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专著：
《再造文明之梦——胡适传》，四川人民出版社，1995年7月，384页
《民族主义与近代中国思想》，台北东大图书公司，1998年1月，312页
《东风与西风》（与葛小佳合著），三联书店，1998年12月，315页
《权势转移：近代中国的思想、社会与学术》，湖北人民出版社，1999年7月，375页
《二十世纪的中国思想与学术掠影》，广东教育出版社，2001年4月，410页
《乱世潜流：民族主义与民国政治》，上海古籍出版社，2001年10月，378页
《国家与学术：清季民初关于“国学”的思想论争》，三联书店，2003年1月，447页
《裂变中的传承：20世纪前期的中国文化与学术》，中华书局，2003年5月，382页
《近代中国史学十论》，复旦大学出版社，2003年8月，334页
《再造文明的尝试：胡适传》，中华书局，2006年6月，326页
《激变时代的文化与政治——从新文化运动到北伐》，北京大学出版社，2006年9月，351页
《昨天的与世界的：从文化到人物》，北京大学出版社，2007年1月，326页
（主编）《二十世纪的中国：学术与社会（史学卷）》，山东人民出版社，2001年1月，上下册，902页
学术论文：
1；《“二十一条”时期的反日运动与辛亥五四期间的社会思潮》；《新史学》（台北）3卷3期（1992年9月），37…90页
2；“National Humiliation and National Assertion： The Chinese Response to
the Twenty…one Demands；”Modern Asian Studies； Vol。 27； No。 2（May 1993）；
pp。 297…319
3；《胡适与社会主义的合离》；《学人》第4辑（1993年7月），7…49页
4；《南北新旧与北伐成功的再诠释》；《新史学》5卷1期（1994年3月），87…129页；《开放时代》2000年9期，47…62页（人大《复印报刊资料•；中国现代史》2001年2期）
5；“The Chinese Rediscovery of the Special Relationship： The Jinan Incident
as a Turning Point in Sino…American Relations；”Journal of American…East
Asian Relations； Vol。3； No。 4（Winter 1994）； pp。 345…72
6；《西潮与近代中国思想演变再思》；《近代史研究》1995年3期，1…23页
7；《“率性”与“作圣”：少年胡适受学经历与胡适其人》；《四川大学学报》1995年3期，59…68页
8；《林纾的认同危机与民初的新旧之争》；《历史研究》1995年5期，117…32页
9；《新旧文明过渡之使命：胡适反传统思想的民族主义关怀》；《传统文化与现代化》1995年6期，72…79页
10；《胡适世界主义思想中的民族主义关怀》；《近代史研究》1996年1期，216…41页
11；《济南事件与中美关系的转折》；《历史研究》1996年2期，72…89页（人大《复印报刊资料•；中国现代史》1996年7期）
12；《立足于中国传统的跨世纪开放型新史学》；《四川大学学报》1996年2期，68…80页
13；《中国文化体系之中的传统中国政治统治》；《战略与管理》1996年3期，45…51页（《高校学报文摘》）
14；《走向“政治解决”的“中国文艺复兴”：五四前后思想运动与政治运动的关系》；《近代史研究》1996年4期，120…52页
15；《文学革命的社会功能与社会反响》；《社会科学研究》1996年5期，86…92页
16；《先秦的五服制与古代的天下中国观》；《学人》第10辑（1996年9月），367…400页
17；《夷夏之辨的开放与封闭》；《中国文化》第14期（1996年12月），213…224页
18；《传教士与近代中西文化竞争》；《历史研究》1996年6期，77…94页
19；《科举制的废除与四民社会的解体——一个内地乡绅眼中的近代社会变迁》；《清华学报》（新竹）新25卷4期（1995年12月，实印于1997年4月），137…60页
20；《夷夏之辨与道治之分》；《学人》第11辑（1997年6月），75…106页
21；《前恭后倨：胡适与北伐期间国民党的“党化政治”》；《近代史研究》1997年4期，286…317页
22；《北伐前期美国政府对中国国民革命的认知与对策》；《中国社会科学》1997年6期，169…85页（人大《复印报刊资料•；中国现代史》1998年1期）
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2楼
23；《中外矛盾与国内政争：北伐前后章太炎的“反赤”活动与言论》；《历史研究》1997年6期，70…92页
24；《失去重心的近代中国：清末民初思想权势与社会权势的转移及其互动关系》；《清华汉学研究》第2辑（1997年11月），89…128页
25；《清季民初经学的边缘化与史学的走向中心》；《汉学研究》（台北）15卷2期（1997年12月），1…35页
26；《“新宋学”与民初考据史学》；《近代史研究》1998年1期，1…36页
27；《近代中国民族主义的研究取向与反思》；《四川大学学报》1998年1期，72…83页（《高校学报文摘》）
28；《清季科举制改革的社会影响》；《中国社会科学》1998年4期，185…196页（人大《复印报刊资料•；中国近代史》1999年1期）
29；《近代湖南区域文化与戊戌新旧之争》；《近代史研究》1998年5期，51…81页
30；《思想观念与社会角色的错位：戊戌前后湖南新旧之争再思》；《历史研究》1998年5期，56…78页
31；《后现代主义与中国研究：〈怀柔远人〉的史学启示》；《历史研究》1999年1期，104…20页
32；《西方的分裂：国际风云与五四前后中国思想的演变》；《中国社会科学》1999年3期，20…35页（人大《复印报刊资料•；中国现代史》1999年8期）
33；“American Perception of the Chinese Revolution and Its China Policy
