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宋朝管理佛教事务的中央机构是左右街僧录事，隶属于鸿胪寺。各州府或大刹设僧政司，管理一境或一寺事务。宋朝沿用唐朝的度牒制度，度牒相当于出家许可证，没有度牒就属于不合法的“私度”。度牒制度原本是为了控制僧尼人数，限制寺院的规模。但是自神宗朝起，为解决财政短缺，政府开始将度牒货币化，度牒沦为国家的敛财手段。其后度牒买卖始终参与国家财政运转，徽宗时期和绍兴年间尤为严重。宋徽宗时期，因为他笃信道教，佛教遭到破坏，烧经毁像，并将道士地位放在僧尼之上。佛教严重受挫，除禅、净二宗外，其余则多被湮灭。
南宋时期
南宋偏安，江南佛教虽仍保持一定盛况，但由于官方限制佛教的发展，除禅宗、净土宗外，其他各宗已日益衰微远非昔比。禅宗不立文字，不重经论，因而在会昌禁佛和五代兵乱时所受影响较小。净土宗强调称名念佛，一心专念阿弥陀佛名号，简单易行，且北宁以后禅教僧人又多归宿净土，故能绵延相续，直至近世，仍基盛行。
宋朝复兴佛教，因此有不少佛塔的兴建。
宋儒理学一方面汲取佛教华严、禅宗的思想，从而丰富了儒家内容，另一方面又批判和排斥佛教。排佛者中最著名的是欧阳修（而实际欧阳修的诗作中时有禅机），但欧阳修的排佛思想曾受到契嵩和尚、宋朝宰相张商英、李纲和刘谧等人的反对。张商英作《护法论》创三教调和说，认为孔子之道与佛教所主张的识心见性、无上菩提之道无异儒参治皮肤之疾，道以治血脉之疾，佛以治骨髓之疾，三教本旨无违。
辽代时期
辽代耶律王朝佛教发展强盛，辽太祖有意吸收中原文化，曾建天雄寺宣传佛教；辽太宗取得了燕云十六州后，对佛教特加保护。山西大同的上华严寺为现今保存最大最完善的辽代寺庙，北京房山云居寺也是辽代始建。辽代最受推崇的是华严宗，其次是密宗，再次为净土宗以及律宗、唯识宗、俱舍宗等，而民间则流行信仰祈愿往生弥陀或弥勒净土。
从山西应县木塔佛像中发现的丹藏、佛经、和佛画，河北丰润天宝寺塔发现的佛经，内蒙古巴林右旗释迦佛舍利塔中发现的佛经，堪称佛教艺术瑰宝。雕塑作品刀法遒劲，栩栩如生。建筑艺术主要在佛塔和佛寺上体现出来。山西省灵丘县觉山寺西塔院中的觉山寺塔、北京市天宁寺塔、辽宁省辽阳白塔、海城析木城金塔造型美观，是辽代最流行的密檐塔中的杰出代表作品。河北蓟县独乐寺的观音阁兼唐代和宋朝之长处，雄健壮丽。
西夏时期
西夏王朝，历代诸王均崇信佛教，除自宋朝请经及翻译、雕印佛经之外，并致力于寺塔的建设，故境内寺院林立。如元昊曾于兴庆建高台寺，造高数十丈的佛塔；没藏氏（谅祚母后）建承天寺。此二寺均以安置汉文佛经为主。其余各寺亦或为翻译西夏文经（高台寺），或刻印汉文佛经（贺兰山佛祖院、温家寺印经院），或刻印西夏文佛经（黑水城寺庙）。此外，该朝代佛教艺术、雕刻等亦极为发达，现存莫高窟有塑像与壁画的洞窟中，西夏所开者有三窟。
金代时期
金代是指于政和元年（即公元1115年），由女真族在东北及后来华北所建立的完颜政权。女真族在开国以前已有佛教信仰，从它邻境奉行佛教的高丽、渤海等国传入的，其所受佛教影响亦深，禅宗盛行，净土宗与华严宗也比较流行。金代帝室崇拜和支持佛教，金太宗常于内廷供奉佛像，又迎旃檀像安置于燕京悯忠寺（今北京法源寺），每年设会、饭僧，后于山西应州建净土寺。金代帝王对佛教都采取了有节制的扶持政策，使金代佛教保持兴盛。
