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不幸，笛卡尔通过法国驻斯德哥尔摩大使沙尼雨，和瑞典克丽斯婷娜女王开始了书信往还；克丽斯婷娜是一个热情而博学的贵妇，自以为她既然是君主，有权浪费伟人的时间。
他寄赠她一篇关于爱情的论著，这是直到那时候他向来有些忽视的题目。他还送她一个论灵魂的种种炽情的作品，那是他原来为巴拉丁选侯的女儿伊丽莎白公主写的。为这两个作品，女王请求笛卡尔亲临她的宫廷；他最后同意了，于是她派一艘军舰去接他（1649年9月）。结果原来是她想要每天听他讲课，但是除在早晨五点钟以外她又腾不出时间。在斯堪的纳维亚地方冬日的寒气里，这种不习惯的起早，对一个体质孱弱的人就不是顶妙的事。加上，沙尼雨又害了重病，因此笛卡尔去照料他。这位大使健康复原，但是笛卡尔却病倒了，1650年2月长辞人世。
笛卡尔一直未结婚，但是他有一个私生女儿，五岁上死去，他讲这是他平生最大的悲伤。他永远衣冠楚楚，佩挂一柄宝剑。笛卡尔不是勤奋的人，他工作的时间很短，也少读书。他到荷兰去的时候，随身没携带多少书籍，但是在带去的书里面有圣经和托马斯·阿奎那的著作。笛卡尔的工作仿佛是在短期间精神非常集中下做出来的；但是，也许他为了维持绅士派业余哲学家的面貌，假装比实际上工作得少亦未可知，因为否则他的成就似乎让人很难相信。
笛卡尔是哲学家、数学家、也是科学家。在哲学和数学上，他的工作重要无比；在科学方面，成绩虽然也值得称道，总不如同时代有些人的好。
他对几何学的伟大贡献是发明坐标几何，固然还不完全是最后形式的坐标几何。他使用了解析方法，解析方法是先假定问题已然解决，再审查此假定的种种结论；他并且把代数应用到几何学上。这两件事在他以前都曾经有人做过；关于前者，甚至在古代人中间也找得到做过的人。他的首创在于使用坐标系，就是用平面上一点到两条固定直线的距离来确定这点的位置。笛卡尔本人并没发现这个方法的全部力量，但是他的工作足以为进一步的发展铺平道路。这决非他对数学的唯一贡献，却是最重大的贡献。
他讲述了自己的大部分科学理论的书是1644年出版的《哲学原理》（Principiaphilosophiae）。不过还有一些其他重要书籍：《哲学文集》（Essaisphilosophiques）（1637）讨论几何学，也讨论光学；在他写的书里有一本叫《论胚胎的形成》（Delaeormationdueoetus）。他欢迎哈维关于血液循环的发现，一直总希望自己在医学方面作出什么重大发现（然而没有实现）。笛卡尔把人和动物的肉体看成机器；动物在他看来是完全受物理定律支配、缺乏情感和意识的自动机。人则不同：人有灵魂，它蕴藏在松果腺内。在这里灵魂与“生命精气”发生接触，通过这种接触，灵魂和肉体之间起相互作用。
宇宙中的运动总量有一定，所以灵魂影响不了它，但是灵魂能改变生命精气的运动·方·向，因而间接地能够改变肉体其它各部分的运动方向。
笛卡尔的这部分理论被他的学派中的人废弃了——起先他的荷兰门徒格令克斯（Geulincx），后来马勒伯朗士和斯宾诺莎，都把它舍掉。物理学家发现了动量守恒，按动量守恒讲，在任何已知·方·向，全宇宙的运动总量是有一定的。这表示根本不会有笛卡尔所想像的精神对物质的那种作用。假定一切物理作用都带碰撞性质（笛卡尔学派很普遍地这样假定），动力学定律足够确定物质的运动，精神的什么影响完全没有插足余地。可是这引起一个困难。我决意要手臂动时手臂就动，然而我的意志是精神现象，我的手臂动却是物理现象。那么，假如精神和物质不能相互作用，为何我的肉体·俨·然·像我的精神支配着它在活动？对这问题，格令克斯发明了一个答案，通称“二时钟”说。假定你有两个都十分准确的钟；每当一个钟的针指整点，另一个钟就要鸣响报时，因此倘若你眼看着一个钟，耳听另一个钟的响声，你会以为这个钟·促·使那个钟打点。精神和肉体也如是。各自由神上紧弦，彼此步调取一致。所以当我起意志作用的时候，尽管我的意志并未实在作用于我的肉体，纯物理的定律促使我的手臂运动。
