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释》、宁玛派无垢光尊者的《宗派宝藏论》、华智仁波切的《功德藏论·难题释》、全知麦彭仁波切的《辩答日光论》、《澄清宝珠论》、《中观庄严颂·文殊上师欢喜教言论》、与饶沙格西的辩论书中皆如是承认。再者印度中观论师，如月称菩萨的高足圣者扎雅阿楞达论师于《入中论广释》中在讲述“断三结”时，对遍计执著与俱生执著亦作了同样的认定与抉择，彼于论中说：“凡是被外道熏习所引生的一切执著，皆判为遍计执著，此外凡是与生俱来的一切执著，诸如我要获得安乐、远离痛苦等皆判为俱生执著。”无著菩萨在《瑜伽师地论》中云：“萨迦耶见分有两种，即俱生我执与遍计我执。前者即凡夫异生甚至飞禽走兽等一切众生与生俱来的我执。后者即了知学修外道宗派后，心相续中生起的异常我执，并于边执见亦如是分有两种等。”所知障的认定亦如是类推，同样有遍计和俱生两种。
简明易知地说：凡是于见道位中对现见圆满空性直接作障碍的皆为遍计执著的种子。现见法界本面后，凡于修道位中，直接对修习圆满空性作障碍的皆为俱生执著的种子。烦恼障与所知障皆有如是两种分法。以上简略概述了印度的中观论师与唯识论师以及雪域的诸大论师，对遍计执著与俱生执著的明确认定，故于此处引以为证。
在讲述了遍计与俱生的认定后，再来讲述二障的摄略分类。即因、本体、作用三种分类：
二障之“因”者：佛于《楞伽经》中云：以我执（萨迦耶见）产生的烦恼心为烦恼障，以三轮法执产生的分别心及习气为所知障。
二障之“本体”者：弥勒菩萨于《宝性论》中云：“三轮执著心，许为所知障，吝等恶分别，许为烦恼障。”六度之违品皆为烦恼障的本体，此外的三轮执著皆为所知障之本体。
二障之“作用”者：小乘《俱舍论》云：“主要对获得暂时解脱作障碍的同类恶心，皆为烦恼障。”大乘俱舍论云：“对获得一切智智之究竟解脱作障碍的同类执著习气，皆为所知障。”然应了知贪嗔痴等烦恼，对一切智智的究竟解脱，并非不成障碍，乃至未断俱生我执之前，三轮的法执对转生轮回，亦并非不成助缘。此处就主要障碍获得暂时解脱与究竟解脱而分别讲述了烦恼障与所知障。其原因是，若能遣除轮回的根本因——萨迦耶见，则能远离生起轮回的一切烦恼，获得暂时解脱，但仅此却不能断除障碍一切智智的所知障。
宁玛派自宗的观点认为，如果彻底断除了俱生萨迦耶见后，仅依三轮的执著，不会产生烦恼障，因为已经不具备生起烦恼之因。全知麦彭仁波切在《中观庄严颂注释》中云：“如此二障之差别，以因、本体、作用来作了分别概述，虽于各种论典中有侧重点不同的讲法（有些侧重于因方面讲，有些侧重于本体方面讲等），然其实际的关要却是一致无别的。总的精要归纳如下：转生轮回的主要因是贪心等烦恼，彼等（无明烦恼）一无百无的根本在经典中说是“俱生我执”。若以正理来抉择亦可如是成立。以萨迦耶见为因的根本执著所生之一切烦恼，皆为烦恼障。不能真实了知如所、尽所之一切法，皆因障碍现见法界本性之无明，凡是法执所摄的粗、细无明皆为所知障。如是彻底了知后，相对于修道时应断的角度而言，我执产生的吝啬等，成六度中各自违品之分别恶心，有此则难以趣入各自对治法的波罗蜜多而修行，故亦属烦恼障。虽入波罗蜜多，然不能修证圆满的法无我空性，主要是因三轮执著的分别心，故亦属所知障。并引用了《宝性论》云：‘三轮执著心，许为所知障，吝等恶分别，许为烦恼障’。”
关于断障这一问题，分他宗观点与自宗观点。当知此处并非是说小乘阿罗汉入大乘道后如何断障，而是说本具大乘种姓的凡夫弟子入道后应该如何断障之理。