金代在经书刊刻上有举世闻名的《赵城金藏》，于1933年在山西赵城县广胜寺发现，现存于北京中国国家图书馆，为该馆“四大镇馆之宝之一”（其余三者为《永乐大典》、《敦煌遗书》和《四库全书》）。《金藏》是收录了唐朝玄奘法师从印度取回的佛经的稀世孤本，为无价之宝。
蒙、元
蒙元的统治者崇尚藏传佛教，但对汉传佛教也采取保护政策。佛教中的禅宗、律宗等继续流传、发展，寺院林立，僧尼众多，中央和地方设有严密的僧官制度，加以监督，颁行了《敕修百太清规》，雕印了著名的普宁寺版的大藏经。
明朝
至明代，禅净双修、三教合一的潮流下，著名的明末四大高僧（紫柏真可、莲池祩宏、憨山德清、藕益智旭），虽然将禅宗的修行方法引入净土宗，以禅宗的心态修行净土，但是仍然是以净土为依归，与禅宗特重智慧开悟的风格已截然不同。净土宗在佛门及民间成为信仰主流。
洪武元年（1368），朱元璋在金陵天界寺设善世院，命令慧昙（1304—1371）主持管理全国佛教。在他的职位之下又设置了统领、副统领、赞教、纪化等宗教职位，以实施对佛教教团的管理。洪武十五年（1382），把全国寺院分为“禅”、“讲”、“教”三大类，要求寺院僧众专注于其专业，并且设定各类僧侣的服色，限制寺田的买卖。当中“禅”是指禅宗。“讲”指华严宗、天台宗、法相宗等等；教则是指以前的律寺，从事瑜伽显密法事仪式。
道衍（1335—1418）曾协助明成祖朱棣发动“靖难之变”。明成祖即位后，奖赏道衍冠带而朝，退仍缁衣。此后，成祖开始偏袒佛教，并且为《法华经》作序，颂扬佛教功绩；又亲自编写《神僧传》。他对西藏喇嘛教非常重视。1403年，邀请哈立麻到京师，颁发“大宝法王”称号，又给西藏宗喀巴“大慈法王”称号，并且担任国师。永乐年间，受封的藏族喇嘛共有五王、二法王、二西天佛子、九大灌顶国师、十八灌顶国师。
朱元璋与朱棣奠定了明朝的佛教政策，但基于政治经济的考虑而往往摇摆不定。明初叶，曾废除僧侣免丁钱，度牒免费发给；但严加管制剃度方面，规定了发牒的数量与时间，出家的年龄和考试的准则。明代宗景泰二年（1451）为了筹募经费而开始贩卖度牒，直到明末，导致僧尼剧增，寺院林立。根据《大明会典》的统计，成化十二年度僧人数达到10万，二十二年则已经倍增。从总体上来看，虽然明代佛教以仍然流行禅宗和净土宗，可是佛教思想上的发展则甚少。
清朝
清初皇室崇奉藏传佛教，对汉传佛教采取限制政策。康熙时禁令稍弛，迎请明末隐居山林的高僧重返京师，使已经衰微的佛教一时又呈现出活跃的气象。清朝对于佛教的政策基本上是继承明代的僧官制度，在北京设立了僧录司，所有宗教官员都经礼部考试轮选，最后由吏部委任。所有僧官的职别名称，和明代无异。清初顺治二年（公元1645年）禁止京城内外私下建造或拆毁寺庙与佛像，禁止私度僧尼，只容许官员发出度牒。后来更针对私立庵院及私度僧尼指定律法。乾隆19年（公元1754年）因为私度僧尼人数太多，累计颁发过各省度牒部照多达34万余张，而无法管理，所以取消官给度牒制度，直到清末。清末时，全国僧尼大约高达80万人。
清朝官方最初接触到的是喇嘛教，并且受到清太祖的礼遇。当时西藏的第五世喇嘛罗桑嘉措已和清太宗建立了关系，并受册封。清朝非常重视西藏地区的政教事务，为此设立驻藏大臣，并且制定了《钦定章程》共二十九条，让所有西藏寺庙和喇嘛都受理蕃院所管理。
汉传佛教方面，清世祖爱好参禅，曾召海会寺憨璞性聪、浙江玉林通琇、木陈道忞、茚溪行森、旅庵本月、山晓本晰等入宫内说法。清世宗曾自号“圆明居士”，把古德参禅语要编辑成《御选语录》共十九卷，更从章嘉国师学习禅学。章嘉国师就是负责把《藏文大藏经》全部翻译成满文。
