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《本草纲目》一共有190余万字，52卷，收录了1892种药物，其中新增的药物包括植物药171种，动物药88种，矿物药59种，其他药56种，共计374种。书中还绘制了1109幅图，其中1031幅都是他亲自绘制的，还包含附方11096个。书中每药都以正名为纲，附释名为目，然后以集解、辨疑、正误，来详细介绍其土产形状，最后介绍气味、主治、附方等等。纲目分明，条理清晰，博而不繁，详而有要，考证准确，论据充分，是比以前任何一部本草著作都更加系统、完整、准确的本草书籍。
《本草纲目》有几个最突出的特点，一个是打破了前代按照药的上、中、下品来分类的原则，而是采用了根据药物的属性来进行分类的规则，这对药物学的分类产生了深远的影响。其次，在书中李时珍提倡科学用药，对于那些迷信仙丹的说法提出了批判，他认为那些服食水银、雄黄可以成仙之说都是荒谬之谈，说“血肉之躯，水谷为赖，何能堪此金石重坠之物在胃肠乎？求仙而丧生，可谓愚也矣！”另外，李时珍特别重视养生学，书中采集了不少养生保健的医方，载有服药健身长寿的案例数十例，有益肝补肾方、补脾方、健脾益胃药粥、保健药酒等等。这本书不仅是一本药学书，在其他自然科学方面，如植物学、动物学、矿物学、地质学、化学、物理乃至天文、气象等许多领域，都有涉及，显示了李时珍极其深厚的知识底蕴。虽然《本草纲目》在李时珍死后三年才得以刊行，不过它的出版，引起很大的轰动，此后不仅在全国流行，更在世界范围成为一部重要文献。
李时珍还著有《濒湖医案》、《濒湖脉学》、《奇经八脉考》等著作，虽然李时珍做御医没有功成名就，但是确从做御医的经历中激发出一部创世巨作，在中医药学的发展历程中具有里程碑的意义。
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出自宫廷画师之手的药物宝典
《本草品汇精要》是一部历经重重磨难的药物宝典。这部药典是明孝宗朱樘下诏编修的，最初是由太医院使刘文泰负责主持编写，刘文泰是个不学无术、一心想升官的贪心御医，他曾经多次行贿礼部尚书邱，希望能够从院判升到院使，后来遭到吏部尚书王恕的阻止，刘文泰听从邱的主使，设计诬陷王恕，最终王恕遭贬职，刘文泰的这种行为在朝野当中受到群臣的指责。
明弘治年间，明孝宗下诏修订本草，为此还引发了翰林院和内阁与宦党和太医院之间的争夺主编权力的争夺，明孝宗最后又改任司礼监太监张瑜为首，太医院从院使到御医、医士，还包括宫廷画师共49人参与编修，编纂小组设有总督、提调、总裁、副总裁、纂修、验药等职位。《本草品汇精要》为了迎合明孝宗爱书画的喜好，所以参与编修的人员里加入了宫廷画师，制作时没有用当时已经成熟的雕版印刷技术，而是由8位御用画师用他们的笔精心手绘出来的，这是我国的第一部大型彩绘药物图典。两年之后，这部独一无二的药典完成后，这部书包括正文42卷，另有目录、序例1卷，把入药之物分为玉石、草、木、果等10部，每部分为上、中、下三品编写，收录药品1815种，图文并茂，其中工笔彩绘图有1371幅。 明孝宗非常满意。不幸的是明孝宗不久后偶感风寒，被刘文泰等人盲目下药医治，结果竟然一病不起，没过多久就一命呜呼了。张瑜、刘文泰等人都因此被关进大牢，刘文泰后来幸免于死，被遣返回乡。而刚刚由他们修订好的《本草品汇精要》虽然获得皇上的首肯，但没有谕旨批准发行，加之主编都被治罪，所以这部精美的医书也被列为禁书，没能刊行于世。直到清康熙时，有人发现了该书的定稿本，献给爱好医学的康熙帝，康熙立即诏命重抄摹绘，发行了康熙重绘本，至此这本书也算能够得以流传下来。此后，这本书不断被重抄摹绘，抄本多达十六种，并随着对外经济的发展，还传到了意大利、德国、英国、日本等地。16种重绘本中只有4种是完整版本，而且都流失到了国外，由于药典的绘图精美，流传到国外，不谙中医的外国收藏家把它作为一种书画藏品，而它的医疗价值一直被忽略。20世纪30年代初，收藏在罗马国立中央图书馆的《御制本草品汇精要》开始被国人关注，经过多年的努力，终于在21世纪初与罗马方面达成了协议，获得了拍摄全部精装本的权利，并于2002年在国内首次出版了这部《御制本草品汇精要》的全部36册精装本。经过500多年之后，这个举世瞩目的药典终于得以以真面目出现。