格鲁派宗喀巴大师在早期的著作中所述这一方面的观点与宁玛派相同。然于晚年著作的很多论著中所承认的观点则有所不同，如《入中论善解密意疏》云：“应成派与自续派于断障方面的承认有差别，自续派与唯识宗共同承许的观点，认为于大乘见道时断除二障的遍计种子，二地以上同时逐层断除二障的俱生种子，在八地时断尽一切烦恼障，八地以上在断除其余所知障的同时才开始断除烦恼障的习气俱生所知障。”他在讲应成派不共的观点、八大难题中的两个问题时，认为依诸法所生的一切实有执著之种子是烦恼障，唯独烦恼障种子的习气才是所知障，并说在八地时才灭尽一切烦恼障的种子，八地以后开始断所知障。
萨迦派果仁巴大师及其弟子班钦额秋将大乘唯识与中观的所断法亦作了分门论述。果仁巴大师在《入中论释》及《现证庄严论释》中云：中观应成派与自续派在承认断除二障时的观点不同于唯识宗，因为唯识宗承认八识，中观宗只承认六识。若许八识，则七识（末那识）是属于俱生我执的部分。按唯识宗所许，于见道时灭尽二障的遍计种子，八地时灭尽末那识，此属于俱生烦恼障。然以中观而言，在见道位已遣除烦恼障与所知障的遍计种子，以及声缘阿罗汉应断的二障俱生种子，趣入二地以上唯断俱生所知障的三轮执著相之种子、习气。以上是略述他宗观点，下述自宗观点。萨迦派的班智达夏甲曲在《入中论注释》中所许断除二障的观点与宁玛派自宗的观点完全相同。
自宗观点分二：略说自宗，宣说正理。
略说自宗：宁玛派自宗与中观、唯识所许于十地中各自断障的观点是相同的。因为中观以空性为主讲深法，唯识以光明及五道十地之行为而主讲现法。全知麦彭仁波切在《辩答日光论》中云：“总的所断法即烦恼障与所知障，其根本对治法即证悟空性的智慧，此二者如同光明与黑暗一样不会同时并存。因此一旦在能对治的智慧现前之际，相对其本分的所断法当即遣除，待所断习气的种子圆满断尽后获得佛果。这是大乘所有宗派共同承认的观点，即证悟人无我空性断除烦恼障，证悟法无我空性断除所知障，唯识宗至应成派皆如是承认，并且所许的观点和意义亦无任何差别，唯于能诠句的说法略有不同而已，因此诸宗宣说道的关要其密意是一致无别的。无论需要断除何等障垢，如果遍计执著尚未遣除之前说要断除俱生执著是极不应理的。在断除俱生执著时，亦是从粗分逐渐到细微种子而次第断除，最后断尽极微细的习气。”又于《中观庄严颂注释》中云：“应知大乘唯识与中观能诠句之经典，一字亦勿须舍弃，全是吻合无违而一味的。”《解深密经》与弥勒菩萨的《宝性论》、《辨中边论》、印度中观应成派扎雅阿楞达论师的《入中论广释》、圣解脱军的《现证庄严论释》、狮子贤的《现证庄严论释》等经论注释中皆异口同声地说：于大乘的十地中，每一地皆有断除其应断的所知障，又所知障分为遍计与俱生两种，其中俱生又分为两种：即由烦恼障的习气引生的所知障与三轮执著引生的所知障。对此不仅唯识宗承认，且于中观自续派与中观应成派皆如是承认，因为在八地以下仍有烦恼障的俱生种子尚未断尽故。如《解深密经》云：“三地菩萨远离欲界的一切贪心等。”《十地经》亦云：“安住发光地的菩萨，邪贪邪嗔及以邪痴，于无量百千亿那由他劫所不能灭，于此地中悉得断除。”圣解脱军于《现证庄严论注释》第一品中讲解了二十二种菩提心，其中在讲述第六地菩提心时说：“具足智慧波罗蜜多菩提心，犹如妙药，依此二障之病皆能寂灭。”狮子贤论师所著《现证庄严论》与《般若一万八千颂》对照的广释云：“七地以下尚未断尽俱生我慢故。”如月称论师于本论的第四品中云：“自见所属皆遍尽。”又于第八品中云：“八地灭垢及根本，已净烦恼三界师。”及《阿毗达磨杂集论》（大乘俱舍论）、《瑜伽师地论》等唯识论典亦都作了同样的论述。在八地以下不但要断除烦恼障的俱生种子，尚需断除所知障的俱生种子。
宁玛派自宗说：于见道时唯断二障的遍计种子，修道时唯断二障的俱生种子与习气，分有如是两种。
