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生物技术是人类在20世纪中取得重大进展的科学领域之一，其中最为突出的是关于遗传基因的发现，它揭示了生命的奥秘，从而为科学技术开辟了一个十分宽广、大有可为的领域，对人类的未来具有不可估量的重要意义。正因为其重要性，有关生物基因的发现是否能够被授予专利权就成了专利制度中一个受到各国高度重视的问题，对此不同国家的观点和具体作法尚不一致。欧盟在1998年颁布了一个关于生物技术专利保护方面的指令，该指令第5条明确规定：第一，在其形成和发展的不同阶段的人体，以及对其某一元素的简单发现，包括基因序列或者基因序列的某一部分，不构成可授予专利的发明；第二，脱离人体的或者通过技术方法而产生的某种元素，包括基因序列或基因序列的某一部分，可以构成可授予专利的发明，即使该元素的结构与一个自然界存在的结构完全相同；第三，基因序列或基因序列的某一部分的工业实用性必须在专利申请中公开。
传统理论认为，发现仅仅是揭示自然界原本就存在而人类尚未认识的事物，因为它没有改变什么，没有创造出什么新的东西．因而不能授予专利权。结合上面所述关于医疗用途发明和生物基因的例子，可以看出这一标准已经有所变化。现在，人们认为问题的关键点在于是否为发现找到一种实际的用途，而不在于使被发现的东西的本身产生什么变化。换句话说，能否被授予专利权，并不取决于是否创造出自然界不存在的东西。要求专利保护的客体具有某种实际用途，也就是具有实用性，这是各国专利法一贯的要求，任何申请要想被授予专利权都必须满足之，照理说是无须另行强调的。欧共体的指令之所以专门予以规定，是因为涉及到有关发现是否属于能够获得专利保护的范围的问题。由此可见，在有些情况下，关于发现能否被授予专利权的条件实际上已经回归到实用性这一最为基本的专利性条件上。过去，人们认为是否属于能够授予专利权的范畴和是否具有“三性”是完全不同的两类条件，两者不能混为一谈。判断它们的先后次序也不同，首先需要判断是否属于能够授予专利权的范畴，只有当这一判断的结论是肯定的时候，才有必要判断是否具有“三性”。现在情况已经开始产生变化了。在一些人看来，是否具备实用性在一些情况下已经成为判断是否属于能够授予专利权的范畴的组成部分之一。例如，在世界知识产权组织于2001年5月举行的关于制定实质性专利法协调条约（SPLT）的第一次会议上，就有不少人提出了这样的观点。产生这一变化的原因是新兴技术发展的需要，变化的结果是放宽了对发现不能授予专利权的限制条件。
科学理论是对自然界认识的总结，是更为广义的发现。因此，就科学理论本身而言，是不能被授予专利权的。只有当为科学理论找到某种具体的应用，例如设计出一种产品或者方法，才可以被授予专利权。
2。 智力活动的规则和方法
智力活动的规则和方法是指导人们思维、推理、分析和判断的规则和方法。它们具有抽象思维的特点，所以不能被授予专利权。专利法为专利权人提供的权利是禁止未经专利权人许可而进行制造、使用、销售之类的生产经营活动，而不是用专利权来禁锢人的思想。智力活动的规则方法涉及的是在人的头脑中进行的活动，试图将这样的活动置于专利独占权的范围之内是不合理、也是不现实的。
在完成一项发明创造的过程中，人的智力活动当然是必不可少的。本条所说的智力活动的规则和方法显然不是指完成发明创造过程中进行的智力活动，而是指发明创造完成以后，其实施是否仍然依赖人的智力活动。例如数学方法是一种智力活动的方法，是对人的思维的一种指导，人们根据数学方法进行运算需要有思维活动的参与，没有人的思维就无法实施这种数学方法。其他如各种语言的语法、学习方法、训练方法等的性质也是如此。基于上面所述的原因。这类方法不能授予专利权。
