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按本篇及《科学史教篇》、《文化偏至论》、《摩罗诗力说》等，都是作者开始文学活动时的作品。其时作者在日本东京。据《呐喊·自序》说，他最初提倡文艺运动，是想运用文艺来改变人们的精神。这些作品就是在当时的革命潮流和作者的爱国主义与民主主义思想的推动之下，为着促进革命的文化启蒙运动而撰写的。
本篇以解释海克尔的《人类发生学》为主，介绍了达尔文的生物进化学说及其发展的历史，是中国早期介绍达尔文学说的重要论文之一。《科学史教篇》则论述了西方科学思潮的演变，指出科学的发展和人类生产事业的相互关系，说明了科学在改造自然、推动社会进步和丰富人类生活等方面所起的作用。这两篇文章，阐明了科学的重要性，对于反对当时的顽固派和一般守旧思想，具有重要的意义。在自然科学，特别是在达尔文的生物进化论里，作者接受了认识自然现象的唯物主义观点和发展、进化的观点，这是他早期世界观形成的基础。但当时作者虽然在解释自然现象方面是唯物主义的，而在解释社会生活方面，却仍然是唯心主义的，尽管其中也有唯物主义的因素。在《文化偏至论》中，作者对清朝统治阶级洋务派作了尖锐的批判，同时指出了改良主义运动的不彻底，并且认为中国不应该盲目地搬用西方资产阶级的文明和制度，这些在当时更有现实的战斗意义；但另一方面，作者在批判迷信西方资产阶级“物质文明”的时候，却没有把它和哲学上的唯物主义区别开来，在反对西方资产阶级和中国改良派玩弄所谓多数的虚伪的民主的时候，却走向一般的反对多数。“掊物质而张灵明，任个人而排众数”，这种提法，既表现出小资产阶级的急进的民主主义的政治特征，同时也表明，正是在社会存在和社会意识的关系、群众和个人的关系这两个有关社会生活的根本问题上，作者当时没有得到科学的解决。
在《文化偏至论》里，作者用肯定的态度评介了一些唯心主义的或个人无政府主义的思想家，其中特别是叔本华、尼采这样的人，他们并非如作者所理解的那样，是代表当时欧洲社会的新生力量的思想家，相反，他们的学说是当时已经腐朽的欧洲资产阶级的反动意识的反映。特别是尼采的“超人”思想，后来成了德国法西斯侵略、奴役其他民族的理论根据。作者当时还没有认识这些思想家的本质，但他和尼采等人是有根本区别的。因为当时中国是处在与欧洲资本主义国家不同的历史条件之下，作者接受尼采等人的思想影响，是从反封建的现实要求出发，他的发展个性，思想自由，打破旧传统的呼声，具有与尼采等人的思想不同的政治目的和意义。
在《摩罗诗力说》中，作者通过一些富有民主革命思想和爱国主义精神的诗人的介绍，激发人们起来反对封建专制主义的统治以及垂死的封建文化。这是中国真正介绍近代欧洲民主主义文艺思潮并对中国文学也提出了民主主义的革命要求的第一篇论文。
〔２〕 Ys灼 闪烁，这里是初放光芒的意思。
〔３〕 德黎（约前６２４—约前５４７） 通译泰勒斯，古希腊唯物主义哲学家。他认为万物（包括生命）都起源于水，水是真正的本体。
〔４〕 达尔文（１８０９—１８８２） 英国生物学家，进化论的奠基者。
他在科学上的最大贡献是创立了以自然选择为基础的进化论学说，即达尔文主义。马克思和恩格斯对他的生物进化理论给以很高的评价，认为它是十九世纪自然科学三大发现（能量守恒和转换定律、细胞学说以及进化论）之一。主要著作有《物种起源》、《人类起源》（即文中所说的《原人论》）等。
〔５〕 黑格尔（１８３４—１９１９） 通译海克尔，德国生物学家，达尔文主义的捍卫者和宣传者。他建立种系发生学，创立生物进化的系谱树，提出生物发生律，发展了达尔文的进化论。主要著作有《宇宙之谜》、《人类发展史》、《人类种族的起源和系统论》（即文中所说的《人类发生学》）等。
