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主引导记录或者引导扇区都有可能被病毒感染。当系统被感染后，正常的主引导记录或者引导扇区的代码被病毒代码替换，电脑启动的时候首先运行的是病毒代码，正常情况下，病毒代码会一直驻留在内存中等待感染的时机。一般情况下，当读写软盘的时候，如果在内存中有病毒代码，这这张软盘有很大的机会被感染（内存中的病毒代码用病毒提供的引导扇区覆盖软盘上原来的引导扇区）。当感染硬盘的时候，病毒可以覆盖原来的主引导记录，也可以覆盖活动分区的引导扇区（通常是C分区的引导扇区），病毒还可以修改分区表中活动扇区的地址，使其指向病毒代码所在的扇区。
引导病毒在感染硬盘之后，一般会把原来的主引导记录保存在硬盘上的其他扇区中（通常是第一个可用的扇区），如果病毒代码超过一个扇区大小，病毒可能会分布在几个扇区中。如果一个引导型病毒设计的比较完善的话，它会将自己放置在比较安全的地方，比如说逻辑驱动器的空闲扇区、未使用的系统扇区等。“石头”病毒家族使用的就是这种方法，它把自己放在主引导记录和第一个引导扇区之间，这中间很多扇区是没有被使用的。另外一些病毒可以分析文件分配表的结构，发现没有被使用的扇区之后，将扇区的标志设置为“坏”，然后将病毒代码放在这些所谓的坏扇区中。“大脑”和“乒乓”病毒就是用了这种方法来存放病毒代码。还有一些病毒将自己放在硬盘的最后一个扇区上（由于现代的硬盘是非常大，最后一个扇区被使用的可能性是非常小的，但是如果在硬盘上同时安装了OS/2操作系统，这些病毒会损坏OS/2操作系统的文件，因为OS/2操作系统会使用这个扇区存放一些系统数据）。
文件分配表（FAT），DOS和视窗操作系统使用的一种简单文件系统格式。根据数据单元的位数，有FAT12、FAT16和FAT32三个版本。
还有一些病毒使用了很少见的方法来存放病毒代码，其中一种是修改硬盘的参数，使用户看到的硬盘容量要小于实际的硬盘容量，比如说，原来硬盘是976个磁道的（从0到975磁道），病毒将这个参数修改为975个磁道（从0到974磁道），这样病毒就可以将自己的代码存放在第975磁道而不会被发现了。另外一种主要是针对软磁盘的，很多软磁盘都可以支持比标准格式容量稍大一些的格式，例如1。44M的软盘一般都可以格式化成1。72M，这样，病毒就可以将自己放在标称的容量以外的地区，这些地方对于用户是不可见的，但是对于硬件是可读写的，而且病毒可以将这些代码加载到内存中执行，“野兔”病毒就使用了这种方法放置病毒代码。
还有一些病毒自己就包括了完整的主引导记录程序，这样病毒可以不保存原来的主引导记录。
绝大多数引导型病毒在感染系统的时候，会保留一些重要的系统信息，比如说硬盘分区表的信息，基本输入输出系统参数的信息等，因为只有正确的提供了这些信息，电脑才能找到硬盘分区以及分区上的操作系统，从而能够正常的启动。所以清除这些引导型病毒非常简单，只要使用一张干净的DOS系统盘引导电脑，然后敲入下面几个命令就可以了：
A： SYS C：（回车换行）清除C盘的引导区病毒
A： FDISK /MBR（回车换行）清除主引导记录中的病毒
但是还有少数几种引导区病毒是不能采用这种简单的方法清除的，这些病毒没有保存原来的参数信息，或者甚至把原来的参数进行了加密处理，当病毒存在在内存中的时候，操作系统或者其他的软件如果存取被感染的扇区，病毒将提供原来没有被感染的扇区（将加密的数据解密），所以系统可以正常的启动。一旦采用了上面所说的方法恢复了没有病毒的主引导记录或者引导扇区，由于启动的时候没有病毒进入系统，也就没有代码去完成对不正确数据的解密从而得到正确的参数信息，你将会发现硬盘的所有分区都丢失了。碰到这种情况，你可以作出下面几种选择：彻底的重新格式化硬盘——你所有的数据也随之丢失；恢复原来包含病毒的主引导记录或者引导扇区——如果你够走运的备份了原来数据的话；手工恢复分区表和其他数据—这需要非常高的专业知识和经验。
