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关于本条第二款的规定，有以下几点西药说明：
（1） 根据本条第二款的规定，国务院各部委不再设立专利管理机关。经过1992年第一次修改后的专利法实施细则第七十六条规定：“专利法和本细则所称的专利管理机关，是指国务院有关主管部门或者地方人民政府设立的专利管理机关。”由于本条第二款明确规定“省、自治区、直辖市人民政府管理专利工作的部门负责本行政区域内的专利管理工作”，因此应理解为国务院有关主管部门不再设立专利管理机关。这符合国务院部委精简机构、转变职能的方向和精神。
（2） 根据国家行政管理体制改革的需要，本条第二款仅从原则上规定“省、自治区、直辖市人民政府”设立“管理专利工作的部门”，所述“管理专利工作的部门”的归属和名称，由各地人民政府根据情况自行确定。从各省、直辖市、自治区政府机构改革后的情况来看，管理专利工作的部门的名称大多数与国家知识产权局保持一致，但归属、性质和级别不尽相同。
（3） 本条第二款对省、自治区、直辖市人民政府是否可以根据专利工作的需要，在具备条件的省级以下人民政府设立管理专利工作的部门，负责其行政区域内的专利管理工作的问题未作明确规定。但是，根据第二次修改后的专利法第五十七条、第五十八条和第五十九条的规定，管理专利工作的部门有处理侵权纠纷、查处假冒他人专利和冒充专利的行为的职能。这些条款中仅仅提及“管理专利工作的部门”，没有将这样的部门限定为“省、自治区、直辖市人民政府管理专利工作的部门”。在第二次修改专利法的审议过程中达成的共识是：如果限定制止侵权行为、特别是查处假冒他人专利和冒充专利的行为的工作只能由省、自治区、直辖市人民政府管理专利的工作部门去做，将对专利管理体系的建设和专利保护工作的开展产生不利影响，难以适应我国专利制度发展的需要。基于这样的背景，第二次修改后的专利法实施细则第七十八条规定：“专利法和本细则所称管理专利工作的部门，是指由省、自治区、直辖市人民政府以及专利管理工作量大又有实际处理能力的设区的市人民政府设立的管理专利工作的部门。”
（4） 根据本条第二款的规定，“省、自治区、直辖市人民政府管理专利工作的部门负责本行政区域内的专利管理工作”。其中，对“专利管理工作”这一表述的内涵要作广义理解，不应将其限于专利法第五十七条、第五十八条和第五十九条规定的专利行政执法工作。
第四条
申请专利的发明创造涉及国家安全或者重大利益需要保密的，按照国家有关规定办理。
本条规定申请专利时对有关发明创造予以保密的问题。
一、需要保密的发明创造
专利法的宗旨是用授予专利的形式促进发明创造的推广和应用，并对发明人作出发明的行为予以补偿和鼓励。因此，申请人就自己的发明创造申请专利的，必须以向公众公开自己的技术方案为前提。TRIPS协议第29条规定：成员应要求专利申请人以足够清楚与完整的方式披露其发明，以使同一技术领域的技术人员能够实施该发明。我国专利法中也有同样的规定。但是，当申请专利的发明创造涉及国家安全或者重大利益需要保密时，各国可以自行做出规定。例如PCT条约第27条（8）规定：在本条约和细则中，没有一项规定的意图可以解释为限制任何缔约国为维护其国家安全而采用其认为必要的措施，或者为保护该国一般经济利益而限制其居民或国民提出国际申请的权利的自由。TRIPS协议第73条也明确规定：不得将本协议中的任何内容解释为要求任何成员提供它认为是一旦披露即会与其基本安全利益相冲突的信息。
从国际上看，对涉及国家安全或者关系到国家的其他重大利益的发明创造主要有以下几种作法：一种是将发明创造保密，在解密以前不授予专利权，由国家对申请人付给补偿，国防部门将发明取走，设法开发利用。如英国、法国、加拿大、希腊等国。另一种是将发明创造申请保密专利，经过审查合格的，授予专利权，但不予公布。如美国、意大利、比利时、荷兰、挪威、土耳其等国。还有一些国家的法律中没有规定，完全由行政机关处理。
