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教育需要的增加，使寺院和教堂的学校不足以应付不断增加的要求，于是新的世俗学校开始建立，而终于形成现代大学。1000年左右，法律的研究已经在波伦亚（Bologna）恢复，到了十二世纪，法律学校之外，又加上医学和哲学学校。起初外国学生为了对付本地人的歧视并互相保护起见，成立了学生会或“大学”（Universitas），后来这种组织又推广到本地或外国的全体学生中去。这些学生会自己聘请他们的教师，就是后来的波伦亚大学也仍然是学生的大学，因为它的管理权还操在学生手里。
另一方面，在第十二世纪的头十年，一些教师们在巴黎成立了一所辩论术学校，不久那个城市的教师组织Universitas，就成为北欧及英国大多数大学的组织模型。因此，牛津与剑侨两大学的管理权总是操主教师手里，与波伦亚大学的管理权操在学生手里不同，不过在苏格兰，大学校长还是由选举产生，这是学生管理权的残存的痕迹。
早在加洛林王朝（Carolingian）时代，学校的课程已经订定为初等三科，即文法、修词与辩论，都和词有关，和高等四科，即音乐、算术、几何学与天文学，这四科无论如何被认为是研究物的。音乐包含有一种半神秘性的数的理论，几何学只有欧几里得的一系列命题，而无证明，算术与天文学受到重视，主要因为它们教人怎样计算复活节的日期。这一切都是研究神圣的神学的准备。在整个中世纪，这种分科方法对于各门学术要素都是适用的，后来，由于人们对哲学产生更大兴趣，又添上了哲学一科，但这也只不过是逻辑辩论术的一门高级课程而已。
柏拉图与亚里斯多德之间关于“理式”或“共相”（universals）的老争论，再度出现在波菲利的著作与博埃修斯的注释中，因此到了中世纪的头脑中便成为分类的问题了。我们何以能分类呢？个体是唯一的实在，而类或共相（一般的概念）只是心灵的概念或名称，象唯名论所主张的那样呢，还是它们有相当独立的实在性，在感官对象中并依附于感官对象，作为对象的本质而存在，象亚里斯多德所指示的那样呢？或者再从另一方面说，理念或共相真象柏拉图在他的唯心主义哲学（后来叫唯实论）中所说的那样，脱离现象或个别事物有其独立的存在和实在吗？举一例而言，德谟克利特与苏格拉底究竟是真实的人还是只是一个名称呢？还是人是有自己的实在性的一个种类，在这里或那里得着某些形式，而成为德谟克利特或苏格拉底，即真正实体——人类——的偶有性呢？我们究竟应该随着柏拉图说“共相在物先”（universalia ante rem）还是应该随着亚里斯多德说“共相在物里”（universalia in re），或者随着唯名论者说“共相在物后”（universalia post rem）呢？
我们的科学头脑，更接近阿基米得而不喜欢亚里斯多德或柏拉图，觉得这场争论又愚蠢又讨厌。但要发掘埋藏很久直到文艺复兴才萌芽的现代科学的种子，却不能不对这场论战加以研究。就它对于认识论的影响来说，即令在希腊人看来，它也是很重要的，中世纪的人也终于在这里找着了基督教义的全部问题，唯一的困难是决定大肆实行迫害的正统派究竟要站在哪一方面。
第九世纪里，沃里根的门徒伊里吉纳（Erigena）或约翰·斯科特（John Scot）创立了一个神秘的学说，其基本的意见认为神是唯一的实在。这个学说是中古时代（与教父时期相对而言）基督教信仰与希腊哲学（这里指新柏拉图派的哲学）的第一次大综合。在伊里吉纳看来，真哲学就是真宗教，真宗教也就是真哲学。理性引导人到一个体系，这个体系又与正当解释的圣经相吻合。伊里吉纳是实在论者，但他的唯实论把柏拉图的观点与亚里斯多德的观点溶合在一起，唯实论与唯名论的争论只是到后来才趋于激烈。十一世纪时批判的推理应用于神学，双方的争执点才开始明朗化。