一者（于见道时唯断二障的遍计种子）：大乘一地菩萨现见圆满法无我空性，断除了二障的一切遍计种子。总的来说，大乘初地菩萨的心相续中具有不共的方便与智慧，不但其相续中二障的遍计种子与粗相的分别心已完全清净，且连凡夫时心相续中所具有的俱生之粗分烦恼皆不生起，并绝对清净与佛同等。《华严经》十行品云：“是故不生一念欲想，心净如佛。”十行位菩萨尚能如是而见道耶。因此初地菩萨与普通凡夫、外道是截然不同的。华智仁波切在《功德藏论·难题释》中云：“不但是外道者的心相续中具有遍计种子，且于登地以前所有众生的心相续中均具此遍计种子。”因为在往昔生中都有可能入过外道，唯待将来获得大乘见道时，才能灭尽此遍计执著的一切种子，甚至包括所知障的一切遍计执著皆能断除。以小乘的无学道中尚未断除所知障的一切遍计种子，仅从这一角度而言，大乘初地菩萨亦就远远超胜了声缘阿罗汉的无学道。并且在大乘一地时就已经圆满了一大阿僧祗劫的方便福德资粮，亦具足了现见圆满法无我空性的智慧资粮，于入定时获得出世无漏的胜义菩提心，出定时具足十二种百功德，以此为据，初地菩萨不但超胜了一切凡夫，而且亦完全超胜了声缘阿罗汉。
再者自求解脱的小乘弟子，虽然获得阿罗汉果，但对修习大乘胜道却是一种障碍，因为在小乘的五道次第中，刹那亦没有生起如同大乘菩萨的发心，一心唯求自我解脱。并于大乘了义经中，佛呵彼为焦芽败种，仅滞化城歧途者也。因此佛经中说：“小乘阿罗汉与本具大乘种姓的凡夫，即便是同时入大乘的资粮道起修，但他们分别获得佛果的时间，却有很大的差距，大乘种姓得成佛果较阿罗汉快四十九劫。”亦即阿罗汉虽然苏醒了大乘种姓，入了大乘道修行，但于得成佛果较凡夫苏醒大乘种姓后、直入大乘道修行者尚须迟缓四十九劫，走了一条迂回曲折之路。其原因有两种：一是发心的差别：小乘行者初入道时即缘自己获得阿罗汉果而生起出离心、受持清净戒行、修人无我空性、自求解脱，此相对来说，虽是善心，但属于所知障，因此于阿罗汉圣者的八识田中（阿赖耶识）具有了深厚的小乘发心、自求解脱的不共习气，对此尚须一定的时间才能予以断除，故成获得佛果之特大障碍。 然而直入大乘道的行者最初即缘一切众生而发菩提心等，故无此障，所以先得成就佛果；二是种姓（根器）的差别：大小乘行者虽各醒大乘种姓，但小乘行者根性已定，属下根故，后虽入大乘仍不如最钝根菩萨。故于大乘道中修行时，纯属下根行者，至获得佛果甚为缓慢。
二者（修道时唯断二障的俱生种子与习气）：从二至十地之间，共有九地，此处概述其修法主要对治的是二障之俱生种子，此各分粗、中、细三品，每一品各又分三，共为九品。粗的粗分于二地时断除，粗的中分于三地时断除，粗的细分于四地时断除；中的粗分于五地时断除，中的中分于六地时断除，中的细分于七地时断除；烦恼障的微细习气、俱生所知障细的粗分障碍于八地时断除（此地时灭尽烦恼障）；其细的中分障碍于九地时断除。细的细分分二：细的细分、细的极微于十地时断除。全知麦彭仁波切于《澄清宝珠论》中云：“大乘见道中断除的是二障的遍计种子，再逐渐同时断除于二障的俱生种子，至第八地时灭尽我执相续，故此三清净地无有烦恼障，其后唯有断除所知障。在十地末尾，以金刚喻定的智慧摧毁二取迷乱之细微习气后，无间获得善逝如来出有坏之智慧金刚身。此乃与圣境诸大车轨之密意相合，不应混合于后学之分别念，若能了知此理，自然就能解开诸论之难处，并密意江河融入智慧之海故。”
宣说正理分三：教证、理证、辩驳。
一者．教证：大乘初地菩萨以见道智慧只能遣除遍计种子，不能遣除俱生种子，俱生种子唯有通过见道后的修悟智慧才能断除。全知麦彭仁波切于《澄清宝珠论》中云：“一见真谛者，能断遍计惑，如知绳非蛇，相续生对治，修行后次第，能断俱生惑，识变对治性，断尽细种子，复不生出故，如日遣黑暗。”又于《辩答日光论》、《阿毗达磨杂集论注释