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太医院里两对父子兵（1）
由于明代的医户制度，医术世袭还是明代医学流传的主要方式，龚信、龚廷贤两人就成为在太医院里任职的父子御医。
父亲龚信因其医术在中原一带出名，被荐入太医院任职。他最大的贡献是著有一部《古今医鉴》的书籍，这是一本综合性医书，共8卷，书中采集各家经典学说，并加入自己的临床实践，分门别类地论述诸病证，不但对病源病理做了详细的论述，而且在方药上也非常广泛，很多民间验方都颇有价值。在书中首次记载了“麻疹”一词，并详细叙述了麻疹的症状、并发症、治疗方法与预后等，并和痘症作了鉴别。龚信的这本《古今医鉴》体现了他在医学理论及实践上的造诣，并且影响了他的儿子龚廷贤、龚廷器，孙子龚守国、龚守宁等，他们也同样在明代医学领域有突出业绩，特别是龚信之子龚廷贤，医术甚至超过了父亲，这对太医院里的父子兵，也被人们传为佳话。
龚廷贤自幼跟随父亲学医，并经常与名家共同研讨医术，他在各地行医，治疗了很多达官贵人的疾病，龚廷贤轻名禄，讲医德，一边认真研究医理，一边在实践中及时总结经验，他在中州大梁行医时，赶上那里瘟疫流行，当地的医生只是按照书中记载的方法进行治疗，结果并没有什么效果，而龚廷贤根据自己的经验，结合每个病人实际情况来选择用药，结果救活了很多人。后来他到京师，被推荐进入太医院做吏目，后又升为御医。当时鲁王府的王妃得了病，派龚廷贤去看看，在龚廷贤精心治疗下，使鲁王妃得以治愈。鲁王拿出千金酬谢他，龚廷贤却不肯接受，只是提出希望将自己多年的医方整理成书，鲁王于是拿这笔酬金赞助他出书。龚廷贤所写的《鲁府禁方》，分为四卷，卷一为中风、伤寒、瘟疫等32类，卷二有鼓胀、水肿、积聚等35类，卷三分妇人、小儿等23类，卷四分痈疽、疔疮、救急等26类，书中也包括鲁王府内收藏的秘方。龚廷贤除了这部书之外，其他著述也颇丰。其中比较有名的包括《万病回春》、《寿世保元》、《种杏仙方》等。《万病回春》有8卷，书中载有内科病证88种，妇科病证13种，儿科病证63种，外科病证22种，其中对于中风的论述非常出色，涉及中风的证候诊断、鉴别诊断、病因病理、证候特点、治法处方、预后预防等等。书中记录了很多龚廷贤亲自诊治的医案，比如，给刘尚书的夫人治疗妊娠呕吐，刘夫人怀孕后呕吐不止，饮食不下，心中烦躁，头晕目眩，其他医生都给他开出了调脾胃之药，如二陈汤、藿香正气散、保生汤之类，但是都没有效果，龚廷贤诊脉后，认为这是血虚气盛有火，如果不养血，火就不能降下来，火降不下来，呕吐就不能停，于是给她开了茯苓补心汤加姜汁，炒黄连、竹茹，刘夫人服了两剂就不再呕吐了。还有他治疗一位胃病病人，这个病人已经五十多岁，患病八年了，吃饭稍稍吃得多一点，就会胃脘胀痛，每次吃完，胀气从两肩下及胸，次至胃口，痛不可忍，必须叫人将手使劲地按压痛处，等到胀气顺出后，才不会疼痛了。龚廷贤给他治病时，这个病人已经被折磨得瘦如干柴，龚廷贤用神佑丸让他服用后，再用参苓白术散进行调理，才医好了他的胃痛。