During the Earlier Period of the Northern Expedition；”Social Sciences in
China； no。3； 1999； pp。 135…42
34；《从科学与人生观之争看后五四时期对五四观念的反思》；《历史研究》1999年3期，5…23页（人大《复印报刊资料•；中国现代史》1999年9期）
35；《五代式的民国：一个忧国知识分子对北伐前数年政治格局的即时观察》；《近代史研究》1999年4期，44…87页（人大《复印报刊资料•；中国现代史》1999年11期）
36；《近代中国社会权势的转移：知识分子的边缘化与边缘知识分子的兴起》；《开放时代》1999年4期，5…26页（人大《复印报刊资料•；中国近代史》1999年12期）
37；《学术与社会视野下的二十世纪中国史学》；《近代史研究》1999年6期，183…199页
38；《新旧之间：近代中国的多个世界及“失语”群体》；《四川大学学报》1999年6期，77…82页（《高等学校文科学报文摘》2000年2期，人大《复印报刊资料•；中国近代史》2000年3期）
39；《新的崇拜：西潮冲击下近代中国思想权势的转移（上下篇）》；《中华文史论丛》第60辑（1999年12月），67…99页；《中华文史论丛》第61辑（2000年3月），184…219页
40；《大纲与史：民国学术观念的典范转移》；《历史研究》2000年1期，168…174页
41；“Postmodernism and Chinese Studies： The Stimulation of James Hevia's
Cherishing Men from Afar；”Social Sciences in China； no。2； 2000； pp。
164…173
42；《走向国学与史学的“赛先生”——五四前后中国人心目中的“科学”一例》；《近代史研究》2000年3期，页59…94（人大《复印报刊资料•；中国现代史》2000年10期，《中国社会科学文摘》2000年6期）
43；“The Partition of the West： International Conditions and the Chinese
Mind During the May Fourth Movement；”Social Sciences in China； no。3； 2000；
pp。 142…150
44；《史料的尽量扩充与不看二十四史——民国新史学的一个诡论现象》；《历史研究》2000年4期，页151…167
45；《历史创造者对历史的再创造：修改“五四”历史记忆的一次尝试》；《四川大学学报》2000年5期，页92…101（人大《复印报刊资料•；中国现代史》2001年1期，高校学报文摘2001年1期；《中国社会科学文摘》2001年1期“论点摘要”）
46；《古今与中外的时空互动：新文化运动时期关于整理国故的思想论争》；《近代史研究》2000年6期，页56…106
47；《〈山海经〉与近代中国史学》；《中国社会科学》2001年1期，页181…192（人大《复印报刊资料•；中国近代史》2001年5期）
48；《从异端走入正统的“子不语”：庚子义和团事件表现出的历史转折》；《历史教学》2001年2期，页20…22
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49；《从无用的“中学”到开放的“国学”：清季国粹学派关于学术与国家关系的思考》；《中华文史论丛》第65辑（2001年5月），页173…241
50；《清季保存国粹的朝野努力及其观念异同》；《近代史研究》2001年2期，页28…100（《中国社会科学文摘》2001年5期）
51；《从治病到打鬼：整理国故运动的一条内在理路》；《中国学术》2001年2期，页110…129
52；《新旧能否两立？二十年代〈小说月报〉对于整理国故的态度转变》；《历史研究》2001年3期，页9…28（人大《复印报刊资料•；中国现代史》2001年10期）
53；《物质的兴起：20世纪中国文化的一个倾向》；《开放时代》2001年3月号，页32…41（《中国社会科学文摘》2002年1期）
54；《清季围绕万国新语的思想论争》；《近代史研究》2001年4期，页86…144
55；《十八世纪清代“多主制”与〈宾礼〉的关联与牴牾》；《清史研究》2001年4期，页51…55
56；《民国趋新学者区分国学与国故学的努力》；《社会科学研究》2001年4期，页117…122
57；《学术与国家：20世纪前期关于国粹、国故与国学的思想论争》；《二十一世纪》2001年8月号，页102…110
58；《温故知新：清季包容欧化的国粹观》；《中华文史论丛》第66辑（2001年9月），页1…58
59；《西方学术分类与民初国学的学科定位》；《四川大学学报》2001年5期，页75…82（高校学报文摘2001年6期、人大《复印报刊资料•；中国现代史》2002年1期）
60；《民初趋新学者眼中的国学之“资格”与排他性》；《福建论坛》2001年5期，页51…54
61；《抵制东瀛文体：清季围绕语言文字的思想论争》；《历史研究》2001年6期，页57…74（人大《复印报刊资料•；中国近代史》2002年6期）
62；《难以区分的新旧：民初国学派别的异与同》；《四川大学学报》2001年6期，页99…107
63；《见之于行事：中国近代史研究的可能走向》；《历史研究》2002年1期，页22…40（人大《复印报刊资料•；中国近代史》2002年5期）
64；《社会分野与思想竞争：传教士与义和团的微妙互动关系》；《清史研究》2002年1期，页48…61
65；《国学不是学：西方学术分类与民初国学定位的困惑》；《社会科学研究》2002年1期，页117…121
66；《温故可以知新：清季民初的“历史眼光”》；《现代中国》，第2辑（2002年3月），页1…14
67；《文学史上白话的地位和新文学中白话的走向——后五四时期提倡新文学者的内部论争》；《近代史研究》2002年2期，页74…110
68；《中国文艺复兴之梦：从清季的“古学复兴”到民国的“新潮”》；《汉学研究》20卷1期（2002年6月），页277…307
69；《送进博物院：清季民初趋新学者从“现代”里驱除“古代”的倾向》；《新史学》13卷2期（2002年6月），页115…156
70；《包容儒学、诸子与黄帝的国学：清季士