〔６〕 赫胥黎（１８２５—１８９５） 英国生物学家，达尔文学说的积极支持者和宣传者。主要著作有《人类在自然界的位置》（即文中所说的《化中人位论》）、《动物分类学导论》、《进化论与伦理学及其他论文》等。
〔７〕 单幺 即单细胞微生物。
〔８〕 保罗生（１８４６—１９０８） 德国哲学家，客观唯心主义者。著有《伦理学系统》、《战斗的哲学：反对教权主义和自然主义》等。他所说的这段话，见于《战斗的哲学》一书第五章第九节：“我读了这本书（按指海克尔的《宇宙之谜》）感到极大的羞耻，对我们民族的一般教育和哲学教育的状况感到羞耻。”
〔９〕 爱智之士 意即哲学家。
〔１０〕 灵长 指人类。生物进化系统分类，最高的一类为“灵长目”，其中最进化的是人类。
〔１１〕 种族发生学 即种系发生学，是海克尔总结了古生物学、比较解剖学和胚胎学的丰富资料而建立的一门关于生物种系发展史的学科。主要研究细胞发育的历史，现存生物的构造、形态、生理、分布等情况和古代生物的化石，分析生物界各类种系之间的相互关系及其进化状态等。
〔１２〕 个体发生学 是研究生物个体的发生，从胚卵逐渐发育以至形成完全的个体过程的一门学科。
〔１３〕 大 即大的秘密，指自然的秘密。犁然，清楚明白的意思。
〔１４〕 官品 官指器官。严复在《天演论·能实》的按语中说：
“晚近生学家，谓有生者如人禽虫鱼草木之属，为有官之物，是名官品。
而金石水土无官，曰非官品。”这里鲁迅沿用了严复的用语，“官品”指生物，“非官品”指无生物。
〔１５〕 盘古 我国古代神话中开天辟地的人。《太平御览》卷二引三国吴徐整《三五历记》说：“天地混沌如鸡子，盘古生其中万八千岁。天地开辟，阳清为天，阴浊为地。盘古在其中，一日九变，神于天，圣于地。天日高一丈，地日厚一丈，盘古日长一丈；如此万八千岁，天数极高，地数极深，盘古极长。”又清代马筘《绎史》卷一曾引徐整《五运历年纪》说：“首生盘古，垂死化身，气成风云，声为雷霆；左眼为日，右眼为月；四肢五体为四极五岳，血液为江河，筋脉为地里；肌肉为田土，发髭为星辰；皮毛为草木，齿骨为金石；精髓为珠玉，汗流为雨泽；身之诸虫，因风所感，化为黎。”南朝梁任靶《述异记》也有类似的记载。按正文中说的女娲似应为盘古。
〔１６〕 上下未形 即天地尚未形成。冥昭瞢暗，即昼夜不分，混混沌沌的意思。见《楚辞·天问》：“上下未形，何由考之？冥昭瞢暗，谁能极之？”
〔１７〕 屈灵均（约前３４０—约前２７８） 名平，字原，又字灵均，战国后期楚国诗人。作品有《离骚》、《九歌》、《九章》、《天问》等。
“载山'，何以安之”，见《天问》。汉代王逸注引刘向《列仙传》说：
“有巨灵之，背负蓬莱之山而'，舞戏沧海之中。”'，鼓掌。
〔１８〕 摩西（Ｍｏｓｅｓ） 《圣经》故事中古代犹太人的领袖，犹太教的创始人。《创世记》是《旧约》摩西五书之一，《旧约全书》的第一卷，共五十章，前两章记上帝创造天地万物的故事。
〔１９〕 抟埴 揉合粘土。
〔２０〕 法王 即教皇。
〔２１〕 黑格尔谥之曰世界史之大欺罔者 海克尔在《宇宙之谜》一书中曾说：“罗马教整个历史，……只不过是一部由谎言和欺诈无耻编造起来的东西而已，……他们大多数是无耻的巫师和骗子。”
〔２２〕 宗教改萌 即宗教改革，指欧洲十四世纪至十六世纪基督教内反对罗马教皇封建统治的资产阶级性质的革命运动。其中比较温和的一派代表市民阶级（如德国的路德），激进的一派代表被压迫的农民和城市贫民（如德国的闵采尔）。宗教改革对欧洲历史的发展起了推进作用。
〔２３〕 景教 基督教的一支，又称聂斯托利派，唐太宗贞观九年（６３５）传入我国，称为景教。作者在这里是泛指整个基督教而言。