翻译佛经方面，侧重于国内各族文字的互译。譬如北京黄寺土观呼图克图第一世受诏把藏文藏经甘珠尔部分译为蒙文，把藏文大藏翻译为满文。工布查布等人则根据藏文佛典译成汉文的有：《造像量度经》、《造像量度经解》、《弥勒菩萨发愿王偈》、《药师七佛供养仪轨如意王经》、《修药师仪轨布坛法》、《白救度佛母赞》、《极乐愿文》、《释迦佛赞》等等。除了翻译佛经外，刻经事业也很蓬勃，各地所刻的僧传、语录等都集中于嘉兴楞严寺，譬如《续藏经》、《又续藏经》。根据《福州鼓山庋藏经目录》，福州鼓山清初所刻的有《华严经》、《华严疏论纂要》、《憨山梦游集》等。雍正11年（1733年），于北京贤良寺特设藏经馆作校阅编稿。四年后编辑成《龙藏》，内容包括了明刻《北藏》本、相关的经论义疏及禅宗语录等七千余卷。乾隆年间刻刊了《蒙文大藏经》、《满文藏经》共二千四百六十六卷。道光以后，佛教衰落，但佛教徒仍致力于经典的校刻与流通。例如，自同治五年（1866年），郑学川曾先后在扬州、苏州、常熟、杭州等地设立刻经处，发刊的佛经接近三千卷。
从整体来说，清代的佛教宗派，都是继承着明朝，当中以禅宗为最流行。民间则更为流传，在许多民间文艺作品中普遍存在。
清代汉地的僧侣，除参禅、念佛之外，几乎无事可做，佛教僧侣中无有杰出人物，居士之中仅有乾隆时的彭绍升较为特出，他所偏重的也是净土一宗。太虚大师曾经感慨：“迨乎前清，其（佛教）衰也始真衰矣。迨乎近今，其衰也，始衰而濒于亡矣。从全球运开，泰西文明过渡东亚，我国之政教学术莫不瞠焉其后，而佛教实后而尤后者。”
晚清至民国
晚清至民国肇建之际，鉴于佛教之衰微，先有杨仁山居士创建金陵刻经处，精印佛典，大量流通。许多在中国失传的佛教典籍，又陆续由日韩传回中国，原先失传的许多宗派，开始又复活了起来。金陵刻经处同时又有教育的功能，太虚大师的武昌佛学院，是起源于金陵印经处的。
民国初年，诸教内大德如太虚大师、印光大师、虚云大师、弘一大师等出世，大力倡导与推动复兴佛教。太虚大师力倡佛教的现代化运动，有改革佛教的思想与举措。对内整合佛教的现代思维：主八宗并弘外，将汉传佛教分为法相唯识、法性空慧、法界圆觉三大系。印光大师的《印光法师文抄》被龙天推出后，更是广为传播，道风所播，遐迩景从，法化广被，名遍远近，一本印祖文抄，度化众生无以计数。赵朴初等佛学大居士也相继涌现，也为汉传佛教复兴立下汗马功劳。
共和国时期
1945年，国共内战开始，因为当时战争与及中共不允许宣扬佛教等因素，前往台湾定居的中国大陆佛教传道人日渐增多。经几十年的宣教，佛教于1980年代中期开始于台湾流行。加上经济发达、政治松绑等因素，比原本掺有道教的信仰较纯正的正信大乘佛教，成为佛教的新兴主导力量。不但佛教信徒增多，以往从未出现的佛经谒语也大量出现于各种场合。
文革时期，汉传佛教寺庙及僧侣管理遭到严重破坏。文革结束后，中国国务院组织进行修复和保护工作，设立中国国家级文物保护单位，其中众多全国重点文物保护单位为佛教寺庙与建筑。同时，1983年4月9日国务院批转《国务院宗教事务局关于确定汉族地区佛道教全国重点寺观的报告》，绝大多数为中国大陆境内汉传佛教重要佛教寺庙，共142座，以进行保护管理工作。
2003年，台湾佛教的信徒约有548。6万人，占全台湾2300万人口的23。9％，这里面又以净土宗、禅宗及无所属的宗派居多。尤其净土一宗，《印光法师文抄》一直是台湾发行再版次数和数量最大的佛教类书籍，深受广大佛教四众弟子和百姓欢迎，广为传播。净土法门成为台湾实际上的主流修行宗派之一，为上世纪80年代以来台湾佛教的复兴立下汗马功劳。如就