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二喻断惑浅深，分二：初喻渐断：
如澄浊水贮于静器，静深不动沙土自沉，清水现前，名为初伏客尘烦恼；
二喻顿断：
去泥纯水，名为永断根本无明；
三结真穷惑尽：
明相精纯，一切变现不为烦恼，皆合涅盘清净妙德。
议曰：此略示观行之相也！意谓欲令浑浊之觉远契涅盘清净之妙德，应先择死生之根本。择：犹摘也！专依不生灭性以旋生灭。旋：犹漩也！如水之漩澓也！谓念念漩妄以归真也！复还元觉，得元明觉为因地心，如此方能圆成果地修证；故如澄浊水，清水现前，名为初伏客尘烦恼；此渐断也！去泥纯水，名为永断根本无明；此顿断也！当等觉后心将入妙矣！真穷惑尽则合涅盘清净妙德矣！斯由不生灭心观行之功也！
二审烦恼根本意择圆根，分六：初敕令详审：
第二义者：汝等必欲发菩提心，于菩萨乘生大勇猛，决定弃捐诸有为相，应当审详烦恼根本，此无始来发业、润生谁作？谁受？阿难！汝修菩提，若不审观烦恼根本，则不能知虚妄根尘何处颠倒，处尚不知，云何降伏取如来位？
二正指结根：
阿难！汝观世间解结之人不见所结，云何知解？不闻虚空被汝隳裂，何以故？空无形相，无结解故。则汝现前眼、耳、鼻、舌及与身、心，六为贼媒自劫家宝，由此无始众生世界生缠缚故，于器世间不能超越。
议曰：此审烦恼根本也！发业是根本无明，润生是爱、取二惑，生死实由此二而有，通名烦恼。然此二种依根而辩者：谓此二法元无实体，但依六识妄想为用，故于六根门头缘尘取境，纯是无明用事以资爱、取，故念念爱取，处处贪着，生死结于根尘之中，故令审知虚妄根尘何处颠倒，以根尘相交结处即颠倒处，乃生死结根之所在也！若欲解结当就结根而解之，故审六根优劣，意取圆根虚而易解，所以用其选择耳！将选圆根先示六根之优劣，欲令知所选耳！
三显根因妄织：
阿难！云何名为众生世界？世为迁流，界为方位，汝今当知东、西、南、北、东南、西南、东北、西北、上、下为界，过去、未来、现在为世，方位有十，流数有三，一切众生织妄相成，身中贸迁，世界相涉，而此界性设虽十方，定位可明；世间祇目东、西、南、北，上、下无位，中无定方，四数必明与世相涉，三四四三宛转十二，流变三叠一十百千，总括始终六根之中各各功德有千二百。
四显力用不齐，分六：初眼根：
阿难！汝复于中克定优劣，如眼观见后暗前明，前方全明，后方全暗，左右旁观三分之二，统论所作功德不全，三分言功，一分无德，当知眼唯八百功德。
二耳根：
如耳周听十方无遗，动若迩遥，静无边际，当知耳根圆满一千二百功德。
三鼻根：
如鼻嗅闻通出入息，有出有入而阙中交，验于鼻根三分阙一，当知鼻唯八百功德。
四舌根：
如舌宣扬尽诸世间出世间智，言有方分，理无穷尽，当知舌根圆满一千二百功德。
五身根：
如身觉触识于违顺，合时能觉，离中不知，离一合双，验于身根三分阙一，当知身唯八百功德。
六意根：
如意默容十方三世一切世间出世间法，唯圣与凡无不包容尽其涯际，当知意根圆满一千二百功德。
五诫选圆根：
阿难！汝今欲逆生死欲流，返穷流根至不生灭，当验此等六受用根谁合？谁离？谁深？谁浅？谁为圆通？谁不圆满？若能于此悟圆通根，逆彼无始织妄业流，得循圆通，与不圆根日劫相倍；我今备显六湛圆明本所功德数量如是，随汝详择其可入者，吾当发明令汝增进！
六使一门深入：
十方如来于十八界一一修行，皆得圆满无上菩提，于其中间亦无优劣，但汝下劣，未能于中圆自在慧，故我宣扬，令汝但于一门深入，入一无妄，彼六知根一时清净。