〔２４〕 歌白尼（１４７３—１５４３） 通译哥白尼，波兰天文学家，宇宙太阳中心说的创立人。他推翻了在天文学上统治了一千余年的地心天动学说，动摇了欧洲中世纪神权论的基础，不仅是天文学史上一次重大的革命，而且引起了人类宇宙观的革新。他的《天体运行》一书，是把自然科学从神学的势力下解放出来的巨著之一。
〔２５〕 韦赛黎（１５１４—１５６４） 通译维萨里，比利时人体解剖学家。他第一个采用尸体解剖的方法讲授解剖学，并以自己的实验研究为根据，写成了《人体的构造》一书。
〔２６〕 欧斯泰几（约１５２０—１５７４） 意大利解剖学家。他发现“欧氏管”和“欧氏瓣膜”。著有《解剖学图解》等。
〔２７〕 獍验 即解剖。獍，劈的意思。
〔２８〕 林那（１７０７—１７７８） 通译林奈，瑞典生物学家，动植物系统分类的创造者。他定出了五个互相依属的分类的名称：纲、目、属、种和变种，奠定了分类学的基础。主要著作有《自然界系统》（即文中所说的《天物系统论》）等。
〔２９〕 诺亚时洪水之难 《旧约全书·创世记》第七章载：上古洪水泛滥，生物尽灭；但诺亚（Ｎｏａｈ）得上帝启示，造方舟避难，此后地球上的生物，包括人类，都是方舟中的生物传下来的。
〔３０〕 兰麻克（１７４４—１８２９） 通译拉马克，法国生物学家，生物进化论的先驱者。最先提出生物进化的学说（即拉马克主义）。他在一八○九年作的《动物学哲学》一书中提出“直接顺应说”（即“环境说”），认为生物进化的主要原因，是由于受环境的直接影响，器官用进废退，而后天获得的性状又可以遗传。它有力地反对了宗教的“神造论”和“物种不变论”，在科学上为达尔文学说的创立准备了条件。
主要著作还有《法国植物志》、《对有生命天然物体的观察》（即文中所说的《生体论》）等。
〔３１〕 寇伟（１７６９—１８３２） 通译居维叶，法国动物学家、古生物学家。一八一二年作《化石骨骼论》，创立了古生物学。但他是一个加尔文教徒，不相信进化论，确信种的不变性，从不同地层有不同生物的事实，臆造出形而上学的“地球革命说”（即“激变论”）以符合化石上的事实。恩格斯批判他说：“居维叶关于地球经历多次革命的理论在词句上是革命的，而在实质上是反动的。”（见《自然辩证法》）主要著作有《地球表面的生物进化》、《比较解剖学教程》等。按他的《化石骨骼论》作于拉马克的《动物学哲学》之后三年，文中说“寇伟实先之”，疑有误。
〔３２〕 “变动说” 今称“激变论”或“灾变论”。
〔３３〕 圣契黎（１７７２—１８４４） 通译圣希雷尔，法国动物学家。
他认为生物是由以前为数不多的物种经过变化而繁生，变化的原因是由环境的影响。著有《哺乳动物自然史》、《大型兽类分类论》等。一八三○年他和居维叶在巴黎法国科学院（即文中所说的“巴黎学士会院”）的辩论，是科学史上有名的事件。
〔３４〕 瞿提（１７４９—１８３２） 通译歌德，德国诗人、学者。他在动植物学、解剖学上都有贡献，同时是进化论思想的先驱者之一。在这方面的主要著作有《植物形态学》（即文中所说的《植物形态论》）等。
〔３５〕 康德（１７２４—１８０４） 德国哲学家，唯心主义者。他早期主要研究自然哲学，一七五五年出版《自然通史和天体论》，提出关于太阳系起源的星云假说，对于进化论思想体系的创立有很大启发。后期着重于所谓“批判哲学”的研究，企图调和唯物论与唯心论、科学与宗教的冲突。其重要哲学著作有《纯粹理性批判》、《实践理性批判》等。
〔３６〕 倭堪（１７７９—１８５１） 通译奥铿，德国自然科学家、自然哲学家。他在哲学上倾向泛神论。著有《自然哲学教本》等。
〔３７〕 细胞说 德国植物学家施莱登（Ｍ．Ｊ