唯名论出现在土尔的柏朗加里斯（Berengarius of Tours，999－1088年）的著作里，他批判了化体（transubstantiation）理论，说我们要改变面包与酒的本质，就必然要相应地改变其形与味等偶有性。唯名论也出现在洛色林（Roscellinus，卒于约1125年）的著作中。他主张只有个体是实在的，因而达到三位一体的三神论观念。这就立刻促使敌对的唯实论轮廓更加鲜明，尤其是在查姆伯的威廉（Williamof Champeaux）与坎特布里的安瑟伦（Anselm of Canterbury）的著作中，并使唯实论成为正统观点，流行了几百年。
但是唯实论固有的困难，引起许多不同的派别；学校内狂热地进行着无休止的辩论，经院辩论家在哲学的尖锐交锋中斗争了两百年。法国布尔塔尼人阿伯拉尔（Abelard，1079…1142年）攻击他的先生查姆伯的威廉并把他的学说修改成为接近唯名论的一种学说，但是他的唯名论不象洛色林的那样始终一致。在阿伯拉尔的哲学中，三位一体的教义成了一神的三个方面的观念。阿伯拉尔已经有摆脱中世纪思想习以为常的教条框框的征象。他说了一些富有意义的话，如“怀疑是研究的道路”，“研究才能达到真理”，“要信仰须先了解”，这些话很可以拿来和教父哲学家德尔图良（Tertullian）的“正因其荒谬而信仰”（credo quia impossibile），及安瑟伦的“为求知而信仰”（credo ut intellgam）相比较。阿伯拉尔受到圣伯纳德（Saint Bernard）的谴责，后者极端仇视世俗的智慧，且尽力培养教会对于异端的疑忌。但有一个时期，思辨的精神也消耗尽净了，从十二世纪中叶，逻辑与哲学辩论开始沉寂，一直沉寂了五十年，现在人们又对古典文献发生了暂时的兴趣，这种兴趣是以萨利斯伯里的约翰（John of Salisbury）及设在沙特尔（Chartres）的他的学校为中心的。
中世纪人的哲学讨论，至今仍然使某些现代的形而上学家感到浓厚的兴趣；他们对于物质宇宙的一般观念，在我们看来，实在奇怪、不实在而且混乱。大体说来，他们对于自然事件、道德真理和精神经验是不加分别的。终极的实在无疑地包含着这三方面，但历史告诉我们，无论如何，自然事件应当单独加以观察，如果我们要想更加认识它们相互间的关系的话。
中世纪的心理迷恋于假想的大小两种宇宙的类比，一方面是神性，即天文学上的宇宙结构，另一方面是人体，即解剖学、生理学与心理学上的人身结构。他们通常以为有一个活的灵魂，即“奴斯”（vous）或新柏拉图主义的世界精神，贯注在并维系着整个宇宙，这个灵魂又为神所渗透与控制。因此，原始的物质，即死与分解的元素，也在神控制之下。
大宇宙和小宇宙的观念是在柏拉图的《蒂迈欧篇》中提出的，还可上溯到阿尔克莫与毕达哥拉斯派，但是有些中世纪的著作家归之于赫米斯（Hermes）。这是一位很可怀疑的亚历山大里亚人物。许多炼金术的著作里提到他，也许他就是古埃及神梼特。这个理论还以简单的形式出现在塞维尔的伊西多尔与炼金家“杰伯尔”的书中。后来更由土尔的伯纳德·西尔维斯特里（Bernard Sylves…tris of Tours，约1150年）与宾根（Bingen）的修道院院长希德加尔（Hildegard，约1170年）加以发展。在中世纪的艺术品中经常可以看见这个观念的寓言式的表现。
在仅仅描绘大宇宙的其他作品中，我们可以看见如下的画面。地球是中央的球体，其中的四元素原来本是谐和而有秩序的，自亚当堕落以后便凌乱了。地球周围有充满空气、以太和火的几层同心圈，这些圈里有恒星、太阳与行星，被四种天风挟持着运行，这四种天风又与地上的四种元素和人身中的四种体液有关，天堂是火层以外最高的苍穹，地狱在我们脚下的地球之内。
