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1991年，加利福尼亚大学伯克利分校法学教授菲利普·约翰逊（PhilipE．Johnson），出版《审判达尔文》一书，做出了富有意义的区分。约翰逊指出，一些基督教基要主义者（他称为神造论科学家）坚持认为，《圣经》中上帝六天之内创造世间万物的描述是不折不扣的真理。还有一些神造论者认为，地球有十亿年的悠久历史，生命是进化而来，但是这个过程是在上帝的引导下进行的。约翰逊力图表明，像神造论者袒护神造论一样，进化论者偏袒自己的信仰，完全排斥上帝的存在。约翰逊在这里犯了一个错误，实际上进化论只是解释生命是一个自然进程，不需要神的力量或者超自然力量的介人。它并没有否定上帝的存在，只是说上帝不是生命历史的必不可少的部分。到目前为止，进化论科学从来没有明确表示上帝存在与否。然而，对于神造论者来说，没有上帝就无法解释生命则是一个不可更改的信条。神的创世奠定他们道德系统的基石。神造论科学家坚信，《圣经》中《创世记》叙述的全部是不容置疑的真理；进而非常激进地相信，传授进化论科学是对上帝的侵犯。科学与宗教的思想之争恐怕还会继续进行下去。
除了来自宗教的反对以外，达尔文主义还要面对来自科学界的异议。达尔文知道，最大的阻碍之一是缺乏亲本的特征如何遗传给后代的知识。十九世纪五十年代到六十年代，格利高利·孟德尔（GregorMendel）通过植物培育试验开始解决这个问题。但是直到二十世纪初，遗传原理开始形成时，他的研究成果才广为人知。大约在同一时间，细胞生物学研究取得突破性进展。科学家们很快确定，遗传特征与某些细胞紧密相关。从而促成了研究生物体及其群体遗传与变异的学科——遗传学的诞生。二十世纪六十年代，发现脱氧核糖核酸（DNA），现代分子遗传学诞生。DNA的庞大分子中包含磷酸酯和碳水化合物（糖）结合的线状体，为遗传信息编码，形成生命的基础。通过DNA，亲本的遗传信息转移给后代重新组合。
达尔文生前和去世多年以后，进化论比自然选择更加易于被人们接受。富有说服力的证据是，物种是由进化而来，但进化的运行机制并不显而易见。十九世纪最后一个年代和二十世纪初，科学家们提出了一系列有关进化论的思想，忽视甚至贬低作为运行机制的自然选择，曾经一度认为突变（生物体结构突然急剧的变化）是进化的原因，而不是达尔文提出的微小变化的缓慢积聚。二十世纪二十年代到三十年代，自然选择重新成为必不可少的基本部分。遗传学家证明，少数生物体内微小的变化，能够导致大规模生物群体的变化。
二十世纪四十年代左右，一些科学家，包括托马斯·赫胥黎的孙子动物学家朱利安·赫胥黎（JulianHuxley，1887－1975）和美籍俄裔遗传学家多布赞斯基（T．Dobzhansky，1900－1975），将达尔文关于自然选择的思想和对孟德尔遗传学说、古鸟类学以及其它领域的研究结合在一起，创立了“新综合派理论”（综合就是各部分的联合），又叫“综合理论”或者“新达尔文主义”。动物学家厄内斯特·梅厄（ErnstMayr）是新综合派的主要代言人之一。关于达尔文，他写道：“我们一遍又一遍地查阅达尔文的著作。因为作为勇敢无畏、富有智慧的思想家，他提出了许多别人从未涉及，关于人类起源最深刻的问题；作为富有献身精神和创新精神的科学家，他提供了才华横溢，震惊世界的答案。”
曾经一度激进的进化论思想已经渗透到大众文化的每一个方面。例如，加里·拉森（GaryLarson）的漫画对这个问题提供了一个异想天开的解答：如果像生物学家相信的那样，生命源于海洋，那么它们为什么移居到陆地？又是怎样移居到陆地上来的呢？
今天，进化论阐述的真理已被绝大部分科学家接受。“新综合派理论”产生后，进化论生物学并没有就此止步。二十世纪四十年代以来，人们不断探索，开辟进化论科学的新领域。科学家们不断提出关于物种进化的速率和运行机制的新观点；讨论进化中机缘、运气和随意环境的作用；对自然选择的重要性进行质疑，提出附加变化机制；运用遗传科学的新技术来确定什么时候新物种从其它物种中脱离出去；研究新发现的化石，力图获取更多关于人类在自然界中位置的知识。以英国的理查德·道肯斯（RichardDawkins）和美国的爱德华·威尔逊（EdwardO．Wilson）为首的一些动物学家，探讨社会生物学的思想，用进化论的观点解释人类和动物的行为。例如，一只鸟发出尖叫警告其它鸟儿，并吸引捕食者的注意，也许会保护相关同类的基因遗传，尽管发出叫声的鸟冒着被捕食者抓住或者吃掉的更大危险。通过这些描述，社会生物学家们力图阐释单配性和自我牺牲等诸多特点。同时，随着进化论生物学新理论的提出和检验，历史学家正在梳理档案资料，以便获取达尔文思想更加准确的全貌。
