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1936年4月25日，竺可桢走马上任。当天下午他向浙江大学师生发表就职演说《大学教育之主要方针》，阐述对大学教育的理解：“我们受高等教育的人，必须有明辨是非、静观得失、缜密思虑、不肯盲从的习惯，然后在学时方不致害己累人，立身处世方能不负所学。……我们固不肯为传统的不合理的习惯所拘束，尤不应被一时的情感所冲动，被社会不健全潮流所转移，或者受少数人的利用。”在强调教授对一个大学的重要性的同时他表示：“一个学校的健全发展，自然有赖教授校长之领导有方，同时尤需要全体学生有深切的自觉与实际的努力。”
9月18日在对学生讲话时，竺可桢把浙大精神概括为“诚”和“勤”两个字。他认为浙大前身求是书院和高等学堂一脉相传，都可以用这两个字代表它的学风。竺可桢反复地告诫学生：“我想诸位中间，一定没有人说为文凭而到浙大来的，或者有的同学，以为到这里来是为了求一种技术，以作谋生的工具。……教育不仅使学生求得谋生之道，单学一种技术，尚非教育最要的目的。”“盲从的习惯，我们应该竭力避免，我们不能因为口号叫得响一点，或是主义新一点，就一唱百和的盲从起来。我们大家要静心平气的来观察口号的目的、主义的背景，凭我（们）的裁判，扪良心来决定我们的主张。若是对的，我们应竭力奉行。若是不对的我们应尽力排除。依违两可、明哲保身的态度，和盲从是一样的要避免。我们要做有主张有作为的人，这样就非有清醒之头脑不可。”“诸位求学，应不仅在科目本身，而且要训练如何能正确地训练自己的思想；第二，我们人生的目的是在能服务，而不在享受。”
在日本侵略者向广西宜山的浙大校舍扔下一百一十八颗炸弹后的1939年2月4日，竺可桢提议校务会议将“求是”定为浙大校训。而他心目中的“求是”就是追求真理，就是“排万难冒百死以求真知”。在十三年的校长生涯中，竺可桢大致遵循这样的办学思路的目的就是要把学生造就为一个能运用自己思想、敢于牺牲、不盲从的人。他不仅怀抱着这样的理想，而且最大限度地付诸了实践。他深切地感到，“若是一个大学单从事于零星专门知识的传授，既乏学术研究的空气，又无科学方法的训练，则其学生之思想即难收到融会贯通之效”，为此他一贯坚持大学要独立办学，要有学术自由和思想自由，主张通才教育和技术教育并重，提倡学术研究，树立校园浓厚的学术气氛。其中，“大学之能发扬光大在于研究”就是他的著名论断。此外，他尤其重视基础学科，认为“大学一二年级中，工院自宜打定数理良好基础，文法等院自宜重视文学、经济以及中外历史，以备专精。虽然彼此不可偏废，仍宜互相切磋，不限系院，庶几智识广博，而兴趣亦可盎然”。1936年，竺可桢甫一上任，第一次召开校务会议就提出大学各学院一年级不分系的建议，目的就是避免学生过早地进入专业学习而忽视了基础。为了加强数、理、化、国文、英文等基础课教育，他要求“第一等的教授”亲自到教学第一线。他鼓励学生跨院、跨系选修课程，选读与自己专业相关的学科或自己爱好的学科。在竺可桢的倡导下，那个时代的浙大，理工科学生选读唐诗宋词，文学院学生选读微积分、地学通论、物理等课程都不是什么罕见的事。1945年9月23日，竺可桢在《我国大学教育之前途》文中说：“若侧重应用的科学，而置纯粹科学、人文科学于不顾，这是谋食而不谋道的办法。”“目今我国社会，仍然充满了这种功利主义。大学里边的课程，支离破碎，只求传教零星有用的知识，而不注重理智的培养。大学生认定院系，不问其性情之是否适合，而只问毕业后出路之好坏，待遇之厚薄。选择科目，不问其训练之价值如何，而专问其是否可应用到所选定之职业。在大学内通才教育与技术教育理应并重。”“大学无疑的应具有学术自由的精神。大学的最大目标是在蕲求真理，要蕲求真理，必得锻炼思想，使人人能辨别真伪是非。”1946年7月25日，在南京教育部高等教育会议上讨论《大学组织法》时，他指出最要紧的是第一条“大学宗旨以研究高深学术、养成专门人才”，主张把通才教育加入，即西文Liberal