大宇宙和小宇宙基本上相似的概念，流行于整个中世纪。经过文艺复兴而仍存在，及至现代还出现在文学里。宇宙是由同心的球或圈层构成的观念，在中世纪已发展成古典的了；在但丁的幻像里达到了它的顶点。哥白尼摧毁了它的理性基础，但没有铲除民间的传说。就在现今，我们还可以在各阶级的愚昧民众中流行的某些历书的封面上，看见从古代世界和中世纪这些混乱的想象中得来的图画。
在犹太神智学，即所谓卡巴拉（Caballa）的学说里，也可以找到大致相同的观念，这个学说自称发扬了上帝启示亚当的秘传真理，并且靠了传说传给后代，以后对基督教也发生了很大的影响。
在这里，我们对中世纪的庞杂繁复的占星术、炼金术、巫术与神智学大杂脸，连十分之一也无法叙述；这些不但使我们难于理解，甚且使我们不能卒读。这些观念本质上是中世纪心理的特点，有了这些观念，他们才感觉安适。但是我们不要忘记，科学思想在当时既很少见，而且同一般人的心理也格格不入。几棵疏落的科学树苗，必须在始终阻遏生机的旷野密菁中生长，而不是家有些科学历史家所想象的那样在开阔而有益于康健的愚昧草原中生长。一块农地如果几年不加耕种，即仍成为草莽，在思想的园地里也不乏同样的危险情况。费了科学家三百年的劳动，才得清除草秽，成为熟土；但毁灭很小一部分人口，便足以毁灭科学的知识，使我们回到差不多普遍信仰巫术、妖术和占星术的局面中去。
十三世纪
黑暗时期的学术任务是把濒于灭绝的古代学术尽可能地挽救出来，以后几个世纪的任务则是熟习与吸收所重新发现的学术。中世纪初期在学术方面的主要成就，是把拉丁纲要的作者所保存下来的残存古代古典知识与早期教父们依照新柏拉图主义诠释的基督教信仰融合为一。我们可以看到，自九世纪以来，这个过程就在进行，可以说从那时起，中世纪的建设时期就开始了。
到十二世纪时，从过去得来的双重遗产已经由中世纪的思想界加以考察、清理、吸收与改造了。此后哲学性的神学工作就暂时停顿下来，可是这个时期里，把古典书籍当做文学来欣赏的现象却达到了极点。比较高深的亚里斯多德著作，没有一部是完整的，因此没有一部科学书籍落到当时学者手中，来打扰他们偏重于文学的观点；这些学者所以留心典籍，本来只是一种治学的别径，或者只是为了更便于了解圣经的语言和神父的著作。虽然亚里斯多德的著作，经过各家注释未尝没有间接的影响，但当时流行的神学态度仍然是柏拉图派或新柏拉图与奥古斯丁派的态度，是唯心主义的和神秘的，而不是理性的和哲学的。
但在十三世纪时，人们的观点就发生了一个重大的变化，这与当时随着托体僧的出现而产生的人道运动是同时发生的，而且或许还是有关联的。为了满足人们追求世俗知识的不断增长的要求，希腊书籍翻译成拉丁语，起初是从阿拉伯语转译，后来直接由希腊语译出。全部情况至今还没有完全弄清楚，因为我们对于阿拉伯科学文献——即使是现存的那一部分科学文献——的知识还是很片段的，要正确地指出什么是阿拉伯人增加到希腊科学上去的，还不可能。
由阿拉伯语到拉丁语的翻译工作，在西班牙最是活跃。这里自1125至1280年有一系列的翻译家针对许多题目孜孜不倦地工作着。“由于他们的工作，我们才得到亚里斯多德、托勒密、欧几里得和希腊医学家阿维森纳与阿维罗伊以及阿拉伯天文学家与数学家的著作，还有一大堆占星术书籍，显然还有不少的炼金术的书籍。”
在重要性上次于西班牙的是意大利南部与西西里。在这些地方，有不少著作从阿拉伯语和希腊语翻译过来，这是因为这些地方与君士坦丁堡有外交和商务的关系，而且居住有一些阿拉伯人和希腊人的缘故。从这个来源得到了一些医学书籍，一本地理著作与地图以及托勒密的《光学》。亚里斯多德的《动物学》、《形而上学》与《物理学》及1200年以后在西方出现的许多次要书籍，其来源则属于许多散居各处的或不知名的译者。
那时科学文献的通用语言是阿拉伯语，从阿拉伯语译出的书籍，即使作者是希腊人，也见重于当时。当时，说阿拉伯话的民族以及杂居其间的犹太人对于科学感到真正的兴趣，中世纪欧洲正是由于同伊斯兰教国家接触。才从早期的观点过渡到一个比较富于理性主义的心理习惯。
最大的变化是在重新发现亚