由于这类引导型病毒的存在，所以建议你在使用上面所述的引导型病毒清除办法的时候一定要慎重，而且在做任何操作之前记住备份你修改前的扇区数据。
由于引导型病毒都比较精干，往往将数据和程序放在一起，所以多重感染引导型病毒经常造成系统不能正常启动。
基本上所有的引导区病毒都是内存驻留型的。由于在电脑启动的时候，引导型病毒就被加载到内存中，并且到关机为止一直存在，所以引导型病毒基本上都会减少可用内存的容量，一种比较简单的方法是直接减少地址0040：0013处的值，这样在系统引导成功之后，在DOS命令行下敲入下面的命令：
MEM（回车换行）
你会发现显示的数值要小于640K，这就说明系统内存中已经存在引导型病毒。
还有一种更加高明的做法是等到DOS引导成功之后，在DOS的内存中为病毒分配一块内存，然后将病毒拷贝到这块内存中，再释放原来病毒所占的内存，这样即使你使用MEM命令，也无法察觉病毒已经占用了一部分系统内存。
为了实现传染的目的，引导型病毒基本上都会修改第13H（16进制）号中断，这样，一旦访问磁盘就会首先执行病毒代码，病毒会判断存取的介质是否需要感染，如果需要就把病毒代码写入软磁盘、硬盘的主引导记录或者引导扇区中。
第二节 数量最多的病毒——文件型病毒
我们把所有通过操作系统的文件系统进行感染的病毒都称作文件病毒，所以这是一类数目非常巨大的病毒。理论上可以制造这样一个病毒，该病毒可以感染基本上所有操作系统的可执行文件。目前已经存在这样的文件病毒，可以感染所有标准的DOS可执行文件：包括批处理文件、DOS下的可加载驱动程序（。SYS）文件以及普通的／EXE可执行文件。当然还有感染所有视窗操作系统可执行文件的病毒，可感染文件的种类包括：视窗3。X版本，视窗9X版本，视窗NT和视窗2000版本下的可执行文件，后缀名是EXE、DLL或者VXD、SYS。
除此之外，还有一些病毒可以感染高级语言程序的源代码，开发库和编译过程所生成的中间文件。病毒也可能隐藏在普通的数据文件中，但是这些隐藏在数据文件中的病毒不是独立存在的，必须需要隐藏在普通可执行文件中的病毒部分来加载这些代码。从某种意义上，宏病毒—隐藏在字处理文档或者电子数据表中的病毒也是一种文件型病毒，但是由于宏病毒的重要性，我们在后面专门用一节对宏病毒进行论述。
可执行文件格式：
在DOS环境下有四种基本的可执行文件格式：
批处理文件，是以。BAT结尾的文件，在BAT文件中可以包括一些DOS命令，以及在批处理文件中调用其它的可执行文件；批文件还有一些简单的流程控制功能，可以实现循环、条件判断等简单的编程工作。
设备驱动文件，是以。SYS结尾的文件，比如说CONFIG。SYS和IO。SYS等，是DOS操作系统使用的设备驱动程序。
文件，是以结尾的纯代码文件。没有文件头部分，缺省的总是从16进制的100H处开始执行，没有重定位项，这也限制了它的所有代码和数据必须控制在64K以内。
EXE文件，是以。EXE结尾的文件，这种文件以英文字母“MZ”开头，通常我们称之为MZ文件。MZ文件有一个文件头，用来指出每个段的定义，以及重定位表。。EXE文件摆脱了代码大小最多不能超过64K的限制，是DOS下最主要的文件格式。
在视窗3。0和视窗3。1版本中，微软推出了一种新的可执行文件格式，在MZ文件头之后又有一个以NE开始的文件头，我们称之为NE文件。由于视窗的可执行文件同DOS相比增加了很多内容，如资源、动态库。。。。NE格式表现极为复杂，NE格式文件装载程序读取磁盘上的文件后，需要在内存中组装成一个完全不同的数据结构然后开始运行。