Education，但未得通过。
他常常说，大学教育主要不是提供传授现成的知识，更重要的是开辟基本的途径，提供获得知识的方法，培养学生研究批判和反省的精神，因此，基础学科要比细密的专业知识更加重要。1937年10月25日，战火即将烧到美丽的西子湖畔，浙大一年级在天目山的寺院中开学，竺可桢对新生演讲《大学生之责任》，仍是谆谆告诫他们到大学里来，“万勿存心只要懂了一点专门技术，以为日后谋生的地步，就算满足”。
1940年，江西新办了一所中正大学，竺可桢在日记中批评说：“余以为办工、农而无文理，实不大合理。”“大学因为能包涵万流，所以成其为大。”他也批评浙江新办的英士大学“专设医、工、农三学院而无文、理，何能望其办好”。“大学虽分设各学院，而实为一整个之机体，彼此息息相关，不宜自分畛域。”1947年8月11日，他批评中央政治大学“学生风尚不重研究，所竞趋于入仕途，故学术空气不浓厚云”，显然表示了对政治大学的藐视。1941年和1946年，竺可桢曾先后两次谢绝陈立夫、朱家骅的要求，不肯出任中央大学校长。
尽管校政繁忙，生活处于动荡不定的乱世之中，竺可桢本人却也从没有放弃过读书、研究，他的日记有时候就是密密麻麻的读书心得。从1936年4月到1944年底，他在中外报刊发表各种论文多达三十九篇，其中代表性的科学史论文《二十八宿起源考》颇受中外好评。从1945年到1949年（包括出国半年多、复员及应付学潮特别紧张之年），他也发表了专业和通俗论文五篇。但1946年7月27日，当他在返回杭州的车上读到美国的《气象学报》1945年12月号时，仍禁不住感叹“其中多创作，余均不解所云。十年校长，已成落伍之气象学家矣”。
在竺可桢身体力行的倡导下，浙大的学术讨论之风盛行，教授与教授之间常常为学术问题争得面红耳赤。即使在纸张紧缺、环境险恶的抗战期间，浙大的学术刊物定期或不定期的也保持在二十多种，各种学术纪念报告会不断。例如，遵义时期的“徐霞客逝世三百周年学术讨论会”、“伽利略逝世三百周年报告会”、“达尔文进化论与遗传学讨论会”，竺可桢不仅亲自主持，而且还作了重要的学术演讲。
在如此浓厚的学术氛围中，我们不难理解当年的浙江大学，从理工农科到人文学科，像陈建功的三角级数、苏步青的微分几何、王淦昌的原子核物理、谈家桢的遗传学、蔡邦华的昆虫学、卢守耕的稻作学、吴耕民的果树学、夏鼐的考古学、张荫麟的中国史纲、谭其骧的中国历史地理学等，何以都具有第一流的学术水准，站在了当时各学科的前沿，在海内外享有声誉。谈家桢回忆说：“就我来说，回顾自己的一生中，最有作为的就是在湄潭工作时期。我的学术上最重要的成就就是在湄潭县‘唐家祠堂’那所土房子里完成的。现在回想起来，应该好好感谢竺可桢先生，因为他为我们创造了这种美好的研究环境。有时，我和著名教授苏步青、王淦昌等欢聚的时候，回忆那时情景，大家兴奋地说：‘在湄潭是我们最难忘的时刻啊！’不禁洒下了欢欣的热泪。”当年，英国的李约瑟在看到他们在土房子里写出的具有世界水准的学术论文后大为震动，禁不住感叹地说“浙大是中国最好的四个大学之一”，是“东方之剑桥”。
二
为了保持学术自由，竺可桢强调“对学校应能自治，以维护大学之尊严”。他认为大学的主要使命有三个，一是造就具备智仁勇的完人，二是奠定学有专长的根基，三是养成自己独立思想的习惯和能力。1944年7月1日，抗战胜利在望，他提出“抗战结束以后，大学即须恢复常态，使他有学术自由的空气”。1945年4月1日，他在重庆和朱家骅、陶孟和等谈到战后高等教育时提出，大学要有学术自由，不能用标准化办，课程必须简化。