议曰：此示六根优劣也！上云由此众生世界生缠缚故，于器世间不能超越，故知众生世界但就正报之身而言。所云世界者：世约妄念迁流，界约一身而有左右前后，故为界也！以一念纔兴居然迁流，便有三世；方虽有十，祇言四方，此三世四方只就一身而观，故曰：身中贸迁。以界与世互相交涉，所谓织妄相成也！三四四三宛转十二者：谓一念法尔具该三世，全遍于一身，不出于左右前后之四方，则每方各有三世，此三四以成十二也！其四方全被一念之所融贯，则每世皆有四方，此四三以成十二也！以此相织，故曰：宛转。初则一念为一叠，但有十二耳！妄念重变，前念已灭，后念续生，最极微细，以初起一念无本，即此一念已包三世流于四方，故成十二，此一叠也！第二叠者：即于东方三世，每世各有一根本，共成三十，则四方合一百二十，故曰百，第二叠也！第三叠者：就百二十上各各有十，则成千二百，此三叠也！此以世涉方，其界例此可知。
最初一念不立本者：以从无住本立一切法故。然生灭妄念微细流注，谓一念中有九十剎那，一剎那中有九百生灭，其实剎那剎那穷劫不尽。今但以三叠而言者：谓约生灭一念，法尔迁流，具该三世，虽穷劫亦只言三世耳！故就生灭根身以明六根之业用，各各本该一千二百之功能，但约遍不遍处、圆不圆根定其力用优劣耳！若眼根见前不能见后，约功能不到处则三分阙一，只具八百；耳则圆闻十方，故全具千二；鼻则约出入息阙于中交，亦只八百；舌则宣扬妙理，圆满千二；身以离合，离则不知，亦只八百；意则默容十方三世无不周遍，故千二百；此全约功能以论也！六根优劣已示于此。众生颠倒于生死之中而不能超越者，但依六根缘尘取境，无明发业，爱取润生，起惑造业，结成生死之根，故长劫沉沦；今若逆生死流，返妄归真，只就此六根门头返穷流根至不生灭地耳！不必舍此别求也！以此六根本是妙明真心中所现之物，故根根尘尘皆可还源，今但就圆根取其易入，功用易成，故须选择令于一门深入，果能入一无妄，则六知根一时清净矣！
三略示妄尽还源，分二：初当机疑请：
阿难白佛言：世尊！云何逆流深入一门，能令六根一时清净？
二世尊的示，分十：初总明机浅法深：
佛告阿难：汝今已得须陀洹果，已灭三界众生世间见所断惑，然犹未知根中积生无始虚习，彼习要因修所断得，何况此中生住异灭分齐头数！
二令观六一虚妄：
今汝且观现前六根为一？为六？阿难！若言一者，耳何不见？目何不闻？头奚不履？足奚无语？若此六根决定成六，如我今会与汝宣扬微妙法门，汝之六根谁来领受？阿难言：我用耳闻！佛言：汝耳自闻，何关身口？口来问义，身起钦承；是故应知非一终六、非六终一，终不汝根元一元六。
三的示真妄两忘：
阿难！当知是根非一、非六，由无始来颠倒沦替，故于圆湛一六义生。
四责迷执一：
汝须陀洹虽得六销，犹未亡一；
五喻出形名：
如太虚空参合群器，由器形异名之异空，除器观空说空为一，彼太虚空云何为汝成同、不同？何况更名是一、非一！则汝了知六受用根亦复如是！
六别示妄源，分二：初别显妄源，分六：初眼根：
由明、暗等二种相形，于妙圆中黏湛发见，见精映色，结色成根，根元目为清净四大，因名眼体，如蒲萄朵，浮根四尘流逸奔色。
二耳根：
由动、静等二种相击，于妙圆中黏湛发听，听精映声，卷声成根，根元目为清净四大，因名耳体，如新卷叶，浮根四尘流逸奔声。
三鼻根：
由通、塞等二种相发，于妙圆中黏湛发嗅，嗅精映香，纳香成根，根元目为清净四大，因名鼻体，如双垂爪，浮根四尘流逸奔香。
四舌根：
由恬、变等二种相参，于妙圆中黏湛发尝，尝精映味，绞味成根，根元目为清净四大，因名舌体，如初偃月，浮根四尘流逸奔味。
五身根：
由离、合等二种相摩，于妙圆中黏湛发觉，觉精映触，抟触成根，根元目为清净四大，因名身体，如腰鼓颡，浮根四尘流逸奔触。
六意根：
由生、灭等二种相续，于妙圆中黏湛发知，知精映法，揽法成根，根元目为清净四大，因名意思，如幽室见，浮根四尘流逸奔法。
