万历末南京增设一人）。巡盐（两淮一人，两浙一人，长芦一人，河东一人），茶马（陕西）、巡漕、巡关、儹运、印马、屯田。师行则监军纪功，各以其事专监察。而巡按则代天子巡狩，所按藩服大臣、府州县官诸考察，举劾尤专，大事奏裁，小事立断。按临所至，必先审录罪囚，吊刷案卷，有故出入者理辩之。
御史权重如此，所以选授也极慎重，自永乐八年（公元1410年）以后，规定御史必从进士及监生中有学识并通达治体者选任。《明会要·职官五》引《三编》载：
永乐七年（公元1409年），召御史张循理等二十八人至，问其出身，皆由进士及监生，惟洪秉等四人由吏。帝曰：“用人虽不专一途，然御史为朝廷耳目之寄，宜用有学识通达治体者。”黜秉等为序班。诏：“自今勿复用吏。”明年冬，申谕吏部，着为令。
御史之权既重，然处事若有差失，惩办也极严厉。据《世法录》记载，洪武十五年（公元1382年）五月，御史雷励误把良民判为徒罪。明太祖查获其事，责之曰：“朝廷能使顽恶慑伏，良善得所者在法耳。少有偏重，民无所守。尔为御史，执法不平，何以激浊扬清，伸理冤枉？徒罪尚可改正，若死罪论决，可以再生乎？”并命法司论雷励之罪，以示警戒。就连书写失误，也被认为不称职而一例治罪。据《梦余录》记载，宣德间，御史谢瑶在荐举文牍上误书被荐者姓氏，奏书上呈后，又自陈改正。宣宗谓吏部曰：“古人奏牍皆存敬慎，石庆书‘马’字缺点，惧及死。今荐贤不知其姓，岂能知其才？轻率如此，岂称御史之职？”便把谢瑶贬为交址大蛮县知县。宣德十年（公元1435年），宣宗又特谕都察院：“朝廷设风宪，所以重耳目之寄，严纪纲之任。近年以来，未尽得人，妄逞威福，是非倒置，风纪废弛，令吏部：今后，初仕者不许铨除风宪。凡监察御史有缺，令都察院堂上及各道官保举，务要开具实行，移咨吏部，审察不谬，然后奏除。其后有犯赃及不称职，举者同罪”。可见有明一代，对御史官的选授和督察是甚为严格的。
五、通政使司
元代有四方献言详定司，后又置通政院，其职掌不相同。明代于洪武三年（公元1370年）三月，置察言司，以王文卿、原本两人为司令，掌受四方章奏，旋罢。洪武十年（公元1377年）七月，置通政司，设通政使1人，正三品；左、右通政各1人，正四品；誊黄右通政1人，正四品；左、右通议各1人，正五品。其属官有经历司经历1人，正七品；知事1人，正八品。《明史·职官志二》载：
通政使掌受内外章疏、敷奏、封驳之事。凡四方陈情建言，申诉冤滞，或告不法等事，于底簿内誊写诉告缘由，■状奏闻。