所有的这些活动，都是对达尔文持之以恒的试验和修正改进工作的扩展。达尔文深知，科学从来不是静止不动、固定不变的。前一位开拓者的结束预示着下一位探索者的开始。当代进化论探险家仍然在尽情分享达尔文的激情，这种优秀品质用他的好友、同事华莱士的话来概括就是——“生命的现象复杂多变、异彩纷呈。在探索它们起因的道路上，永不停息！永不满足！”
补充材料：孟德尔遗传学
遗传，作为进化论的一个方面，是有机体将自身特征遗留给后代的运行机制，达尔文对它的理解从来没有令自己满意。遗传的存在毫无疑问，但它是怎样发生作用的呢？富有讽刺意味的是，达尔文生活的时代已经发现理解遗传机制的钥匙，只是从未引起他的注意。它存在于一位名不见经传的奥地利神父，博物学家格利高利·孟德尔（GregorMendel，1822—1884）的著述中。
从1850年开始，十五年以来，对于杂交植物的培育和变种之间的杂交，孟德尔进行了数以千计的实验。他使用的是两种不同的豌豆属植物：一类植株高；另一类植株矮。两种植物杂交时，孟德尔发现获得的总是植株高的后代。但是把两个第二代植物杂交，产生的第三代植物中，高矮植株的比例是三比一。
当时关于遗传学普遍流行的观点是，亲本的特征会均等地遗传给后代。这导致了关于进化论所谓的“油漆桶问题”的产生。1867年，一位名叫亨利·弗莱明·詹肯（HenryFleemingJenkin，1853－1885）的苏格兰工程师提出了这个问题。詹肯认为，生命个体的变异不能作为新物种的基础，因为这些变异将很快丧失，返回到主群落的繁殖中去，就像溅到白油漆桶内的一滴黑油漆。将迅速地消失。
1867年以前，詹肯运用油漆桶论来反驳自然选择。孟德尔观察了上千个实验后，证明亲本的特征不会与后代混为一谈。如果像詹肯和其他一些人相信的那样，来自遗传的特征可以混杂，那么孟德尔杂交的高矮豌豆属植物获得的植株将高度适中。恰恰相反，随后培育的几代植物非高即矮高个植株占主导地位。所以、来自遗传的特征不可混杂；遗传特征是作为一个整体来获得的。这些特征在后代中扩散的方式依据孟德尔称为显性性状和隐性性状的因素。显性性状，比如孟德尔试验的豌豆属植物高大的特征，在第一批的全部后代和第二批四分之三的后代中存在。
默默无闻的奥地利神父格林高利·孟德尔，他的豌豆属植物实验是解开遗传问题的钥匙。
人们不清楚孟德尔是否理解他的发现的全部意义1866年，在当地的的一份小型博物学杂志上，孟德尔整理发表了上述发现。就在同一年。他被任命为自己所在的修道院院长，不得不放弃植物实验。让位于行政管理事务。1884年，孟德尔即将去世时。他所有的笔记、论文重见天日。孟德尔的文章流落到少数几位科学家手中，但是他们对这些兴趣不大，一部分原因是由于孟德尔一直默默无闻，另一部分原因是由于他的发现与当时广为接受的遗传特征混杂论背道而驰。
然而，1900年左右。几名研究遗传问题的科学家认识到孟德尔论文的意义，并遵循他的方法进行遗传特征研究。不久，新科学——细胞生物学帮助研究者发现，从亲本到后代的遗传特征处于携带基因的专门细胞的控制之下。1953年。科学家詹姆斯·沃森（Jameswatson）和弗兰西斯·克里克（FrancsCrick）发现并揭示了由脱氧核糖核酸分子（DNA）组成的遗传物质。从从格利高利·孟德尔种下他的第一株豌豆属植物到本世纪，遗传研究向前迈进了一大步、实现了质的飞跃。但是，正是孟德尔耐心细致的实验、为现代科学——分子遗传学的发展铺平了道路。
达尔文大事年表
1809年2月12日。查尔斯·达尔文出生在英国施鲁斯伯里镇。
1817年妈妈去世。
1817年～1825年在施鲁斯伯里私立中学就读。
1825年～1827年在苏格兰爱丁堡大学攻读医学。
1828年～1831年在英国剑桥大学就读。
1831年～1836年随贝格尔号军舰环球考察。
1837年开始写作第一本物种演变笔记。
1838年阅读托马斯·马尔萨斯的著作《人口论》
1839年1月，与爱玛·韦奇伍德结婚；12月，儿子威廉出生；严重疾病的第一阶段。
1839年～1843年编纂五卷本巨著《贝格尔号航行期内的动物志》
1842年移居到伦敦郊外的达温宅。
1842～1846年撰写三卷本著作《贝格尔号航行期内的地质学》。
1844年撰写未发表的阐述进化论的论文。
1846年～1855年就藤壶问题进行研究写作。
1848年父亲去世；健康状况不佳并持续很长时间。女儿安妮去世。
1855年开始撰写关于进化论的主要著作。
1858年伦敦林奈学会宣读达尔文和华莱士合作的关于进化论的论文。
1859年发表《物种起源》。
1860年英国科学促进会年会在牛津大学关于进化问题的大辩论。
1863年～1865年病情延续。
1868年发表《家养动物和培育植物的变异》。19世纪70年代发表五部关于植物的著作。
1871年发表《人类起源和性选择》。
1872年发表《人类和动物情感的表达》
1881年发表关于蚯蚓的著作。
1882年4月19日，达尔文在达温宅逝世；厚葬于威斯敏斯特大教堂。