同年9月3日，他读到《大公报》社论《教育复员》“关于大学的精神和风气，主张培养自由研究学术的空气”时显然同意这些观点，所以才会抄在自己的日记中，但同时又批评《大公报》的文章“有许多处说来好像隔靴搔痒。有暇当为文论之”。9月12日，他即写下《我国大学教育之前途》一文，称：“大学能彻底地培养理智，于道德必大有裨益。凡是有真知灼见的人，无论社会如何腐化，政治如何不良，他必独行其是。惟有求真理心切，才能成为大仁大勇，肯为真理而牺牲身家性命。……许多人之所以盲从、自私、贪污、卑鄙，只是未能彻底明白事理。”
从一开始当校长竺可桢就想争得办学的自主权，他提出的三条要求中就包括“用人校长有全权”这一条，得到了蒋介石的口头承诺，在以后的十三年中大致也做到了。1946年7月19日他在日记中说：“对于教育与政治总以为不应过于接近。”他还说过：“关于政治党派余均不感兴趣。”由于他兼收并蓄的气度和胸怀，在他主持的十三年中，浙江大学是超越于党派之外的，倾向国民党的教授张其昀也好，无党派的自由主义教授费巩也好，倾向左翼的教授严仁赓、张君川等也罢，都能施展自己的才华，安心从事教学、研究，并不因为政治态度而有所偏废。浙大“无门户党派之争”让他一直引以自豪。竺可桢多次指出，“办教育之基本信仰与警察厅长不同”，“对办大学的基本信仰，必须有人人可以为圣人之信仰，然后可以办教育”。他认为在一个政治动荡的时代，学校更不应加入政党纷争之中，“余来此乃办学校而非办党也”。他说自己“素来对于政党毫无兴趣，而且深深痛恶陈立夫的作风和宋子文、孔祥熙的贪污”。这是他之所以多次拒绝加入国民党的原因。本来国民党规定只有党员可以担任训导长，但他认为聘训导长的标准应该是“资格极好，于学问、道德、才能为学生所钦仰而能教课者为限”。在他心目中，先后做过训导长的费巩、苏步青等大概都是这样的人。
1942年浙大反孔游行后，他对马国钧袒露了自己的心迹：“目前，国立大学的校长们中，只有我和梅贻琦先生两人，还不是中国国民党的党员。我深知，政治上许多事极为复杂。如果我不顾大局，只图意气用事，立即辞职的话，不幸引起其他枝节来了，我将何以自处？顾全个人容易，顾全大局维艰！”
国民党强硬势力将浙大称为“共匪之租界”，实际上竺可桢本人从来不赞成部分学生热衷左翼政治，认为“学校为社会之缩影。因政治不安定，所以学生喜作政治活动，但学生对于政治可以有主见，不能有活动”。“学生应埋头求学问，否则从军可也。在学校闹党派，则不特于抗战无益，学校亦不成其学校。”针对各种非议，他多次在日记中说：“知外间批评浙大，谓余放纵学生自由，甚至纵容共党。此种一无根据之谈，本不足辩，惟众口烁金，难免人之轻信耳。”1946年6月12日，他在与马寅初争论时说：“余并不赞成现政府之政策，孔宋贪污，余所痛恨，但吾辈存心须公平。”1947年6月7日他在太平洋船上读白修德所著《中国之震雷》，“对于政府攻击不遗余力。所叙多为事实，但对于共产党则赞扬备至，不免偏激。……闻国内对于此书禁止购买，则大可不必也。诗云：‘他山之石，可以攻玉’”。浙大学生自治会主席于子三被杀害后，他在11月10日的校务会议上说：“余同情于子三之惨死，但并不同情于其政治活动。学生在校，尽可自由信仰，但不得有政治活动。”1948年2月14日，他批评学生自治会代表说：“自治会对政治兴趣太浓、舆论太偏、手腕太玩弄。”“但过去自治会所出之《浙大周刊》、《求是周刊》以及学报，对于学术文字完全不载，满篇都是骂政府之文字，无怪乎外人以浙大为共产党之集中地也。”4月13日，他召集会议讨论学潮问题时称：“以今昨两日申、新及杭州《正报》所登浙大为共产党所策动中心，故迟早军警必来校捕人，而学生尚不自检点，到处张（贴）反政府骂人以及侮辱元首之壁报。”12月13日，他与浙江省主席陈仪谈话时坦