二总结虚妄：
阿难！如是六根由彼觉明有明明觉，失彼精了，黏妄发光，是以汝今离暗、离明无有见体，离动、离静元无听质，无通、无塞嗅性不生，非变、非恬尝无所出，不离、不合觉触本无，无灭、无生了知安寄。
七指归观心：
汝但不循动、静、合、离、恬、变、通、塞、生、灭、明、暗如是十二诸有为相，随拔一根脱黏内伏，
八智起惑忘：
伏归元真，发本明耀，耀性发明，诸余五黏应拔圆脱，不由前尘所起知见；
九略显大用：
明不循根，寄根明发，由是六根互相为用。阿难！汝岂不知今此会中阿那律陀无目而见、跋难陀龙无耳而听、殑伽神女非鼻闻香、骄梵钵提异舌知味，舜若多神无身觉触，如来光中映令暂现，既为风质其体元无；诸灭尽定得寂声闻如此会中摩诃迦叶久灭意根，圆明了知不因心念。
十显妄尽还源：
阿难！今汝诸根若圆拔已，内莹发光，如是浮尘及器世间诸变化相如汤消冰，应念化成无上知觉。阿难！如彼世人聚见于眼，若令急合暗相现前，六根黯然头足相类，彼人以手循体外绕，彼虽不见头足一辨，知觉是同，缘见因明，暗成无见，不明自发，则诸暗相永不能昏，根尘既销，云何觉明不成圆妙？
议曰：此略示妄尽还源也！阿难闻入一无妄，六根一时清净之说未悟，故兴此问，以启本无一六之谈，因示六妄本源以明所归之地耳！故世尊先审此根为一为六者，意显此本元非一六义也！但由无始颠倒，于圆湛体中一六义生，故譬虚空参合群器遂名为异，除器观空又说空为一，且虚空岂因器以成同异？同尚强名，云何更说是一非一耶？了知此义，则六受用根如此而已，不可作一六解也！
问：六根本是妙湛圆明之真心，何以成此六根之妄想耶？答：由明暗等下正示初成六根之妄相，以示六妄之源也！由明暗等者：意显六根本非有也！但由迷妙圆之真心妄成阿赖耶识，谓之识精，以因明立所遂有四大之妄尘，由明、暗相形以击湛明之真体，因此黏湛而发妄见，见精映色久而取着，故结色成根，而根初成之时乃四大之净色，以笼识精及粗而为浮尘根于外，故识精从此流逸而奔于色等尘，此眼根之所以成也！由动、静二尘以发耳根，由通、塞二尘以发鼻根，由恬、变二尘以发舌根，由离、合二尘以发身根，由生、灭二尘以发意根，皆例如眼根，此六根之所以成也！
意根属心无形而根元亦名清净四大者：谓初由妄见吸取父母之精血，而识栖托于中，及五根既就，而初结肉团居中名肉团心，故此属四大名浮尘根，而有一窍识精从此以奔法尘乃无明壳，最初所结清净四大名胜义根以裹藏识，意根处此杳冥之中故如幽室见，圣人之心有七窍言其虚而明耳！以上通示六根生起之妄源，故总结之曰：如是六根由彼觉明妄有明明之觉，故失彼真精，黏妄而发其精光耳！皆以缘尘而有，离尘则无体矣！故曰：无灭、无生了知安寄。初以不知是妄，故认无明为主宰，爱取为受用，故依之而造业也！下示观心：故曰：汝今若欲返妄归真，但不循六尘，随拔一根脱黏内伏，伏归元真，则本有真心光明一旦发耀，若从一根耀性发明，则五黏随脱，不随前尘所起知见，尽是真光独露耳！
由此真明则不循六根之妄，但寄根以明发，由是六根开通互相为用，此所以令汝速证安乐妙常亦汝六根，更非他物也！下引不循六根之人岂不信哉？阿难下正示还源：谓今汝诸根若圆拔已，则内莹发光，如是浮尘根身及器世间如汤消冰，应念化成无上知觉矣！如水成冰、冰还成水，岂假于外哉？且妄知妄见皆借前尘，今不由前尘，不因明而自然开发本有之真见，则诸暗相永不能昏矣！所以障蔽妙明者，根、尘之过也！若根、尘既销，云何觉明之无明不成圆明之妙觉哉？是知真妄还源总不出六根之外也！
上略显妄尽还源。
四密示最初方便，分二：初当机重疑断灭，分二：初以真疑妄：
阿难白佛言：世尊！如佛说言因地觉心欲求常住，要与果位名目相应。世尊！如果