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70；《包容儒学、诸子与黄帝的国学：清季士人寻求民族认同象征的努力》；《台大历史学报》29期（2002年6月），页87…105
71；《机关枪与线装书：从“国学书目”论争看民初科学与国学之间的紧张（1…3）》；《四川大学学报》2002年5期，页107…114、2002年6期，页94…101、2003年2期，页85…93
72；《杜威对胡适的影响》；《四川师范大学学报》2002年5期，页117…124
73；《文学的失语：“新红学”与文学研究的考据化》；《中华文史论丛》第70辑（2002年12月），页248…281
74；《北伐前夕北方军政格局的演变，1924…1926》；《史林》2003年1期，页73…90
75；《近代中国民族主义的史学反思》；《学术思想评论》第10辑（2003年1月），页328…399
76；《西学冲击下近代中国学术分科的演变》；《社会科学研究》2003年1期，页107…114（人大《复印报刊资料•；中国近代史》2003年4期）
77；《中国传统的负面整体化：清季民初反传统倾向的演化》；《中华文史论丛》第72辑（2003年6月），页225…251
78；《北伐前数年胡适与中共的关系》；《近代史研究》2003年4期，页1…49
79；《“有道伐无道”的形成：北伐前夕南方的军事整合及南北攻守势易》；《中国社会科学》2003年5期，页177…190（人大《复印报刊资料•；中国现代史》2004年1期）
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5，《形象与文化：换个视角看中国》；《读书》，1993年1期，61…68页
6，《魏安德的中国工厂研究》；《读书》，1993年4期，108…114页
7，《万里长城的历史与迷思》；《读书》，1993年7期，130…36页
8，《走向跨学科的新史学》；《读书》，1993年10期，79…83页
9，《谁的人文精神？》；《读书》，1994年8期，58…64页
10，《取法乎上与上下左右读书》；《读书》，1995年6期，30…36页
11，《中西文化竞争与反教政治运动》；《读书》，1995年10期，95…100页
12，《“中体西用”与张之洞研究的新突破》；《人文杂志》，1996年2期，64页
13，《美国方式与美国梦：“政治正确”与美国校园的权势转移》；《东方》1996年3期，26…31页
14，《读〈敌对与冲突的由来——美国对新中国的政策与中美关系（1949…1950）〉》；《历史研究》，1996年4期，185…87页
15，《经济学挑战什么“历史＇学＇”？》；《战略与管理》，1996年6期，89…93页
16，《近代中国的两个世界：一个内地乡绅眼中的世事变迁》；《读书》，1996年10期，121…29页
17，《学术研究的游击战倾向及“后学”与“国学”的异曲同工》；《战略与管理》，1997年1期，104…109页
18，《大胆的假设》；《读书》，1997年3期，22…27页
19，《“文无定法”与“文成法立”：开放框架中的突破与创新》；《读书》1997年4期，66…72页
20，《历史研究的新视野——“近代中国‘民众动员’的社会观念”研讨会侧记》；《社会科学研究》，1997年3期，143…44页
21，《数字与历史》；《战略与管理》，1997年3期，115…18页
22，《“话语权势”下的学术“与国际接轨”》；《战略与管理》，1997年4期，113…18页
23，《评介〈章太炎的思想〉》；《中国社会科学》，1997年5期，203…205页
24，《回忆也可是诠释：历史记忆与历史真相》；《开放时代》，1997年5期，95…98页
25，《从思想史看近代中国民族主义》；《战略与管理》，1998年1期，103…110页
26，《文章与钱今昔谈》；《中华读书报》；1998年2月11日，2版
27；《道统与治统之间》；《读书》，1998年7期，144…152页
28；《夷夏之辨与“怀柔远人”的字义》；《二十一世纪》1998年10月号，136…45页
29；《前瞻与开放的尝试：〈新史学〉七年（1990…1996）》；《学人》第14辑（1998年12月），345…69页
30；《建立史学书评的学术规范》；《近代史研究》1999年1期
31；《答汪荣祖教授》；《近代史研究》1999年2期
32；《天朝怎样开始崩溃——鸦片战争的现代诠释》；《近代史研究》1999年3期，9…24页（《中国社会科学文摘》2000年1期）
33；《民国史研究的倒放电影倾向》；《社会科学研究》1999年4期，104…106页（《新华文摘》论点）
34，《眼光前瞻的学术带头人》，收余长安主编《一个历史学家的历史》，四川教育出版社1999年
35，《文化评论与中西文化异同》；《开放时代》1999年2期，页107…110（人大《复印报刊资料•；文化研究》1999年6期）
36，《假作真时真亦假——也说文字表述与文本解读》；《读书》1999年4期，页99…104
37，《近代中国思想与社会发展的时空不同步现象》；《光明日报》1999年5月28日7版
38，《历史记忆中抹去的五四新文化研究》；《读书》1999年5期，页37…45
39，《提倡和而不同、多元开放的学术对话》；《中国社会科学》1999年4期，页68…70
40，《功夫在诗外？》；《读书》1999年8期，页88…96
41，《弃“近代”而重“现代”》；《中国图书商报》1999年9月21日1版
42，《评〈新史学〉》；《二十一世纪》1999年10月号，页54…61
43，《民族主义感言》；《读书》，1999年12期，页91…97
44，《乾嘉考据与九十年代中国史学的主流》，《开放时代》2000年1期，页104…110
45；《物质救国：走向文明的康有为》，《中国图书商报》2000年2月29日6版
46；《“东方主义”与“东方学”》；《读书》2000年4期，页3…12