依照我国专利法实施细则和国防专利条例的规定，我国采取了申请保密专利，在内部有控制地推广使用有关发明创造的作法。
我国专利法中未对“涉及国家安全或者重大利益”的发明创造作定义。一般而言，所谓涉及国家安全的发明创造主要是指国防专用或者对国防有重大价值的发明创造，例如新式武器或者用于武器上的新式部件等；涉及国家重大利益的发明创造是指涉及国防以外的其他重大利益，例如会影响国家经济、科技实力的发明创造。这些发明创造的公开会影响国家的防御能力，损害国家的政治、经济利益或削弱国家的经济、科技实力。
对于军民两用的发明，申请人如果希望其发明能够推广应用，就不宜申请保密专利。其原因在于：一旦制造该发明的产品并在市场上予以销售，假如获得该产品的人进行仿制，则由于保密专利申请被授权时并没有公布其内容，他人进行仿制无需承担侵权责任，因此无法得到有效的法律保护。所以，对不需要保密、准备推广应用的发明创造申请保密专利是不适宜的。发明的保密范围不宜过宽。过宽了，对保护和推广应用都无益。
尽管根据专利法第二条的规定，本条中所指“发明创造”应当包括实用新型和外观设计，但结合专利法实施细则和国防专利条例的规定，本条中所指的“发明创造”不包括实用新型和外观设计。其理由是外观设计一般与国家安全或者其他重大利益关系不大，而且一旦应用到产品上并在市场上予以销售之后也无法保密；实用新型的创造性水平较低，影响到国家安全或者重大利益的可能性也不大。所以本条所称的发明创造仅包括发明。
二、保密专利的申请和审批程序
根据专利法实施细则第八条的规定，发明专利申请涉及国防方面的国家秘密需要保密的，由国防专利机构受理；国务院专利行政部门（国家知识产权局）受理的涉及国防方面的国家秘密需要保密的发明专利申请，应当移交国防专利机构。国防专利机构按照“国防专利条例”的规定对上述申请进行审查。
除上述情况外，国务院专利行政部门受理发明专利申请后，应当将需要进行保密审查的申请转送国务院有关主管部门进行审查。有关主管部门应当自收到该审查申请之日起的四个月内，将其审查的结果通知国务院专利行政部门。需要保密的，由国务院专利行政部门按照保密专利申请处理，并通知申请人。
对保密专利申请，经国防专利机构审查认为符合专利法规定的，国家知识产权局应当做出授权决定，发给专利证书。对保密专利申请，授权公告仅公布专利分类号、专利号、专利申请日和颁证日。
保密专利不是无限期的。申请人可以提出解密请求，国家知识产权局也定期对保密专利进行复查。经审查认为失去保密价值的，予以解密。已经授权的保密专利，作出解密决定之后，公告该专利的内容。解密之后的专利在剩余的专利法保护期限内，与普通专利权一样受专利法保护，任何人不得侵犯。
最后，不言而喻，在保密的发明专利申请或者发明专利权的保密期间内，发明人或者其所在单位不得就有关发明向外国申请专利。
第五条
对违反国家法律、社会公德或者妨害公共利益的发明创造，不授予专利权。
本条从国家法律、公众利益和到底规范的角度出发，规定不能授予专利权的发明创造。
一、概述
专利权是国家依法授予专利权人的实施其发明创造的独占权，这种独占权的产生体现了国家的意志。本条规定对违反国家法律、社会公德或者妨害公共利益的发明创造，不授予专利权。是对专利法第二条关于对发明创造应当授予专利权的规定的补充和限制。根据专利法及其实施细则的有关规定，本条所述“不授予专利权”的含义包括：第一，在专利申请的审查过程中要依据本条规定进行把关，凡属于本条规定范围的发明创造不授予专利权；第二，对属于本条规定范围的发明创造，即使由于疏忽而被错误地授予专利权，任何人仍然可以依照专利法的规定请求宣告该专利权无效。