需要注意的是，随着计算机技术的发展，不能授予专利权的智力活动规则方法与能够授予专利权的方法之间的界限也比以前变得模糊了。例如，抽象出一种生产过程的数学模式，设计一种算法，通过计算机予以运行，用于控制该生产过程，就能够获得专利保护。
许多国家的专利法规定，计算机程序本身和商业经营方法不能获得专利保护。这两类内容不能授予专利权的理由与智力活动的规则方法之间有较为密切的关联。近年来，随着计算机技术、互联网和电子商务的发展，在这两类内容能否授予专利权的问题上出现了一些新的动向，引起了人们的高度关注。
首先，谈谈计算机程序是否可以授予专利权的问题。计算机程序是指为了得到某种结果而设计的可以由计算机执行的一组有序的编码。计算机程序离不开算法或者逻辑运算，它们被认为是一种数学方法，因而人们认为计算机程序属于智力活动的规则和方法的范畴。按照传统的理论，单纯的计算机程序本身不能获得专利保护。在提供专利保护存在困难和限制的情况下，许多国家对计算机程序提供版权保护。但是，版权保护对于许多计算机程序的设计开发者来说显得不够充分，因为版权保护的是作品的表达形式，而不是作品的内容。计算机程序的价值常常体现在它解决某一问题所采取的方案上，抄袭者并不一定需要采用相同的表达形式。对于许多计算机程序的设计者来说，更为重要的是保护程序方案本身。而不仅仅是其表达方式。
为了满足计算机软件产业要求获得专利保护的需要，20世纪90年代以来，美国、欧洲、日本出现了一种被称为“计算机可读存储介质”的专利。这种专利的权利要求的典型撰写方式是“一种记录有计算机程序的计算机可读存储介质，其特征在于所述程序能够使计算机执行如下步骤，其中步骤A是……，步骤B是……，步骤C是……，……。”从表面上看，这种权利要求要求的保护对象是一种记录介质，例如磁盘、光盘等等，但是其内容一般根本不涉及介质本身的物理结构，而是介质上记录的内容，也就是一种计算机程序。人们普遍认为，无论什么产品，一般都属于能够获得专利保护的范畴，因此采用上述撰写方式的好处在于它以产品作为保护对象，从而较为容易突破传统观念的束缚。当然，如果所述介质上记载的是一种音乐程序，仍然不能获得专利保护，尽管它也是计算机可以执行的。所以，采用上述撰写方式之后，仍然需要根据介质上记录内容的性质，判断它是否可以获得专利保护。不过，与过去的诸如要求软件要带来硬件的变化、软件应当与硬件相结合之类的条件相比，采用上述撰写方式之后，授予专利权的条件明显放松了，使涉及计算机程序的专利申请更为容易通过专利局的审查，这是出现上述撰写方式的原因所在。现在，美国专利局、欧洲专利局和日本特许厅已经修改了其审查指南，为这种类型的权利要求开放了绿灯。
其次，谈谈商业经营方法是否可以授予专利权的问题。按照传统理论，商业经营方法是经商、交易、做生意的策略，不属于专利法意义下的发明创造的范畴，因此不能授予专利权。需要指出的是，一种观点认为商业经营方法属于智力活动规则方法的范畴，这是不正确的。以欧洲专利公约为例，它将商业经营方法和智力活动规则方法并列为不能授予专利权的内容，这表明两者不能彼此覆盖。过去，人们较为一致地认为商业经营方法不能被授予专利权。随着计算机技术、网络技术的发展和电子商务的出现，这种传统的理论受到了挑战。近年来，美国有关法院作出的一些判决认为“商业经营方法”本身并不构成单独一类授予专利权的条件。换句话说，不能仅仅依据认定一项申请的内容是一种商业经营方法，就得出该申请不能授予专利权的结论。