47；《民族主义与民国政治》，《开放时代》2000年5月号，页108…113
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48；《从历史记忆看陈寅恪与乾嘉考据的关系》；《二十一世纪》2000年6月号，99…104页
49；《业余“学术警察”心态与学术表述》；《读书》2000年7期，页129…134
50；《“诗史”倾向及怎样解读历史上的诗与诗人》；《社会科学研究》2000年4期，页113…119
51；《物质与文质：20世纪中国文化之反思》；《光明日报》2000年12月26日B3版
52；《“赛先生”与国学》；《读书》2001年2期，页134…140
53；《“现代误读”的继续》；《二十一世纪》2001年4月号，页120…124
54；《学术与社会的互动有感》；《读书》2001年5期，页126…129
55；《陈寅恪学术表述臆解》；《文史知识》2001年6期，页75…80
56；《打倒与建立：也说学术打假》；《东方文化》2001年6期，页89…92
57；《留学生读什么书：20世纪20年代的一次讨论》；《开放时代》2001年9月号，页69…75
58；《从文化视角看辛亥革命前夕的派别分野》；《文史知识》2001年9期，页21…26
59；《学会共处：“双不赢”未必即“双输”》；《开放时代》2001年10月号，页43…50
60；《好书告诉你（二则）》；《中华读书报》，2001年11月28日，11版
61；《国粹与欧化：从清季到民初的观念传承》；《读书》2002年1期，页52…58
62；《损之又损：以简化的方法保存传统》；《文史知识》2002年1期，页31…43
63；《社会心态的“贫寒子弟化”：从有与无的比较说起》；《开放时代》2002年1期，页110…113
64；《学者立言宜谨慎》；《东方文化》2002年2期，页54…57（《中国社会科学文摘》2002年4期）
65；《与〈光明日报〉记者谈史学》；《光明日报•；与名师对话栏》2002年3月21日？版
66；《近代中国学术分科的演变》；《光明日报》2002年3月26日B4版
67；《学术规范的主要目的是建设而非防弊》；《开放时代》2002年2期，页93…99
68；《探索学术与思想之间的历史》；《四川大学学报》2002年3期，页86…91（《中国社会科学文摘》2002年6期）
69；《陈寅恪谈史料解读》；《文史知识》2002年4期，页85…93
70；《人鬼共舞：学术的多重围城式表现》；《东方文化》2002年4期，页87…92
71；《整理国故与文学史研究——跋胡适的一封信》；《中国社会历史评论》第4卷（2002年10月），页465…472
72；《通过日本认识西方的梁启超》；《南方周末》2002年11月28日C22版
73；《中国现代史上的自由主义》；《二十一世纪》2002年12月号，页154…157
74；《走火入魔的“学术打假”》；《开放时代》2003年1期，页150…152
75；《日记中的民初思想、学术与政治》；《东方文化》2003年2期，页24…30
76；《音乐与史学》；《读书》2003年6期，页37…43
77；《以平常心见证历史时刻》；《北京大学学报》2003年3期，页37…41
78；《文明的输入与输出：两个质疑留学的留学生》；《东方文化》2003年4期，页13…20
79；《不改原有之字以开启“相异的意义体系”》；《社会科学研究》2003年4期，页116…123
80；《史无定向：思想史的社会视角稗说》；《开放时代》2003年5期，页140…146
81；《论文评审与学术创新》；《文史知识》2003年9期，页81…89
82；《语语四千年：傅斯年眼中的中国通史》；《南方周末》2004年4月8日D30版
83；《原来张之洞》；《南方周末》2004年6月17日D29…30版
84；《姑妄言之——历史专业本科生可读的一些书》；《南方周末》2004年7月1日D30版
85；《非常威尔逊——疾病与历史》；《南方周末》2004年8月12日D29版
86；《学术的“对手方”》；《历史研究》2004年4期，页18…20
87；《评〈中国近代思想与学术的系谱〉》；《中研院中国文哲研究所集刊》25期（2004年9月），页375…377
88；《数千年中大举动：科举制的废除及其部分社会后果》；《二十一世纪》2005年6月号，页11…19
89；《国器章太炎》；《南方周末》2005年8月11日D29版，7500字
90；《尝试大同：讲述老百姓的故事》；《社会科学研究》2006年2期，页191…193（《中国社会科学文摘》2006年2期）
91；《从新文化运动到北伐的文化与政治》；《社会科学研究》2006年4期，页138…143
92；《尝试梦想的胡适其人》；《万象》8卷2期（2006年5月），页107…116
93；《陈寅恪文字意趣札记》；《中国文化》第22期（2006年5月），页175…186
94；《从国际发现中国历史》；《二十一世纪》2006年6月号，页
95；《向罗荣渠师请益摭忆》；《书城》2006年7期，页82…85
96；《昨天与世界：近代读书人的文化困惑》；《二十一世纪》2006年8月号，页117…122
97；《有计划的死：梁济对民初共和体制的失望》；《南方周末》2006年11月30日D29版
98；《历史的不完全：新诗的历史和几成历史的新诗》；《万象》8卷9期（2006年12月），页121…129
99；《数千年中大举动：废科举百年反思》；《清华大学历史讲堂初编》，三联书店，2007年1月，页269…286
100；《越是时代的越永恒：梁启超文本的跨世纪解读》；《中国图书评论》2007年2期，页78…83
101；《史学的真问题》；《书城》2007年8月号，页42…47
102；《两岸史学与史家（访谈）》；《思想》（台北）第6辑（2007年8月），页123…152
103；《构建兼容并包的中国近代史学科体系》；《近代史研究》2007年5期，页17…18