在明代太医院里还有另一对父子名医，就是薛铠、薛己。薛铠在弘治年间被征入太医院做医士，他精于儿科治疗，他主张治病要遵循五行生克之理，不必死板地按方施治。他写的《保婴撮要》是一部非常有价值的儿科专著。共有20卷，前10卷为论述婴儿出生护养法、儿科疾病诊法以及幼儿内科杂病的诊治，后来薛己还为父亲补充了很多医案。后10卷是论述幼儿外科、皮肤科、痘疹等病证的诊治。其中有很多观点都很有创新，比如他认为小儿破伤风是因为脐带传染，可以用烧断脐带的办法来防治。哺乳中的婴儿如果生病了，应该要调养哺乳的母亲，如果母亲病了，孩子吃过母乳，也会被传染生病。婴儿太小，如果生病，一般很难服药，薛铠建议让母亲来服药，药通过母亲的乳汁传至孩子体内，也同样达到给孩子治病的效果。
薛铠在医学上的成就比起儿子还是较为逊色，薛己刚开始以疡医出名，是一个外科名医，后来又对内科也颇有研究，在明正德年间做了御医，5年后就提升为南京太医院的院判，后晋升为院使。他治病也有自己的独到观点，认为治病一定要先分析出正确的病因，治疗中也不是一成不变地选择古方，可以根据实际临证在古方中加减一两味，即采取辨证的治法，这样往往能收到奇效。薛己编著的医书非常多，有《外科枢要》、《内科摘要》、《女科撮要》、《疠疡机要》、《保婴粹要》、《外科心法》等等，由于他诊治的病人非常多，因此在书中记录了丰富的诊治医案，后世将他编写的书籍都以《薛氏医案》来命名出版，其中很多医案都非常经典。比如记录他在外科治疗上，记载治疗张通府耳患肿块案，张通府耳后发际处有一肿块，无头，肉色不变，按之微疼，开始薛己认为是痰结，后经过诊脉，认为不是痰结而是生疮，就以人参、白术、黄芪、当归、川芎、炙甘草做托里，少加金银花、白芷、桔梗以消毒，张通府喝降火化痰汤药，再外贴凉药，觉得寒冷彻脑，肿块处感觉特别热，头也更加沉重，饮食也减少，于是薛己又用四君子汤加藿香、炮干姜数剂，这回胃口渐渐好了，肿块出脓包开始形成，针刺破后，又用补剂调理一个多月，才治好。在女科治疗的医案中，还提到一个高龄产妇的问题，当时有位三十五岁高龄的女子生产，薛己预料到生产时一定会比较困难，于是就事先准备了加味芎归汤备用，那个女子生产时果真难产，于是赶紧服用薛己已经备好的催产的加味芎归汤，才得以顺利分娩。薛己的这些医案对于研究当时医学临床治疗意义非常大。
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太医院里两对父子兵（2）
这两对父子兵在明代御医行列也算是风光无限的人物，对于后世所做的贡献更是不可小视。
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古墓再现尘封五百年的御医身世
1993年，上海打浦桥出土了一具墓葬，墓葬中盖有“明故太医院御医东川顾君之柩”的锦罩，这是我们第一次能够见到一个御医的棺木，尽管在史载中很难找到这位御医的资料，不过细心的专家们还是从棺木出土的文物中，渐渐理清脉络，把这位顾氏御医的身世揭示出来，原来这个御医还是一位心理医生，也曾经在明史上留下美名。
这位御医名叫顾定芳，顾家在上海是名门望族，顾定芳小时候体弱多病，但从小勤奋好学，起初他想通过科举成名，但是运气不佳，屡次不中，后来在家潜心研究医学，直到嘉靖十七年，终于有机会参加京师太医院的御医选拔，并被录用，从而当上了御医，这一当就是十四年。
顾定芳在朝廷多年，亲眼目睹了朝中的尔虞我诈，对这些达官贵人的心理进行了认真的分析和研究，从而提出了自己对于心理疾病的诸多看法。
顾定芳认为斡旋在官场中钩心斗角的人需要具有超常的心理承受力，而多数人在这样的压力之下，很容易导致疾病。官场中人经常会患有“热中”症状，这种热中病就是火气积压在腹部，很容易造成中风、抽搐等疾病，而且会形成“症结于中”，顾定芳所指的症结是各种囊肿、肿瘤疾病，这些病证都是由于心理压力过大，影响到身体气血的变化，而导致疾病。今天我们同样也将心理压力作为导致肿瘤的一个因素来讲，而活在五百多年前的顾定芳当时能够做出这样的分析确实非常可贵。
顾定芳提出心理引发疾病的理论后，更加强调心理治疗，他认为“上治治心，中治治形，其下则不论于理矣”，也就是说治病需要从心理入手治疗才为最高境界，明世宗