依照本条，“国家法律”是指全国人民代表大会或者全国人民代表大会常务委员会依照立法程序制定和颁布的法律，不包括行政法规和部门规章；“社会公德”是指群众普遍认为是正当的并且接受的伦理道德观念；“公众利益”是指社会的普遍利益，而不是以牺牲社会普遍利益为前提的个人或者团体的利益。
二、违反国家法律的发明创造
在我国，法律的最终目的在于维护公共利益，约束各种行为符合公众普遍接受的伦理道德标准，因此违反国家法律的发明创造本质上也违反公共利益或者违反社会公德。基于这样的理由，专利法将违反国家法律作为不授予专利权的情形之一。
“违反国家法律的发明创造”应当理解为一项发明创造地目的本身的为我国法律明文禁止或者与我国法律相违背。
由于赌博、吸毒、伪造公文印章是我国刑法禁止的，因此有关专门用于赌博的设备、机器或工具，吸毒者的器具，伪造国家货币、票据、公文、证件、印章、文物的设备等的发明创造，都属于违反国家法律的发明创造，不能被授予专利权。应当注意，如果发明创造的目的并没有违反国家法律，只是不按正常方法予以应用有可能导致违反国家法律的后果，则不能因为该发明创造的滥用会违反国家法律而拒绝对此类发明创造授予专利权。例如以治疗疾病为目的的麻醉品、镇静剂、兴奋剂，以及以娱乐为目的的游戏机、棋牌等。
巴黎公约第4条之四规定：“不得以专利产品的销售或者以专利方法制造的产品的销售受到本国法律的限制或者限定为理由，而拒绝授予专利或者使专利无效。”巴黎公约作出上述规定的理由是：一种产品的销售或者使用受到本国法律的限制或者限定，有可能仅仅是出于安全、质量或者其他方面的考虑，或者是因为一种产品的制造或者销售的垄断权已经授予某些特定企业。对于前者，随着社会的发展和情况的变化，国家法律可能会修改或废止，不应仅仅由于这一原因而不授予专利权；对于后者，专利权人有可能会获得国家给予的实施许可，也不应当仅仅由于这一原因而不授予专利权。
TRIPS协议第27条之二规定： “为了保护公众利益或者社会公德，包括保护人类、动物或植物的生命及健康，或者为了避免对环境的严重污染，各成员均可以排除某些发明的专利性，禁止这类发明在该成员地域内的商业性实施，其条件是这样的排除并非仅仅因为该成员的国内法律禁止这类发明的实施。”
TRIPS协议作出上述规定， 其出发点在于担心有些国家由于种种原因，例如意识形态、历史文化传统、宗教信仰等等，或者仅仅从保护本国利益的角度出发，排除一些发明创造获得专利保护的可能性，从而影响外国申请人的利益。
从文字内容来看， 本条规定与TRIPS协议的上述规定存在一定差别。本条并行地规定了三种不授予专利权的情形，即违反国家法律、违反社会公德和妨害公共利益。其中，只有后两种情形是TRIPS协议允许各国予以排除的。
但是，根据国家知识产权局审查指南的解释以及国家知识产权局在专利审查中所采用的实际标准，我国实质上已经充分采纳了TRIPS协议的规定。经过对审查指南的修改和完善，现实情况是：凡是需要以“违反国家法律”为理由予以驳回的专利申请，均可以依据“违反社会公德”或者“妨害公共利益”为理由予以驳回，至少到目前为止还没有遇到反例。从理论上看，也不存在这样的发明创造，它既不违反社会公德，又不妨害公共利益，同时也不属于专利法第二十五条排除的范围，例如科学发现等等，却因为违反国家法律而不能授予专利权。
尽管如此，为了与TRIPS协议的规定相一致， 适应我国加入世界贸易组织的需要，避免由此而产生不必要的争议，在第二次修改专利法实施细则时，在其总则部分新增加了第九条，对本条所称“违反国家法律”的含义作了进一步的限定性解释。该条规定：“专利法第五条所称违反国家法律的发明创造，不包括仅其实施为国家法律所禁止的发明