在视窗32位平台（版本9x和版本NT／2000系列），微软又推出了一种新的可执行文件格式，可移植的可执行文件（Portable Executable File）格式。它同NE格式不同的是在MZ文件头之后是一个以“PE”开始的文件头。PE文件格式是从COFF（一个在Unix世界中广泛使用的通用二进制文件格式）的对象格式发展而来的，它同NE格式相比是进了一大步，其文件在磁盘中的格式同内存中的格式区别不大，装载程序实现起来相当简单。
在视窗32位环境下，微软还有一种应用比较少的可执行文件格式：线性可执行文件（Linear Executable），主要用于设备驱动程序VXD，这种格式是微软和IBM共同开发的，也是IBM的OS／2操作系统使用的可执行文件格式。
根据病毒感染文件方法的不同，文件型病毒可以分成下面几大类：
寄生病毒
这类病毒在感染的时候，将病毒代码加入正常程序之中，原来程序的功能部分或者全部被保留。根据病毒代码加入的方式不同，寄生病毒可以分为“头寄生”、“尾寄生”、“中间插入”和“空洞利用”四种：
“头寄生”：
实现将病毒代码放到程序的头上有两种方法，一种是将原来程序的前面一部分拷贝到程序的最后，然后将文件头用病毒代码覆盖；另外一种是生成一个新的文件，首先在头的位置写上病毒代码，然后将原来的可执行文件放在病毒代码的后面，再用新的文件替换原来的文件从而完成感染。使用“头寄生”方式的病毒基本上感染的是批处理病毒和格式的文件，因为这些文件在运行的时候不需要重新定位，所以可以任意调换代码的位置而不发生错误。
当然，随着病毒制作水平的提高，很多感染DOS下的EXE文件和视窗系统的EXE文件的病毒也是用了头寄生的方式，为使得被感染的文件仍然能够正常运行，病毒在执行原来程序之前会还原出原来没有感染过的文件用来正常执行，执行完毕之后再进行一次感染，保证硬盘上的文件处于感染状态，而执行的文件又是一切正常的。
“尾寄生”：
由于在头部寄生不可避免的会遇到重新定位的问题，所以最简单也是最常用的寄生方法就是直接将病毒代码附加到可执行程序的尾部。对于DOS环境下可执行文件来说，由于文件就是简单的二进制代码，没有任何结构信息，所以可以直接将病毒代码附加到程序的尾部，然后改动文件开始的3个字节为跳转指令：
JMP ［病毒代码开始地址］
对于DOS环境下的EXE文件，有两种处理的方法，一种是将EXE格式转换成格式再进行感染，另外一种需要修改EXE文件的文件头，一般会修改EXE文件头的下面几个部分：
代码的开始地址
可执行文件的长度
文件的CRC校验值
堆栈寄存器的指针也可能被修改。
对于视窗操作系统下的EXE文件，病毒感染后同样需要修改文件的头，这次修改的是PE或者NE的头，相对于DOS下EXE文件的头来说，这项工作要复杂很多，需要修改程序入口地址、段的开始地址、段的属性等等，由于这项工作的复杂性，所以很多病毒在编写感染代码的时候会包括一些小错误，造成这些病毒在感染一些文件的时候会出错无法继续，从而幸运的造成这些病毒无法大规模的流行。
感染DOS环境下设备驱动程序（。SYS文件）的病毒会在DOS启动之后立刻进入系统，而且对于随后加载的任何软件（包括杀毒软件）来说，所有的文件操作（包括可能的查病毒和杀病毒操作）都在病毒的监控之下，在这种情况下干净的清除病毒基本上是不可能的。
“插入寄生”：
病毒将自己插入被感染的程序中，可以整段的插入，也可以分成很多段，有的病毒通过压缩原来的代码的方法，保持被感染文件的大小不变。前面论述的更改文件头等基本操作同样需要，对于中间插入来说，要求程序的编写更加严谨，所以采用这种方式的病毒相对比较少，即使采用了这种方式，很多病毒也由于程序编写上的错误没有真正流行起来。
“空洞利用”：
对于视窗环境下的可执行文件，还有一种更加巧妙的方法，由于视窗程序的结构非常复杂，一般里面都会有很多没有使用的部分，一般是空的段，或者每个段的最后部分。病毒寻找这些没有使用的部分，然后将病毒代码分散到其中，这样就实现了神不知鬼不觉的感染（著名的“CIH”病毒就是用了这种方法）。