这类申请的内容常常涉及计算机的应用，包含数学计算方法，因此常常和上面所说的问题混在一起。美国法院认为，如果认定要求保护的内容涉及一种抽象的数学方法，不能授予专利权，就应当明确以此作为理由予以驳回，不需要单独引入商业经营方法的概念。上述判决对许多国家产生了影响，一些国家开始仿效美国的作法。然而，各国舆论，包括美国国内舆论在内．对此看法并不一致。美国有许多人支持其法院判决的观点，但是也有许多人提出了强烈的批评意见，有些人甚至要求在美国专利法中明确增加写入“商业经营方法不能授予专利权”的规定（美国专利法中对此没有明确规定），以迫使美国法院改变其观点。
值得注意的是，在我国专利法第二十五条所规定的不能授予专利权的内容中， 既没有提及计算机程序，也没有提及商业经营方法。这使我国专利法在这两个问题上具有采取较为灵活作法的余地，完全可以根据科学技术的发展和我国具体国情的需要来解决我国的立场。随着专利法和专利法实施细则的第二次修改，国家知识产权局也将对审查指南中的有关规定进行修改调整。
3。 疾病的诊断和治疗方法
所谓疾病，本条虽未明确限定，实际上是指人体或者动物体上的疾病而言。欧洲专利公约采用了这样一种思路，即认为疾病的诊断和治疗方法是以人体或者动物体为实施对象，无法在产业上制造、使用，不具备实用性，所以不授予专利权。然而，随着专利制度的发展，人们对这种观点的认识有了一些变化，认为它会给实用性的概念带来混淆。 TRIPS协议第27条（3）也允许其成员对疾病诊断、治疗方法不授予专利权， 但是将它作为单独一类予以排除，没有将它与实用性标准相互联系起来。
疾病的诊断方法是指为发现、识别、研究和确定疾病的状况、原因而采取的各种措施，例如诊脉法、X光诊断法、超声诊断法等都是常用的诊断法。
疾病的治疗方法是指为消除病态、恢复健康而采取的各种措施，例如电疗、磁疗、针灸、气功、催眠等各种疗法，以及进行外科手术、打针、服药等方法都在内。外科手术不能被授予专利权，并不只限于为治疗疾病目的而进行的手术，为美容而进行手术的方法也不能被授予专利权。
疾病的诊断和治疗方法不能被授予专利权，是指以活的人体或者动物体为实施对象而言，在已经死亡的人体或者动物体上进行的测试、保存或者处理方法，例如防腐、制作标本等方法，可以被授予专利权。对已经脱离了活的人体、动物体的组织或者流体进行处理或者检测的方法，例如血液的处理或者分析方法，可以被授予专利权。
对疾病的诊断和治疗方法不授予专利权是指这些方法本身，为疾病的诊断和治疗而使用的物质、组合物，以及仪器、设备和器械等产品可以获得专利权。制造假肢、假牙、假眼，以及制造牙齿模型的方法也可以获得专利权。
为诊断和治疗疾病而使用的药品和其他化学物质，在1992年第一次修改专利法后，已经可以获得产品专利。然而，对于第一次医药用途发明和第二次医药用途发明来说，可以获得何种类型的专利保护，是一个值得讨论的问题。传统的观点认为，如果一种物质是已知的，则自然已经丧失新颖性，发现该物质具有新的医疗、诊断用途。并不能使它成为新的物质，因而不能再对该物质本身授予产品专利。 欧洲专利公约在这方面有所突破，其第54条（5）规定，新颖性的规定不应排除任何用于诊断治疗疾病的已知物质或者组合物的专利性，其条件是该种已知物质或者组合物在申请日之前没有用于任何疾病的诊断治疗方法。这表明，第一次医药用途发明在欧洲能够获得产品专利的保护。第二次医药用途发明不能再获得产品专利的保护。但是如果按照其性质，将其权利要求撰写为“物质X用于治疗疾病Y”，则直接违背了欧洲专利公约中关于疾病诊断治疗方法不能授予专利权的规定。为此，欧洲创造了“用物质X制备治疗疾病Y的药