这理论当然有种种困难。第一，它甚是古怪；第二，既然物理事件系列由自然法则严格决定，那么精神事件系列和它平行，必定同样带决定论性质。这理论假如确实，就该有一种什么可能有的辞典，里面把每个大脑事件翻译成相应的精神事件。一个想像中的计算者可根据动力学定律计算大脑事件，再借助这“辞典”推断伴随的精神事件。即使没有“辞典”，这位计算者也可以推断人的所言所行，因为这两项全是肉体的运动。这种见解跟基督教伦理及罪业降罚说恐怕很难取得调和。
不过这些结果并不是立刻就可以明了的。此一说看来有两点高明处。第一是，既然灵魂绝不受肉体的作用，所以这理论使灵魂在某个意义上完全不依附于肉体。第二是，它承认了“一实体对另一实体不能起作用”这个一般原理。实体有精神和物质两个，它们极不相似，其相互作用似乎是不可想像的事。格令克斯的理论否定相互作用的·实·在，却说明相互作用的·现·象。
在力学方面，笛卡尔承认第一运动定律，照这定律讲，物体若不受外力影响，要沿直线等速地运动。但是不存在后来牛顿的万有引力说里讲的那种超距作用。所谓真空这种东西根本是没有的，也没有什么原子。然而所有相互作用全带碰撞性质。假使我们的知识真够丰富，我们就可以使化学和生物学化为力学；胚种发育成动物或植物的过程是纯粹机械过程。亚里士多德讲的那三样灵魂是不必要的；三样里只有一样即理性灵魂存在，而且仅存在于人类。
笛卡尔小心翼翼地躲避着神学上的谴责，发展起来一个宇宙演化论，跟柏拉图时代以前某些哲学家的宇宙演化论不无相像。他说，我们知道世界是如《创世记》中讲的那样创造出来的，但是且看它·本·可·能如何自然生成，也很有意思。笛卡尔作出一个漩涡形成说：在太阳周围的实空里有巨大的漩涡，带动着行星回转。这理论精妙倒精妙，但是不能说明行星轨道何以不是圆形的，而是椭圆的。漩涡说在法国得到了一般承认，逐渐地才被牛顿理论夺去它的地位。牛顿的《原理》最早的英文版的编订者寇次（Cotes）畅论漩涡说开启无神论的大门，而牛顿的学说需要有神使行星在不朝太阳的方向上运动起来。他认为根据这点，就该欢喜牛顿。
现在来讲就纯哲学而论，笛卡尔的两本最重要的书。这两本书是《方法论》（1637）和《沉思录》（Meditations）
（1642）。两书有很多重复，不必要分开谈。
在这两本书中，笛卡尔开始先说明一向被人称作“笛卡尔式怀疑”的方法。笛卡尔为了使他的哲学获得牢固基础，决心让自己怀疑他好歹总能怀疑的一切事物。因为他预料到这个过程可能需要若干时间，所以他决意在这段期间按普通公认的规矩节制自己的行为举止；这样，他的精神就免得受个人关于实践方面的怀疑所引起的可能后果的妨害。
笛卡尔从关于各种感觉的怀疑入手。他说，我能不能怀疑我正穿着晨衣坐在这儿炉火旁边？能，我能怀疑；因为有时候我实际赤身睡在床上（当时睡衣以至睡衫还没有发明），可是我梦见了我在这里。并且，精神病人往往有幻觉，所以我也可能处在同样状况。
不过梦这东西好像画家，带给我们实际事物的写照，至少按梦的各个组成要素讲如此。（你可能梦到带翅的马，但是那无非因为你见过翅和马）。所以说，一般有形性质，包括广延性、大小和数目之类的东西，不像关于个别事物的信念容易怀疑。算术和几何学讨论的不是个别事物，因此就比物理学和天文学确实；甚至对梦中对象来讲也适用，梦里的对象在数目和广延性方面与真实对象没有区别。然而，即便对于算术和几何，仍可能怀疑。说不定每当我来数一个正方形的边数或算二加三的时候，神就叫我出错。也许，甚至在想像中把这种不仁归给神，理不该当；但是难保没有一个既神通广大又狡猾欺诈的恶魔，用尽它的巧计聪明来蒙骗我。假使真有这样的恶魔，说不定我所见的一切事物不过是错觉，恶魔就利用这种错觉当作陷阱，来骗取我的轻信。
不过总还有某样事我怀疑不得；假使我当真不存在，任何恶魔，不管多么狡猾，也无法欺骗我。我可能不具有·肉·体；
这是错觉也难说。然而思维那就另是一回事。“当我要把一切事物都想成是虚假的时候，这个进行思维的‘我’必然非是某种东西不可；我认识到‘我思故我在’这条真理十分牢靠、十分确实，怀疑论者的所有最狂妄的假定都无法把它推翻，于是我断定我能够毫不犹疑地承认它是我所探求的哲学中的第一原理。”
这段文字是笛卡尔的认识论的核心，包含着他的哲学中最重要之点。笛卡尔以后的哲学家大多都注重认识论，其所以如此主要由于笛卡尔。“我思故我在”说得精神比物质确实，而（对我来讲）我的精神又比旁人的精神确实。因此，出自笛卡尔的一切哲学全有主观主义倾向，并且偏向把物质看成是唯有从我们对于精神的所知、通过推理才可以认识（倘若可认识）的东西。欧洲大陆的唯心论与英国的经验论双方都存在这两种倾向；前者以此自鸣得意，后者为这感到遗憾。最近年来，称作工具主义的那派哲学，一直打算摆脱这种主观主义，但是关于这点目下我且不谈。除工具主义是例外，近代哲学对问题的提法有极多是从笛卡尔接受过来的，只是不接受他的解答罢了。
读者会记起，圣奥古斯丁提出了一个酷似“cogito”的论点。不过他并不特别侧重这论点，打算用它来解决的问题也只占他的思想的一小部分。所以笛卡尔的创见应该得到承认，固然这主要还不在于创造这个论点，而在于认识到它的重要意义。
现在既然获得了坚固的基础，笛卡尔便兴工重建知识大厦。已被证明是存在的那个“我”，是由我思维这件事实推知的，所以当我思维的时候“我”存在，而且只有当我思维时“我”才存在。假若我停止思维，“我”的存在便没有证据了。
“我”是一个作思维的东西，即这样一种实体：其全部本性或本质在于思维作用、而且为了它存在并不需要有场所或物质事物。因此，灵魂与肉体全然两样，而且比肉体容易认识；
纵然没有肉体，灵魂也会一如现状。
笛卡尔然后自问：“cogito”这样明白，是什么缘故呢？他的结论是，那无非因为它清晰而判然。所以他采取以下的原理当作一般准则：·凡·我·们·能·够·设·想·得·很·清·晰、·很·判·然·的·一·切·事·物·都·是·真·的。不过他也承认，要想知道这种事物究竟是哪些个，往往有困难。
“思维作用”一词，笛卡尔按极广的意义来使用它。他说，所谓作思维的东西，就是这种东西：它怀疑、理解、设想、肯定、否定、意欲、想像和感觉——因为在梦里起的那种感觉也是思维作用的一种。由于思维是精神的本质，精神必定永远在思维，即使熟睡时也如此。
笛卡尔现在继续谈我们关于物体的知识这个问题。他以蜂巢里取出来的一块蜂蜡作为实例。各种感官觉得有些事情很明显：这块蜂蜡有蜜的味道、花的香气，有某种感觉得到的颜色、大小、形状，生硬冰冷，敲一敲发响声。可是你如果把它放在火近旁，尽管蜂蜡照旧是蜂蜡，这些性质却发生了变化；可见方才感官所觉得的并不是蜂蜡本身。蜂蜡本身是由广延性、柔软性、和可动性构成的，这些非想像力所理解，而精神则理解。蜂蜡这件·东·西本身无法感觉得到，因为它均等地含蕴在蜂蜡对各种感官显示的一切现象之中。对蜂蜡的知觉作用“不是看、触、或想像，而是精神的洞观”。我没有·看·见蜂蜡，正如我若看见大街上有帽子和外衣上身，不等于我看见街上有行人。“我纯凭位于我的精神中的判断力，理解我本以为我用眼睛看见的东西。”感官认识是混杂的，动物一样也持有；但是现在我剥下了蜂蜡的衣裳，凭精神感知它赤裸的本相。我通过感官看见